1. ÉVALUATIONS DES RISQUES LIES A SALMONELLA DANS LES ŒUFS ET DANS LES POULETS DE CHAIR – RÉSUMÉ INTERPRÉTATIF

1.1 PORTEE

Le présent chapitre résume les résultats de l'évaluation FAO/OMS des risques liés à Salmonella dans les œufs et les poulets de chair, en indiquant les sources utilisées et les techniques appliquées, et en dégageant les principales conclusions.  Après une réponse détaillée aux questions posées par le Comité du Codex sur l'hygiène alimentaire, à sa trente-troisième session, plusieurs recommandations sont formulées.  L'attention est attirée sur les domaines où d'autres recherches et collectes de données sont nécessaires pour que  l'évaluation des risques puisse offrir un outil de gestion des risques plus complet et plus fiable.

1.2 HISTORIQUE

La FAO et l'OMS ont essayé de répondre aux demandes d'orientation exprimées par les pays membres et  la Commission du CodexAlimentarius pour la conduite des évaluations des risques liés à Salmonella dans les œufs et les poulets de chair.  La Commission du Codex Alimentarius demandait un avis scientifique qui servirait de base à l'élaboration de directives et de recommandations pour la gestion des risques posés par ces dangers microbiologiques. Les pays membres, de leur coté, réclamaient des modèles adaptables à utiliser pour effectuer leurs propres évaluations nationales.  Une série de modules spécifiques répondraient à un besoin important, et en particulier des modules dose-réponse  pouvant être adaptés et utilisés avec les évaluations de l'exposition à l'intérieure des frontières nationales ou régionales.

Figure 1. Année 1 du processus FAO/OMS pour l'évaluation des risques microbiologiques liés à Salmonella dans les œufs et les poulets de chair.

La FAO et l'OMS ont élaboré un processus pour la réalisation d'évaluations des risques microbiologiques au niveau international.  Le processus incorporait les principes essentiels concernant la séparation fonctionnelle de l'évaluation des risques et de la gestion des risques; la transparence; et l'absence de distorsion (Figures 1 et 2). Á sa trente-deuxième session, en décembre 1999, le Comité du Codex sur l'hygiène alimentaire (CCFH) a établi un ordre de priorité pour les combinaisons denrée/pathogène importantes pour la santé publique et le commerce international des denrées alimentaires. Le CCFH a retenu Salmonella dans les œufs et dans la volaille comme prioritaires sur la liste  de 21 combinaisons produit/pathogène constituant un problème.  Il a été demandé à la FAO et à l'OMS de réunir des consultations d'experts dans l'objectif de fournir des avis sur l'évaluation des risques.

Figure 2. Année 2 du processus FAO/OMS pour  l'évaluation des risques microbiologiques liés à Salmonella dans les œufs et les poulets de chair.

En janvier 2000, la FAO et l'OMS ont mobilisé une équipe internationale d'experts éminents en matière d'évaluation des risques microbiologiques afin de réaliser ces évaluations. L'équipe a préparé la documentation technique sur les composantes de l'évaluation des risques: identification des dangers, évaluation de l'exposition et caractérisation des dangers   Ces documents ont été examinés et évalués durant la Consultation mixte FAO/OMS d'experts de l'évaluation des risques microbiologiques (JEMRA) qui s'est tenue à la FAO (Rome, 17–21 juillet 2000).  La consultation a identifié deux points importants à examiner avec le CCFH: le manque de questions claires concernant la gestion des risques; et les limites de l'utilité d'une estimation des risques au niveau mondial.  La FAO et l'OMS ont présenté le projet d'évaluation des risques et le rapport de la consultation d'experts au CCFH à sa trente-troisième session (Washington DC, 23–28 octobre 2000) afin d'informer les gestionnaires des risques de l'état d'avancement de l'évaluation des risques et d'obtenir des orientations plus précises quant aux besoins du Comité.  En réponse à la demande de questions claires en matière de gestion des risques, le CCFH a présenté une liste détaillée de questions (Tableaux 6 et 7).

Dans l'année qui a suivi, l'équipe de spécialistes a élaboré le volet caractérisation des risques de l'évaluation. Une seconde consultation d'experts s'est tenue au siège de la FAO (Rome, 30 avril – 4 mai 2001) afin d'examiner les travaux. Le rapport de la Consultation d'experts, qui comprenait des réponses préliminaires aux questions posées par le CCFH,a été présenté au CCFH, à sa trente-quatrième session qui s'est tenue à Bangkok (8–13 octobre 2001).  Le projet d'évaluation des risques a ensuite été rendu public pour observations et communiqué pour examen à des spécialistes dans plusieurs pays.  L'évaluation des risques a ultérieurement été révisé et mise au point définitivement.

L'élaboration des évaluations des risques a donc duré deux ans et l'examen par les pairs un an de plus. Les projets de document ont été examinés à deux reprises par le CCFH et par deux Consultations mixtes FAO/OMS d'experts.  En outre, l'examen par les pairs permettait de rassembler des observations techniques, et l'opinion du public a été sollicitée. Cette démarche rigoureuse a favorisé la transparence, ainsi que la participation de toutes les parties prenantes au processus.

1.3 OBJECTIFS

Les objectifs de l'évaluation des risques liés à Salmonella dans les œufs et les  poulets étaient les suivants:

1. Élaborer un document de référence contenant toutes les informations disponibles pertinentes pour l'évaluation des risques liés à Salmonella dans les œufs et les poulets de chair et déterminer les lacunes existant dans les données qui doivent être comblées afin de traiter de manière plus complète cette question.

