La FAO et l'OMS ont entrepris une évaluation des risques liés à la présence de Salmonella dans les œufs et les poulets de chair pour répondre aux demande d'avis d'experts émises par les États membres et par la Commission du Codex Alimentarius à ce sujet. Des directives sont nécessaires car, dans de nombreux pays, la salmonellose est l'une des causes principales de maladie d'origine alimentaire, les œufs et les poulets de chair étant des vecteurs importants de transmission.
L'évaluation des risques avait plusieurs objectifs.
Le présent document pourrait être utilisé comme document de référence contenant toutes les informations disponibles actuellement pertinentes pour l'évaluation des risques liés à Salmonella dans les œufs et les poulets de chair. L'analyse coûts-avantages pourrait aider les gestionnaires des risques à déterminer les mesures d'atténuation à mettre en œuvre mais elle n'entrait pas dans le champ d'application du présent travail et n'est pas examinée ici.
Pour élaborer le modèle, l'évaluation des risques était divisée en deux évaluations des risques, ayant en commun l'identification des dangers et la caractérisation des dangers. Ces deux évaluations des risques comprenaient les quatre volets de l'évaluation des risques: identification des dangers, caractérisation des dangers, évaluation de l'exposition et caractérisation des risques.
Une identification des dangers et une caractérisation des dangers, y compris un modèle de dose-réponse et deux modèles d'exposition – un pour la Salmonella dans les œufs et un pour la Salmonella dans les poulets de chair – ont été élaborées. En ce qui concerne Salmonella dans les œufs, la caractérisation des risques estime la probabilité de maladie humaine due à Salmonella après ingestion d'une seule portion d'œufs en coquille contaminés à l'intérieur, consommée sous forme d'œufs entiers, de repas à base d'œuf ou d'ingrédients dans des aliments plus élaborés (par exemple, des gâteaux). Ce travail traitait certains aspects de la production d'œufs à la ferme; la transformation ultérieure des œufs en ovoproduits; la manipulation des œufs au niveau du détaillant et du consommateur; et les modes de préparation des repas. En ce qui concerne Salmonella dans les poulets de chair, la caractérisation des risques estime la probabilité de maladie au cours d'une année due à l'ingestion de Salmonella présentes sur les carcasses de poulet de chair fraîches et entières dont la peau est intacte, et qui sont cuites dans la cuisine domestique pour consommation immédiate. Ce travail démarrait à la conclusion du processus d'abattage et prend en compte les pratiques de manipulation et de cuisson domestiques. Les effets des interventions avant l'abattage et le processus d'abattage ne sont pas actuellement inclus dans ce modèle.
Les données utilisées pour la présente évaluation des risques provenaient de différentes sources. Les informations étaient compilées à partir de documents publiés, de rapports nationaux et de données non publiées transmises à la FAO/OMS par diverses parties intéressées.
Les principaux résultats de l'évaluation des risques sont résumés ci-après. Il convient aussi de noter que, tout au long des travaux, des efforts étaient déployés pour déterminer les éléments ayant une incidence sur l'acceptabilité des conclusions et sur le bien-fondé de leur extrapolation à des scénarios qui n'étaient pas spécifiquement étudiés dans les évaluations des risques; ces éléments sont identifiés dans le document sur l'évaluation des risques.
Au cours des deux dernières décennies, Salmonella Enteritidis est devenu l'une des principales causes d'infection humaine, les œufs de poule étant l'une des sources majeures du pathogène. Ce fait est attribué à la capacité inhabituelle de ce sérovar à coloniser le tissu ovarien des poules et à être présent dans le contenu des œufs en coquille intacts. Le poulet de chair est le principal type de volaille consommé dans de nombreux pays. Un pourcentage élevé de ces poulets de chair sont colonisés par des salmonelles durant la croissance et la peau et la chair des carcasses sont fréquemment contaminées par le pathogène pendant l'abattage et la transformation. Compte tenu du rôle prépondérant des œufs et de la volaille en tant que vecteur de transmission dans les cas humains de salmonellose, une évaluation des différents facteurs ayant une incidence sur la prévalence, la croissance et la transmission de Salmonella dans les œufs et sur les carcasses de poulets de chair et des risques associés de maladie humaine serait utile aux gestionnaires des risques pour identifier les stratégies d'intervention qui réduiraient avec le plus d'efficacité les infections humaines.