2. Élaborer un cadre et un modèle types d'évaluation des risques pour application au niveau mondial.

3. Utiliser le présent travail d'évaluation des risques pour étudier l'efficacité de certaines interventions de gestion des risques pour traiter les problèmes associés à la présence de Salmonella dans les œufs et les poulets de chair.

L'analyse des coûts-avantages des mesures d'atténuation serait utile aux gestionnaires des risques pour déterminer les mesures à appliquer, mais elle n'entrait pas dans le champ d'application de ce travail et n'est pas examinée ici.

1.4 IDENTIFICATION DES DANGERS

La Salmonellose est l'une des maladies d'origine alimentaire les plus fréquentes dans le monde. Compte tenu des données internationales disponibles, l'incidence de la salmonellose peut être estimée entre 14 et 120 cas pour 100 000 personnes en 1997 (Tableau 1).  Selon les estimations du US Centers for Disease Control and Prevention (CDC), il y a tous les ans, 1,4 million de cas, 16 430 hospitalisations, et 582 décès aux États-Unis d'Amérique (Mead et al., 1999).  On estime que 96% du nombre total de cas est causé par des aliments.  Les coûts de la salmonellose d'origine alimentaire ont été estimés pour la population des États-Unis d'Amérique à 2 329 millions de dollars par an (en dollars E.-U. 1998) pour les soins médicaux et la perte de productivité. Plus de 2 000 sérotypes de Salmonella ont été identifiés, les plus fréquents étant S. Enteritidis, S. Typhimurium et S. Heidelberg.

La Salmonellose est caractérisée par une diarrhée, de la fièvre, des douleurs ou des crampes abdominales, des vomissements, des maux de tête et des nausées.  La période d'incubation va de 8 à 72 heures. Les symptômes peuvent durer une semaine.  Les infections de Salmonella peuvent être bénignes à graves, et sont parfois fatales. Les décès sont plus souvent observés dans les populations vulnérables, notamment les jeunes enfants, les personnes âgées et les personnes immunodéprimées.  Aux États-Unis d'Amérique, entre 1985 et 1991, 54 flambées de S. Enteritidis ont été signalées dans les hôpitaux  et les maisons de repos, responsables de 90% des décès associés à Salmonella, mais seulement de 12% du nombre total de cas.  Une faible proportion des personnes infectées peuvent développer le syndrome de Reiter, une maladie arthritique dont les symptômes sont des douleurs articulaires, des irritations oculaires et une diurèse douloureuse.

Les volailles jouent un rôle prépondérant en tant que vecteurs de transmission dans les cas humains de salmonellose.  L'évaluation des facteurs affectant la prévalence et la croissance de Salmonella sur les carcasses de poulet de chair serait utile aux gestionnaires des risques pour identifier les stratégies d'intervention qui réduiraient avec le plus d'efficacité les infections humaines. Le poulet de chair est l principal type de volaille consommée dans de nombreux pays. Un pourcentage important de volailles sont colonisées par les salmonellas durant la croissance, et la peau et la chair des carcasses sont fréquemment contaminées par le pathogène durant l'abattage et la transformation.

Depuis la fin des années 70, S. Enteritidisest apparu comme la principale cause de salmonellose en Amérique du Nord, en Europe et en Afrique du Sud.  Une nette augmentation de l'incidence de l'infection par S. Enteritidisa a aussi été signalée en Yougoslavie, en Finlande, en Suède, en Norvège et au Royaume-Uni.  Les œufs de poule sont devenus la source principale du pathogène.  L'émergence de S. Enteritidis en tant que cause principale de salmonellose humaine dans de nombreux pays est attribuée à la capacité inhabituelle de ce sérovar de coloniser le tissu ovarien des poules et d'être présent dans le contenu d'œufs en coquille intacts.

La plupart des infections par S. Enteritidis d'origine alimentaire sont associées à la consommation d'œufs crus, tels que « egg nog » confectionné à la maison, pâte à gâteaux, glaces confectionnée à la maison, mayonnaise, sauce de salade type César et sauce hollandaise.  De fait,  77% à 82% des flambées de S. Enteritidis ont été associées à des œufs en coquille de catégorie A ou des aliments contenant des œufs. Les œufs manquant de cuisson et Les produits contenant des œufs manquant de cuisson, comme par exemple les crèmes de type custard, les « French toast », les œufs frits ou pochés, sont aussi des source importantes de S. Enteritidis.  Selon un récent rapport de l'USFDA, 128 000 à 640 000 infections par Salmonella sont associées tous les ans avec la consommation d'œufs contaminés par S. Enteritidis et le CDC estime que 75% de toutes les poussées de Salmonella sont dues à des œufs entiers en coquille de catégorie A crus ou manquant de cuisson.

Il y a deux voies de transmission de Salmonella aux œufs: par les ovaires (transmission verticale) ou par la coquille (transmission horizontale).  Dans la transmission verticale, Salmonella passe des ovaires infectés ou du tissu de l'oviducte dans les œufs avant la formation de la coquille. La  transmission horizontale a pour origine la contamination fécale sur la coquille des œufs.  Elle comprend aussi la contamination par les vecteurs ambiants, comme les agriculteurs, les animaux de compagnie et les rongeurs.  La transmission verticale est considérée comme la voie principale de contamination par Salmonella et est plus difficile à maîtriser, tandis que la transmission horizontale peut être réduite de manière efficace par le nettoyage et la désinfection de l'environnement.