La caractérisation des dangers fournit une description des résultats sur le plan de la santé publique, des caractéristiques du pathogène et de l'hôte et des facteurs liés aux produits alimentaires qui peuvent avoir une incidence sur la survie de Salmonella dans l'estomac. Elle présente aussi un examen des informations relatives aux modèles dose-réponse pertinents décrivant la relation mathématique entre une dose ingérée de Salmonella et la probabilité de maladie humaine. Les données épidémiologiques disponibles relatives étaient aussi examinées en détail. Á partir de ces données, un nouveau modèle dose-réponse était calculé à l'aide d'une approche de re-échantillonnage, qui a été utilisé pour les deux caractérisations des risques de préférence aux modèles existants définis dans cette composante de l'évaluation des risques. Enfin, on a essayé de voir si des courbes distinctes de dose-réponse pouvaient se justifier pour différentes sous populations humaines définies en fonction de l'âge et de la sensibilité, et si S. Enteritidis avait une dose-réponse distincte de celle d'autres Salmonella.
Trois modèles de dose-réponse existants pour Salmonella ont été identifiés:
Les modèles dose-réponse pour S. Enteritidis et Salmonella ne caractérisaient pas de manière satisfaisante la relation dose-réponse observée dans les données épidémiologiques. Un nouveau modèle de dose-réponse a été élaboré au cours de ces travaux. Il était calculé à partir des données épidémiologique et était considéré comme l'estimation la plus satisfaisante pour la probabilité de maladie après ingestion d'une dose de Salmonella. Le modèle reposait sur des données observées dans la réalité, et de ce fait n'était pas sujet à certaines erreurs inhérentes à la seule utilisation de données expérimentales. Toutefois, les données épidémiologiques actuelles comportent aussi des incertitudes qui leur sont associées et il a fallu faire des hypothèses pour certains points des données épidémiologique. Les données épidémiologiques proviennent aussi d'un petit nombre de pays développés et peuvent ne pas être applicables à d'autres régions.
Les données épidémiologiques utilisées pour étudier la relation dose-réponse n'ont pas permis de conclure que S. Enteritidis a une probabilité différente de causer une pathologie que d'autres sérovars. En outre, la comparaison des taux d'attaque de Salmonella chez les enfants de moins de cinq ans et dans le reste de la population dans la base de données épidémiologiques, n'a pas révélé une tendance générale de risque accru pour cette sous population. Certaines indications de taux d'attaque différents pour les deux populations ont été relevés dans deux des épidémies étudiées, mais il est possible que la base de données n'ait pas le potentiel de révéler l'existence de véritables différences. La gravité de la maladie en fonction de l'âge du patient, de la dose de sérovar ou de pathogène Salmonella n'était pas évaluée, bien qu'elle puisse être influencée par ces facteurs et par la pathogénicité. Toutefois, la base actuelle de données était insuffisante pour calculer une estimation quantitative de ces facteurs.
La section consacrée à l'évaluation de l'exposition pour S. Enteritidis dans les œufs compare et oppose des modèles réalisés précédemment. Elle décrit le cadre général de ces modèles, les données utilisées et les analyses effectuées pour la modélisation de l'analyse. Ces modèles comprennent en général un module de production, un module pour la transformation et la distribution des œufs en coquille, et un module pour la préparation et la consommation. Le module de production estime la probabilité de la présence d'un œuf contaminé par S. Enteritidis, qui dépend de la prévalence parmi les troupeaux, de la prévalence au sein du troupeau et de la fréquence avec laquelle les poules infectées pondent des œufs contaminés. La prévalence parmi les troupeaux (c'est-à-dire la probabilité qu'un troupeau contienne une ou plusieurs poules infectées) dépend en outre des facteurs qui servent à introduire S. Enteritidis dans les troupeaux (par exemple, les poulettes de remplacement, le transfert par l'environnement du fait de troupeaux infectés antérieurement, la contamination des aliments, etc.). Le module pour la transformation et la distribution des œufs en coquille et le module pour la préparation et la consommation estiment la probabilité de l'exposition humaine à différentes doses de S. Enteritidis provenant d'œufs contaminés. La dose consommée dans un repas à base d'œuf dépend de la croissance de S. Enteritidis entre le moment où l'œuf est pondu et celui où il est préparé, ainsi que des modes de préparation et de cuisson. La croissance de S. Enteritidis dans les œufs contaminés est fonction de la durée et de la température de stockage. Le résultat de l'évaluation de l'exposition est en général introduit dans la caractérisation des risques, pour obtenir le résultat de la caractérisation des risques. Ce résultat est la probabilité de maladie humaine par portion de repas contenant un œuf.