1.5 CARACTERISATION DES DANGERS

1.5.1 Sources des données

La FAO et l'OMS ont demandé des données aux États membres par lettres circulaires du Codex.  Les données sur les poussées de salmonellose proviennent de sources diverses, notamment de publications, de rapports nationaux et de données non publiées. Le Ministère de la santé et de la protection sociale du Japon a fourni des données non publiées sur 16 épidémies étudiées par ses services depuis 1997.  Ces informations ont été particulièrement utiles parce qu'elles contenaient des données sur le nombre d'organismes présents dans les aliments impliqués dans la maladie humaine.

1.5.2 Description de la base de données

La FAO et l'OMS ont reçu 33 rapports d'épidémies, dont 23 contenaient suffisamment de données concernant le nombre de personnes exposées, le nombre de personnes atteintes par la maladie et le nombre d'organismes dans les aliments impliqués pour calculer une relation dose-réponse.  Trois des 23 épidémies ont été exclues, l'état immunitaire des personnes n'ayant pu être déterminé.  Les 20 épidémies restantes forment la base de données utilisée pour calculer la relation dose-réponse. 

La base de données comprend donc 20 épidémies, dont 11 ont eu lieu au Japon et 9 aux États-Unis d'Amérique.  Le nombre de personnes exposées dans les épidémies au Japon (≈14 037; 52%) était à peu près le même que dans les épidémies aux États-Unis d'Amérique (≈12 728; 48%).  Ces chiffres sont approximatifs car dans certains cas le nombre de personnes exposées a dû être estimé à partir du rapport d'épidémie. Le taux d'attaque général dans les données était de 21,8% (26 765 personnes exposées, 5 636 malades). Le taux d'attaque  dans les épidémies au Japon (27,4%) était supérieur à celui des épidémies aux États-Unis d'Amérique (15,6%).  Cette différence est due en partie par une forte épidémie aux États-Unis d'Amérique (8 788 personnes exposées) avec un taux d'attaque de 11,7%, et une forte épidémie au Japon (5 102 personnes exposées) avec un taux d'attaque de 26,9%.  Plusieurs sérotypes étaient associés aux épidémies, notamment Enteritidis (12), Typhimurium (3), Heidelberg, Cubana, Infantis, Newport et Oranienburg.  Plusieurs vecteurs étaient impliqués, y compris des aliments (viande, œufs, produits laitiers et autres), eau, et une gélule de colorant médical (colorant carmin).

Les rapports fournis par le Ministère de la santé et de la protection sociale du Japon constituaient une source d'informations précieuses sur la relation dose-réponse dans la réalité et augmentait de manière considérable la base de données de la pathogénicité de Salmonella.  Les données figurant dans ces rapports provenaient d'enquêtes épidémiologiques menées  au Japon à la suite d'une flambée de maladie d'origine alimentaire.  Conformément à une notification des autorités japonaises (de mars 1997), il est recommandé aux établissements qui préparent plus de 750 repas par jour ou plus de 300 plats d'un seul menu à la fois de conserver des aliments pour de possibles analyses en cas d'épidémie. La notification s'applique aussi aux cuisines plus petites ayant une responsabilité sociale, comme par exemple dans les écoles, les crèches et autres centres de protection infantile ou sociale.  Des portions de cinquante grammes de chaque ingrédient alimentaire cru et de chaque plat cuisiné sont conservées pendant plus de deux semaines et congelées à une température inférieure à -20ºC.  Cette notification est très suivie bien qu'elle n'ait pas un caractère obligatoire. Certaines administrations locales au Japon ont aussi leurs propres réglementations, qui prévoient que la conservation des aliments, mais les dispositions concernant la durée et la température de stockage varient.

1.5.3 Description de la relation dose-réponse

La disponibilité d'un ensemble suffisamment important de données observées dans la réalité  pour la probabilité de maladie après exposition à Salmonella (données épidémiologiques) fournissait une occasion unique pour élaborer une relation dose-réponse sur la base de données.  Un modèle bêta-Poisson était utilisé comme forme mathématique pour la relation, et appliqué aux données épidémiologiques.

La technique de la probabilité maximale était utilisée pour créer la courbe s'adaptant le mieux aux données. L'ajustement était optimisé à l'aide d'une technique itérative qui réduisait au minimum la variance statistique, qui repose sur une hypothèse binomiale.

L'incertitude de l'ensemble des données épidémiologiques  était intégrée à la routine d'ajustement en examinant les informations épidémiologiques et en attribuant une distribution de l'incertitude aux variables observées potentiellement incertaines. Les hypothèses associées à chaque épidémie et l'estimation de la fourchette d'incertitude pour chacune des variables étaient décrites. On trouvera au Tableau 2 un résumé des données, avec l'incertitude pour les variables.

Pour ajuster le modèle de dose-réponse aux données épidémiologiques incertaines, les données ont été re-échantillonnées sur la base des distributions de l'incertitude, créant ainsi une nouvelle série de données pour chaque échantillon.  Le modèle de dose-réponse  était alors adapté à chaque série de données re-échantillonnées. Cette procédure a été répétée approximativement 5000 fois, créant 5000 séries de données de dose-réponse, auxquelles 5000 courbes de dose-réponse ont été ajustées. La procédure d'ajustement de la courbe utilisée donne plus de poids aux épidémies dans lesquelles un grand nombre de personnes ont été exposées qu'aux petites épidémies. Ceci est principalement le résultat de l'hypothèse binomiale et de la variance plus grande associée aux données obtenues par un petit nombre d'observations qu'à celles obtenues par un grand nombre d'observations.

Il n'a pas été possible d'obtenir une seule courbe de meilleur ajustement, significative sur le plan statistique, à la valeur anticipée de tous les points des données épidémiologiques. Toutefois, la caractérisation des données épidémiologiques observées par le modèle dose-réponse ajusté était plus satisfaisante que celle d'autres modèles dose-réponse publiés.  Il importe aussi de noter que la fourchette des réponses possibles à l'une quelconque des doses indiquées sur le fond de la figure 3 ne représente pas les limites de la confiance statistique de l'ajustement de la dose-réponse, mais plutôt le meilleur ajustement du modèle bêta-Poisson à différentes réalisations de la donnée observée, étant donné ses incertitudes. 

Tableau 2. Fourchette d'incertitude attribuée aux variables dans les données épidémiologiques communiquées

La Figure 3 compare les courbes ajustées et les valeurs anticipées.  La limite supérieure, la limite inférieure, la valeur anticipée, le  97,5e percentile et le 2,5e percentile pour les courbes dose-réponse ajustées aux 5000 séries de  données sont aussi indiqués. La fourchette des dose-réponses ajustées capture assez bien les données épidémiologiques observées, en particulier dans les fourchettes de doses inférieures et moyennes.  La fourchette plus large pour des dosages élevés résulte de l'existence de plusieurs épidémies de grande ampleur aux niveaux des doses inférieures et moyennes par lesquels les courbes tentent de passer, tandis que les deux points de données à dose élevée concernent des épidémies d'ampleur relativement faible qui permettent une plus grande élasticité de l'ajustement.

Figure 3.  Limites de l'incertitude pour les courbes de dose –réponse surimposées sur les courbes de dose-réponse créées en concordance avec les échantillons tirés des observations épidémiologqiues incertaines

La procédure d'ajustement ayant créé une courbe  de dose-réponse pour chacune des séries de 5000 données, il y aussi 5000 séries de paramètres de dose-réponse bêta-Poisson  (alpha & bêta).  Pour appliquer la relation dose-réponse dans une évaluation des risques, l'approche idéale serait d'établir un échantillon aléatoire de la série de paramètres qui sont élaborés, recréant ainsi les courbes de dose-réponse indiquées.  Une autre solution serait d'utiliser la valeur supérieure, inférieure, anticipée, 2,5e percentile ou 97,5e percentile pour représenter les fourchettes de l'incertitude dans la relation dose-réponse, au lieu d'une caractérisation complète résultant de l'échantillonnage des séries de paramètres.  On trouvera au tableau 3 le résumé des paramètres produisant les courbes de dose-réponse qui sont proches des limites indiquées à la Figure 3 de la relation dose-réponse.

Dans l'analyse de la dose-réponse, la région critique est celle de la dose inférieure, car il s'agit de doses qui risquent d'exister dans la réalité.  Malheureusement, c'est aussi la région pour lesquelles les données d'expérience sont les moins nombreuses.  Les données épidémiologiques comprennent des doses beaucoup plus faibles que celles rencontrées normalement dans les essais d'alimentation, et peuvent donc offrir  une plus grande fiabilité dans les approximations de dose inférieure produites par le modèle dose-réponse épidémiologique.

1.5.4 Analyse de la relation dose-réponse

Certaines souches de S. Enteritidis, en particulier les types phage isolés à partir du nombre croissant d'épidémies liées aux œufs observées ces dernières années, peuvent être davantage infectieuses que d'autres sérotypes de Salmonella.  Douze séries de données étaient évaluées pour S. Enteritidis, contre 8 séries de données pour les autres sérotypes.  Les données épidémiologiques utilisées pour étudier la relation dose-réponse ne permettaient pas de conclure que S. Enteritidis avait une probabilité différente de causer une pathologie que d'autres sérotypes.  La gravité accrue de la maladie après infection n'étaient toutefois pas évaluée.

On a essayé de voir si des courbes distinctes de dose-réponse pouvaient être justifiées pour différentes sous populations, définies en fonction de l'âge et de la sensibilité.  La comparaison des taux d'attaque de Salmonella chez les enfants de moins de cinq ans et dans le reste de la population n'a pas permis de dégager un risque accru pour cette sous population. Il importe de noter que la base de données  sur les épidémies n'est peut-être pas suffisante pour révéler l'existence de véritables différences. La gravité pourrait être influencée par l'âge du patient ou le sérotype de Salmonella. Toutefois la base actuelle de données était insuffisante pour calculer une estimation quantitative de ces facteurs.

   Le modèle dose-réponse concordant aux données épidémiologiques offre une estimation raisonnable de la probabilité de maladie sur ingestion d'une dose de Salmonella.  Le modèle repose sur des données observées dans la réalité et, de ce fait, n'est pas sujet à certaines des erreurs inhérentes à la seule utilisation de données expérimentales.  Néanmoins, les données épidémiologiques actuelles comportent aussi des incertitudes qui leur sont associées et il a fallu faire des hypothèses pour certains points des données épidémiologiques. Le modèle dose-réponse créé dans la présente activité peut, dans l'ensemble, être utilisé à des fins d'évaluation des risques et produire des estimations qui sont cohérentes avec celles observées dans les épidémiologiques.