L'évaluation de l'exposition comprenait l'examen des œufs à jaune contaminé et la croissance de S. Enteritidis dans les œufs avant la transformation pour les ovoproduits. Ces questions n'avaient pas encore été traitées dans les évaluations de l'exposition de S. Enteritidis dans les œufs. La croissance de S. Enteritidis est plus rapide dans les œufs dont le jaune est contaminé que dans ceux dont le jaune ne l'est pas.
Cette caractérisation des risques de S. Enteritidis dans les œufs a été délibérément élaborée de sorte à ne pas être représentative d'un pays ou d'une région en particulier. Toutefois, certains paramètres du modèle reposent sur des preuves ou hypothèses calculées à partir de situations nationales spécifiques. Il faut donc être prudent lorsqu'il s'agit d'extrapoler ce modèle à d'autres pays.
Le risque de maladie humaine lié à S. Enteritidis dans les œufs varie selon les différentes hypothèses adoptées dans le modèle. Le risque de maladie par portion augmente en même temps que la prévalence parmi les troupeaux. Cependant, l'incertitude concernant le risque anticipé augmente aussi en même temps que la prévalence parmi les troupeaux. La réduction de la prévalence parmi les troupeaux entraîne une réduction directement proportionnelle du risque pour la santé humaine. Par exemple, réduire la prévalence parmi les troupeaux de 50% à 25% permet de diviser par deux la probabilité moyenne de maladie par portion. La réduction de la prévalence au sein des troupeaux infectés résulte aussi en une réduction directement proportionnelle du risque pour la santé humaine. Par exemple, le risque de maladie par portion provenant d'œufs produits par un troupeau avec une prévalence parmi les individus de 1% est le dixième de celui d'un troupeau dont la prévalence parmi les individus est de 10%.
L'ajustement des profils de durée et de température du stockage pour les œufs de la production à la consommation était associé à des effets importants sur le risque anticipé de maladie humaine. Le risque de maladie humaine par portion semble insensible au nombre de Salmonella Enteritidis dans les œufs contaminés pour toutes les valeurs prises en considération au moment de la ponte. Par exemple, que le nombre d'organismes S. Enteritidis supposé dans tous les œufs contaminés ait été au départ de 10 ou de 100, le risque anticipé de maladie par portion était le même. Cela s'explique peut-être par le fait que l'incidence de la croissance de S. Enteritidis est plus importante que le niveau initial de contamination dans les œufs.
Á titre d'exemple de la manière dont l'efficacité des interventions visant à réduire la prévalence parmi les troupeaux peut être évaluée, l'évaluation des risques étudiait l'effet d'un programme de test et de réorientation. Deux protocoles étaient retenus, comprenant un test (au début de la production d'oeufs), ou trois tests (au début de la production d'oeufs, quatre mois après et juste avant la dépopulation du troupeau) appliqués à toute la population des troupeaux producteurs d'oeufs et leur efficacité était estimée sur une période de quatre ans. Les tests appliqués trois fois par an pendant quatre ans réduisaient le risque de maladie humaine provenant d'oeufs en coquille de plus de 90 % (c'est-à-dire >log 1). Les tests appliqués une fois par an pendant quatre ans réduisaient le risque de plus de 70 %.
D'autres interventions potentielles étaient évaluées, notamment la vaccination et la réfrigération. Afin d'évaluer l'efficacité de la vaccination contre S. Enteritidis, un test unique ou deux tests à quatre mois d'intervalle, comprenant 90 échantillons de fèces, étaient examinés. Le vaccin était supposé pouvoir réduire la fréquence des œufs contaminés d'environ 75%. Les effets des restrictions en ce qui concerne la durée et la température étaient évalués en supposant un taux de prévalence parmi les troupeaux de 25%.Les restrictions de la durée de conservation à moins de 14 jours réduisait très peu le risque anticipé de maladie par portion (~1%). Cependant, le maintien de la température de stockage chez le détaillant moins de 7,7 °C réduisait le risque de maladie par portion d'environ 60 %. Si la durée de conservation était limitée à 7 jours, le risque par portion était dans ce cas aussi réduit d'environ 60 %.