1.6 SALMONELLA DANS LES ŒUFS

En ce qui concerne Salmonella dans les œufs, l'évaluation des risques estime la probabilité de maladie humaine due à Salmonella à la suite de l'ingestion d'une seule portion alimentaire d'oeufs en coquille contaminés intérieurement, consommée sous forme d'oeufs entiers, de repas à base d'oeufs ou d'ingrédients dans des aliments plus complexes (par exemple, un gâteau). Ce travail s'est attaché à certains aspects de la production d'oeufs sur l'exploitation, de la transformation ultérieure des oeufs en produits dérivés, des pratiques de manipulation des détaillants et des consommateurs et de préparation des repas.

1.6.1 Évaluation de l'exposition

L'évaluation de l'exposition liée à la présence de Salmonella dans les oeufs comporte un module de production, un module pour la  transformation et la distribution d'oeufs en coquille, un module pour la transformation des ovoproduits et un module pour la préparation et la consommation. Le module de production estime la probabilité de la présence d'oeufs contaminés par S. Enteriditis. Le module de transformation et de distribution d'oeufs en coquille, et le module de préparation et de consommation prévoient la probabilité des expositions humaines à différentes doses de S. Enteriditis provenant d'oeufs contaminés. Le modèle élaboré associe les modèles existant élaborés au niveau national. Le résultat de l'évaluation de l'exposition est en général introduit dans la caractérisation des dangers afin de produire la caractérisation des risques dont le résultat est la probabilité de maladie humaine par portion de repas à base d'oeuf.

Figure 4.  Diagramme schématique montrant les étapes de l'évaluation des risques liés à la présence de Salmonella dans les œufs.

1.6.2 Caractérisation des risques de Salmonella dans les œufs

Cette caractérisation des risques pour Salmonella dans les œufs a été volontairement élaborée pour ne pas être représentative d'un pays ou d'une région en particulier.  Cependant, certains paramètres du modèle sont fondés sur des preuves ou hypothèses provenant de situations nationales particulières.  Il faut donc être prudent  lorsqu'il s'agit d'extrapoler ce modèle à d'autres situations nationales spécifiques.

L'évaluation de l'exposition comportait l'examen d'oeufs à jaune contaminé et de la croissance de Salmonella dans les oeufs avant transformation en ovoproduits. Ces questions n'ont pas été traitées dans les évaluations antérieures de l'exposition de Salmonella dans les oeufs. Les oeufs à jaune contaminé peuvent favoriser une croissance plus rapide de Salmonella à l'intérieur de ces oeufs que dans ceux dont le jaune n'est pas contaminé.

Le modèle œuf en coquille permet d'obtenir la probabilité de maladie humaine due à une portion de plat à base d'œuf.  Cette probabilité est déterminée par la moyenne pondérée de toutes les portions d'œuf (contaminées et non contaminées) dans une population.  De toute évidence, le risque par portion est variable lorsque l'on considère des portions individuelles d'œuf (par exemple, une portion contenant 100 organismes entraînera beaucoup plus probablement une pathologie qu'une portion contenant un seul organisme), mais la mesure significative c'est la probabilité de pathologie de la population.  Ce risque par portion peut être interprété comme la  probabilité de maladie étant donné qu'une personne consomme une portion choisie au hasard. 

La fourchette de risque de pathologie prévue par ce modèle va de au moins 0,2 maladies par  million de portions d'œuf en coquille à 4,5 maladies par  million de portions.  Les scénarios considérés représentent une diversité de situations qui sont proches de celles rencontrées dans certains pays ou dans certaines régions.  Néanmoins, aucun pays particulier n'est reproduit volontairement dans les paramètres et résultats de ce modèle.

Trois valeurs de prévalence parmi les troupeaux (5%, 25% et 50%) étaient prises en compte, avec trois niveaux de durée et de température de stockage des œufs (réduit, de référence et élevé).

Le risque de maladie le plus faible est prévu lorsque la prévalence parmi les troupeaux est de 5% et les durées et les températures sont réduites (Tableau 4).  Dans ce scénario, le risque calculé est de 2 maladies pour 10 millions de portions (0,00002%).  Le risque le plus élevé est prévu lorsque la prévalence parmi les troupeaux est de 50% et les durées et températures de stockage sont élevées. Dans ce cas, le risque calculé est de 4,5 maladies par million de portions (0,00045%).

Les modifications des risques sont à peu près proportionnelles  à celles de la prévalence parmi les troupeaux.  Par exemple, la prévalence parmi les troupeaux de 5% est le cinquième de 25%.  Corrélativement, le risque de maladie dans les scénarios où la prévalence parmi les troupeaux est de 5% est le cinquième de celui des scénarios où la prévalence est de 25%.  De même, multiplier la prévalence parmi les troupeaux par deux (de 25% à 50%) multiplie aussi approximativement  par deux  le risque de maladie, si tous les autres paramètres restent constants.

Bien que le changement du risque soit en corrélation avec celui des conditions de référence, ces simulations démontrent, par exemple, que la modification de la durée et de la température de stockage de la production à la consommation entraîne des effets disproportionnels sur le risque de maladie. En outre, la probabilité calculée de maladie par portion peut servir à estimer le nombre de maladies dans une population.  Par exemple, on peut s'attendre à ce que dans une région où il y a 100 troupeaux de production d'œufs comportant 10 000 poules chacun, il y ait environ 1300 cas par an.

Le résultat du modèle d'ovoproduits est une distribution du nombre de Salmonella restant dans des récipients de 4 500 litres d'œufs entiers liquides après pasteurisation.  Les Salmonella prises en compte dans ce résultat sont uniquement celles  provenant d'œufs contaminés à l'intérieur. Ce résultat sert de valeur de substitution pour le risque pour la santé humaine en attendant que le modèle soit élargi pour prendre en compte la distribution, le stockage, la préparation – y compris la transformation ultérieure – et la consommation des ovoproduits.  La figure 5 indique le résultat pour le scénario de référence avec une prévalence parmi les troupeaux de 25%.  Environ 97% des lots pasteurisés sont estimés être exempts de S. Enteritidis, et la concentration moyenne est d'environ 200 Salmonella par lot.

Figure 5.  Prévision de la distribution de S. Enteritidis (SE), apportés par des œufs contaminés à l'intérieur, restant dans  des récipients contenant 4 500 litres d'œufs entiers liquides après pasteurisation.  La distribution est calculée sur la base d'une prévalence parmi les troupeaux de 25% et des durées et des températures de stockage de référence utilisées dans le modèle.

Le risque de maladie humaine par portion semble insensible au nombre de Salmonella présentes dans les oeufs contaminés dans la fourchette examinée au moment de la ponte. Par exemple, que le nombre d'organismes de Salmonella dans les oeufs contaminés ait été au départ de 10 ou de 100, le risque prévu de maladie par portion était analogue. La raison en est peut-être que l'incidence de la croissance de Salmonella est plus importante que le niveau initial de contamination dans les œufs, dans les conditions de stockage du modèle.

Il convient de noter que les données disponibles pour la présente évaluation des risques étaient limitées.  Par exemple, les preuves concernant le dénombrement de l'organisme dans les œufs étaient fondées uniquement sur 63 œufs contaminés par Salmonella, et en partie sur des estimations de la concentration de l'organisme dans les œufs contaminés. Il est difficile de représenter l'incertitude et la variabilité avec des données aussi limitées. En outre, l'incertitude statistique ou modèle n'était pas étudiée de manière approfondie.

1.6.3 Discussion

Bien que la configuration et les paramètres de ce modèle ne reflètent pas, volontairement, un pays ou une région en particulier, ses résultats peuvent être indicatifs de situations dans de nombreux pays.  Une évaluation du risque générique comme celle-ci constitue un point de départ pour les pays qui n'ont pas élaboré d'évaluation des risques qui leur soit propre.  Elle peut servir à identifier les données nécessaires pour effectuer une évaluation des risques pour un pays en particulier, et encourager la réflexion en matière d'élaboration et d'analyse des politiques.

Le contrôle de la prévalence, qu'il s'agisse de la proportion de troupeaux infectés ou de poules infectées au sein des troupeaux, a un effet direct sur la réduction de la probabilité de maladie par portion. De façon générale, la durée et la température de stockage de l'œuf peuvent avoir une incidence disproportionnée sur le risque de maladie par portion. Le nombre d'organismes présents dans les œufs au moment de la ponte semble moins important. 

Le contrôle des troupeaux, associé à la réorientation des œufs des troupeaux testés positifs, devrait réduire le risque pour la santé publique de manière considérable. Dans les scénarios envisagés, la réorientation des œufs provenant de troupeaux testés positifs réduisait aussi le risque apparent lié aux ovoproduits.  La vaccination peut réduire le risque de maladie d'environ 75%, mais est en règle générale moins efficace car les producteurs ne vaccinent que les troupeaux testés positifs. 

Les paramètres biologiques peuvent être constants dans les modèles concernant différents pays ou régions, mais d'autres similitudes sont peu vraisemblables. Les paramètres de microbiologie prédictive, la distribution de la prévalence au sein des troupeaux et la fréquence à laquelle des poules infectées pondent des œufs contaminés sont des exemples des paramètres biologiques qui peuvent être constants (mais pas nécessairement), et l'effet de l'incertitude relative à ces paramètres biologiques dans le modèle a été étudiée. Cependant, de nombreux aspects de l'incertitude n'étaient pas étudiés de manière approfondie (par exemple d'autres distributions statistiques n'étaient pas évaluées pour les équations de microbiologie prédictive ou les distributions au sein des troupeaux).  Par ailleurs, de nombreux paramètres sont à la fois très incertains et très variables au sein des pays et selon les pays   (par exemple, les durées et températures de stockage des œufs peuvent varier considérablement).  Il est difficile pour un pays de connaître avec précision les distributions concernant les durées et les températures de stockage. 

Le modèle introduit deux nouveaux concepts qui ne figuraient pas dans les précédentes évaluations de l'exposition à Salmonella dans les œufs.  Premièrement, il prend en compte la possibilité que des œufs soient pondus avec Salmonella déjà présent à l'intérieur du jaune.  Ces œufs vont à l'encontre de la description des précédents modèles concernant la dépendance de la croissance de Salmonella dans les œufs vis-à-vis de la durée et de la température.  Même si ce phénomène devrait être peu courant, les œufs à jaune contaminé peuvent favoriser une croissance plus rapide de Salmonella en beaucoup moins de temps que ceux dont l'albumen est contaminé.