Les données disponibles utilisée pour cette évaluation des risques étaient limitées. Par exemple, les données concernant le dénombrement de l'organisme dans les œufs étaient fondées uniquement sur 63 œufs contaminés par S. Enteritidis, et en partie sur les estimations de la concentration de l'organisme dans les œufs contaminés. Il est difficile de représenter l'incertitude et la variabilité avec des données aussi limitées. L'incertitude semble grande et elle est difficile à quantifier. En outre, l'incertitude statistique ou modèle n'était pas étudiée de manière approfondie
Une grande incertitude entoure l'efficacité des différentes interventions de gestion pour lutter contre S. Enteritidis. L'ampleur de l'incertitude concernant la sensibilité des tests, l'efficacité du nettoyage et de la désinfection, ainsi que celle de la vaccination n'a pas été mesurée. Certaines données étaient disponibles pour décrire ces paramètres, mais peuvent ne pas être pertinentes pour toutes les régions ou tous les pays où ces interventions peuvent être appliquées.
L'incertitude statistique ou modèle n'était pas étudié de manière approfondie dans cette caractérisation des risques. Par exemple, des distributions autres que la distribution logarithmique normale n'étaient pas prises en compte pour la prévalence au sein des troupeaux. En outre, la microbiologie prédictive utilisée dans ce modèle était tributaire de données très restreintes appartenant à la croissance de S. Enteritidis à l'intérieur des œufs. D'autres spécifications fonctionnelles pour les équations de croissance de S. Enteritidis n'étaient pas étudiées dans cette analyse.
Le modèle d'évaluation des risques est défini en fonction d'un certain nombre de paramètres décrivant les processus de distribution, de stockage, de préparation, de cuisson et de consommation des carcasses de poulet de chair. Certains de ces paramètres peuvent être considérés comme d'ordre général en ce sens qu'ils peuvent être utilisés pour décrire la situation dans différents pays. Par contre, certains paramètres sont propres à un pays, par exemple la prévalence de carcasses contaminées par Salmonella à la fin de la transformation. Les prévisions de risque pour un pays sont meilleures si elles découlent des données spécifiques à ce pays.
L'évaluation de l'exposition de Salmonella dans les poulets de chair reproduit le mouvement des poulets contaminés par Salmonella dans la chaîne alimentaire, à partir du point où s'achève le processus d'abattage. Á chaque itération du modèle, un état infectieux était attribué au hasard à une carcasse de poulet et un nombre d'organismes Salmonella était affecté au hasard également à ces carcasses identifiées comme contaminées. Á partir de ce point jusqu'à la consommation, les modifications dans la taille de la population de Salmonella sur chaque poulet contaminé étaient modélisés à l'aide d'équations pour la croissance et la mort. La croissance de Salmonella était prévue à l'aide de données aléatoires concernant la durée du stockage chez le détaillant, la durée du transport, la durée du stockage à la maison, et les températures auxquelles la carcasse était exposée pendant chacune de ces périodes. La mort de Salmonella pendant la cuisson était prévue à l'aide de données aléatoires décrivant la probabilité qu'une carcasse manque de cuisson, la proportion d'organismes de Salmonella dans les zones de la carcasse protégées de la chaleur, la température d'exposition des bactéries protégées et la durée d'une telle exposition. Le nombre de Salmonella ingérées était alors calculé à l'aide d'une donnée aléatoire définissant le poids de la chair de volaille consommée par portion et le nombre de cellules de Salmonella dans la chair déterminé à partir de différents processus de croissance et de mort. Enfin, dans la caractérisation des risques, la probabilité de maladie était calculée en associant le nombre d'organismes ingérés (à partir de l'évaluation de l'exposition) à des informations sur la relation dose-réponse (caractérisation des dangers).
L'évaluation des risques liés à Salmonella dans les poulets de chair ne tient pas compte de toutes les parties du continuum de la production à la consommation, ce qui limite la gamme des options de contrôle qui peuvent être évaluées. La cause principale en est le manque de données représentatives pour analyser la part du changement dans la prévalence ou dans la concentration de Salmonella dans les volailles pouvant être attribuée à un traitement ou à une mesure spécifique. Toutefois, l'établissement d'un modèle de référence permettait de comparer les incidences sur le risque de changements apportés au niveau de la prévalence et du nombre de cellules. Les paramètres du modèle peuvent être modifiés pour évaluer l'efficacité des stratégies d'atténuation des risques qui visent ces mêmes paramètres. Par exemple, le paramètre décrivant la prévalence des poulets de chair contaminés par Salmonella à la sortie de la transformation peut être modifié pour évaluer l'efficacité d'une mesure de transformation telle que la chloration de l'eau de refroidissement pour réduire la prévalence des carcasses contaminées par Salmonella.