Deuxièmement, ce modèle étudie le rôle de la croissance de Salmonella dans les œufs destinés aux ovoproduits.  La plupart des œufs sont modélisés comme étant transportés très rapidement  vers les installations de transformation (c'est-à-dire, œufs frais), mais certains œufs peuvent enregistrés des niveaux modérés ou élevés de croissance avant d'être cassés et pasteurisés. 

De nombreux résultats obtenus par ce modèle sont fonction d'hypothèses épidémiologiques, à savoir:

• les poules infectées produisent des œufs contaminés à une fréquence constante qui est indépendante de l'hôte, de la souche bactérienne ou des facteurs de l'environnement;

• la population des troupeaux de pondeuses est homogène (par exemple, même nombre d'individus, même gestion et environnement de base).  Ce modèle ignore aussi les effets des pratiques de mue sur la fréquence de la contamination des œufs,

• la prévalence au sein des troupeaux est aléatoire et indépendante de l'âge de la poule ou de la présence d'un autre hôte, de souche bactérienne ou de facteurs de l'environnement.

Ces hypothèses par défaut sont peut-être raisonnables, mais d'autres recherches sont nécessaires pour en déterminer le bien-fondé. En modifiant ces hypothèses, le modèle peut produire des résultats différents, même s'il est possible de l'adapter pour prendre en compte ces modifications.

1.7 SALMONELLA DANS LES POULETS DE CHAIR

Pour Salmonella dans les poulets de chair, la caractérisation des risques estime la probabilité de maladie au cours d'une année due à l'ingestion de Salmonella  Provenant de carcasses entières de poulet de chair frais, dont la peau est intacte et qui sont cuites dans une cuisine domestique pour consommation immédiate. Compte tenu du manque de données appropriées, notamment en ce qui concerne le dénombrement, ce travail commençait à la fin de la transformation à l'abattoir (c'est-à-dire à la fin de l'étape 2 de la figure 6) et examine les pratiques de manipulation et de cuisson à la maison. Les effets des interventions avant l'abattage et le processus d'abattage ne sont pas actuellement inclus dans ce modèle.

Figure 6.  Description par module de la voie  suivie par les poulets de chair entre la production et la consommation. Chaque étape décrit les changements qui s'opèrent au niveau de la prévalence (P) et du nombre de Salmonella (N) dans ce module particulier .

1.7.1 Évaluation de l'exposition

L'évaluation de l'exposition de Salmonella dans les poulets de chair reproduit le mouvement des poulets contaminés par Salmonella tout au long de la chaîne alimentaire, à partir du point où s'achève le processus d'abattage.  Pour un niveau supposé d'infection, un état infectieux était attribué au hasard à une carcasse de poulet et un nombre d'organismes  Salmonella était affecté au hasard également à ces carcasses identifiées comme contaminées à chaque itération du modèle, à l'aide des données disponibles.  Á partir de ce point jusqu'à la consommation, les modifications dans la taille de la population de Salmonella sur chaque poulet contaminé étaient modélisées à l'aide d'équations pour la croissance et la mort.  La croissance de Salmonella était prévue à l'aide de données concernant la durée du stockage chez le détaillant, la durée du transport, la durée du stockage à la maison, et les températures auxquelles la carcasse était exposée pendant chacune de ces périodes.  La mort de Salmonella pendant la cuisson était prévue à l'aide de données décrivant la probabilité qu'une carcasse manque de cuisson, la proportion d'organismes de Salmonella dans les zones de la carcasse protégées de la chaleur, la température d'exposition des bactéries protégées et la durée d'une telle exposition.  Le nombre de Salmonella ingérées était alors calculé à l'aide d'une donnée définissant le poids de la chair de volaille consommée par portion et le nombre de cellules de Salmonella dans la chair déterminé à partir de différents processus de croissance et de mort.  L'exposition par contamination croisée était modélisée ainsi que l'exposition résultant de la consommation de volaille manquant de cuisson.  En particulier l'ingestion d'organismes transférés de la volaille crue sur les mains et les aliments crus était décrite à l'aide de taux de transfert et de fréquence. Les résultats du modèle concernent l'exposition par la volaille manquant de cuisson et l'exposition par contamination croisée. Dans le deux cas, la probabilité de l'évènement et le nombre d'organismes sont le résultat.

L'évaluation de l'exposition est définie en fonction d'un certain nombre de paramètres décrivant les processus de distribution et de stockage, de préparation, de cuisson et de consommation des carcasses de poulets de chair. Certains de ces paramètres peuvent être considérés comme d'ordre général en ce sens qu'ils peuvent être utilisés pour décrire la situation dans différents pays. Par contre, d'autres paramètres sont propres à un pays, par exemple la prévalence des carcasses contaminées par Salmonella à la fin de la transformation. Les prévisions de risque pour un pays particulier sont meilleures si elles découlent des données pertinentes de ce même pays.

Il convient aussi de noter que, tout au long de ce travail, des efforts ont été déployés pour déterminer les éléments qui ont une incidence sur la validité des conclusions et le bien-fondé de l'extrapolation des conclusions aux scénarios n'ayant pas été explicitement étudiés dans les évaluations des risques.  Ceux-ci sont identifiés et étudiés dans le document concernant l'évaluation des risques.