La réduction de la prévalence de poulets contaminés par Salmonella était associée à une réduction du risque de maladie. Une relation de un à un a été estimée: une modification du pourcentage de la prévalence, dans la mesure où tous les autres paramètres restent constants, réduit le risque escompté d'un pourcentage analogue. Par exemple, une réduction de 50% de la prévalence de volailles contaminées (de 20% à 10%) entraînait une réduction de 50% du risque escompté de maladie par portion. De même, une forte réduction de la prévalence (de 20% à 0,05%) produirait une réduction de 99,75% du risque escompté de maladie. Si des stratégies de gestion ayant une incidence sur le niveau de contamination, c'est-à-dire le nombre de Salmonella sur les poulets, sont appliquées, la relation au risque de maladie est estimée supérieure à un. Une modification de la distribution du nombre de cellules de Salmonella sur les poulets de chair sortant du bac de réfrigération à la fin de la transformation, telle que le nombre moyen de cellules est réduit de 40% sur l'échelle non logarithmique, réduit le risque escompté de maladie par portion d'environ 65%.
Une légère réduction de la fréquence et de l'ampleur du manque de cuisson résulte en une réduction marquée du risque escompté de maladie par portion. L'avertissement important est ici que la modification des pratiques de cuisson ne traite pas le risque de maladie par la voie de la contamination croisée. La stratégie visant à modifier les pratiques de cuisson des consommateurs doit être modérée par le fait que la contamination croisée peut en réalité être la source prédominante de risque de maladie et la nature de la contamination croisée dans le foyer reste un phénomène très incertain.
Il n'était pas possible de fournir une représentation parfaite de la croissance de Salmonella dans la volaille crue et les variations saisonnières de la température ambiante n'étaient pas prises en compte. En outre, le modèle adopté partait de l'hypothèse que la température ambiante n'avait pas d'incidence sur le taux de changement pour les températures de stockage utilisées pour prévoir la croissance, ce qui est intuitivement inapproprié dans certaines circonstances. De même, des limitations étaient présentes dans la manière dont le modèle prévoit la mort de Salmonella dans les carcasses de poulet de chair de cuisson.
Á plusieurs étapes, il était fait appel à l'opinion d'experts pour estimer la valeur des paramètres du modèle. Bien qu'elle soit souvent aisément accessible et parfois d'une fiabilité suffisante, l'opinions d'expert peut réduire la transparence et d'introduire une distorsion inacceptable que les évaluateurs des risques risquent de ne pas déceler.
Les données de surveillance de certains pays révèlent souvent de nettes variations saisonnières dans le nombre de notifications de salmonelloses humaines, avec une incidence maximale pendant les mois les plus chauds, et le modèle actuel ne peut pas représenter ni expliquer cet important phénomène.
Le manque de connaissance détaillée sur tous les aspects de la contamination croisée domestique, empêchait l'évaluation des risques de traiter ce processus. L'incertitude liées à plusieurs paramètres de la partie consommation de l'évaluation des risques était prise en compte, mais il n'était pas réalisé d'analyse complète de l'incertitude statistique et modèle. L'incidence de l'incertitude dans la voie de la contamination croisée n'était donc pas étudiée.
La présente évaluation des risques liés à Salmonella fournit des informations qui devraient être utiles pour déterminer l'impact que les stratégie d'intervention peuvent avoir sur la réduction des cas de salmonellose dus aux œufs et aux volailles contaminés. Dans l'évaluation des risques de Salmonella dans les poulets de chair, par exemple, il a été déterminé qu'il existe une relation entre la modification de la prévalence de Salmonella sur les poulets de chair et la réduction du risque de maladie par portion. Dans l'évaluation des risques de S. Enteritidis dans les œufs, la réduction de la prévalence de S. Enteritidis dans les troupeaux de volailles était directement proportionnelle à la réduction du risque pour la santé humaine. Le modèle peut aussi être utilisé pour estimer le changement du risque de maladie humaine découlant du changement de la durée et de la température de stockage des œufs. Toutefois, il n'est pas possible de comparer les effets des mesures d'intervention, c'est-à-dire l'analyse de la sensibilité, parce que la présente évaluation des risques n'est pas réalisée pour une région ou un pays spécifique, ou pour un contexte mondial. Les données étaient collectées dans différents pays pour des paramètres différents. Si ces données devaient être modifiées pour refléter une situation nationale particulière, l'impact d'une mesure serait également modifié. La prudence sera donc de rigueur lorsqu'il s'agira d'interpréter les résultats de la présente évaluation des risques dans les activités du Codex.
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