1.7.2 Caractérisation des risques liés à  Salmonella dans les poulets de chair

Au stade de la caractérisation, les résultats de l'évaluation des risques étaient associés au modèle dose-réponse pour obtenir deux estimations du risque: le risque par portion et le risque par contamination croisée. Les estimations de risque en ce qui concerne la probabilité de maladie étaient calculés tout d'abord en utilisant une prévalence donnée de la présence de Salmonella dans les poulets de chair crus congelés.  Á un niveau de prévalence de 20% de carcasses contaminées (le cas de référence), et sur la base des autres paramètres du modèle, y compris la probabilité que le produit manque de cuisson, approximativement 2% des poulets de chair préparés pour consommation domestique peuvent contenir des cellules viables de Salmonella.  La Figure 6 montre une distribution des doses moyennes (unité formant colonie (UFC)) par portion pour les poulets contaminés qui, par la suite, sont mal cuits.

Étant donné que les données de la Figure 7 représentent la dose moyenne par portion, les valeurs inférieures à 1 UFC par portion s'interprètent comme équivalant à 1 UFC par multiple de portions, par exemple, une dose moyenne de 0,01 cellule par portion s'interprète comme une portion sur 100 contient une seule cellule.

Figure 7.  Dose moyenne (unités formant colonie (UFC) de Salmonella) par portion dans les repas préparés avec des poulets de chair contaminés.

Figure 8.  Distribution du risque moyen par portion.

En supposant une prévalence de 20% de poulets contaminés, la fréquence estimée et la distribution cumulative du risque moyen par portion sont indiquées à la Figure 8.  Le risque anticipé par portion est de 1.13E-5, ou 1,13 maladie par 100 000 portions.  Cette valeur représente le risque moyen pour tous les individus de la population qui consomment des portions de poulets qui sont stockés, transportés et préparés de la manière décrite dans le modèle, et prend en compte les probabilités que la portion provienne d'un poulet contaminé par Salmonella, et que le plat manque de cuisson.  Il faut admettre que certains individus consommant une portion pourront à certaines occasions être confrontés à un risque beaucoup plus élevé que d'autres qui consommeront des portions ne présentant aucun risque de salmonellose, puisque la portion sera exempt du pathogène.

Le risque anticipé par portion peut être étendu à celui anticipé pour des portions multiples, comme par exemple des repas consommés dans une année.  Si l'on suppose que le risque posé par une exposition (portion) est statistiquement indépendant de toute autre exposition (portion), le risque global d'infection après une série d'expositions (risque annuel) peut être estimé à partir du risque d'infection par exposition (risque journalier ou par exposition).  Pour estimer le risque annuel d'infection, deux types d'information sont nécessaires: le risque d'infection par portion, et le nombre de portions consommées pendant une année. Le calcul du risque annuel reposant sur le risque moyen estimé par portion et les hypothèses adoptées pour ce scénario de base sont indiqués au Tableau 5.

Les hypothèses inhérentes au calcul du Tableau 5 sont que le risque escompté par portion est le même pour chacune des portions consommées pendant l'année, et que le risque découlant de chaque exposition est indépendant de toutes les autres expositions.  Le risque annuel était estimé en supposant que 26 repas à base de poulet étaient consommés durant une année, c'est-à-dire une fois toutes les deux semaines.  Par exemple, on a étudié le risque pour une population de 20 millions de personnes, dont 75% consomme du poulet. Dans ce cas, le nombre total de cas escompté de salmonellose découlant des hypothèses du modèle est estimé à 4 400, soit un taux de 29 cas par 100 000 personnes.  Á l'évidence ces statistiques doivent être adaptées à un pays ou une région spécifique.

Outre l'estimation du risque par portion reposant sur la consommation de volaille manquant de cuisson, l'évaluation modélisait aussi le risque dû à la contamination croisée.  La séquence et la nature des évènements qui doivent survenir afin que les bactéries sur les poulets crus soient disséminées et ingérées par d'autres voies sont complexe et difficiles à modéliser complètement. Les données manquent pour décrire de manière adéquate la contamination croisée, mais il est reconnu qu'il s'agit d'une voie importante pour les maladies d'origine alimentaire. Les estimations qui suivent offrent une approximation de l'ampleur du problème, même si les voies pouvant déboucher sur l'exposition et la maladie n'ont pas toutes été modélisées. 

Dans le scénario de base, le risque escompté dû à la contamination croisée (transfert  poulet cru – mains - aliments non cuits, ou poulet cru - planche à découper - aliments non cuits) a été estimé à 6,8E-4, ou 6,8 maladies pour 10 000 expositions à du matériel contaminé, soit un risque qui est plus de dix fois supérieur à celui du risque escompté d'une portion.  Cette estimation est fonction de deux facteurs (probabilités conditionnelles) dans le modèle actuel: tout d'abord, le risque escompté lorsque l'évènement survient et, ensuite la probabilité escomptée que l'évènement survienne.

La probabilité escomptée que l'évènement survienne est fonction de la prévalence de la contamination plus la probabilité du manque de cuisson dans le cas de la consommation, ou par la prévalence de la contamination plus la probabilité de mains ou de planches à découper non lavées dans le cas de la contamination croisée.  Compte tenu des hypothèses du modèle, le risque escompté lié à cette voie de contamination croisée équivaut approximativement  à 60 expositions par la consommation de poulet. Bien que l'on puisse débattre de la fréquence avec laquelle les personnes se lavent ou ne se lavent pas les mains, le risque ultime dû à la contamination croisée pourrait être dans la réalité encore plus élevé que celui estimé ici, étant donné qu'il existe de multiples occasions de contamination croisée dans le milieu de préparation domestique.

L'évaluation des risques liés à Salmonella dans les poulets de chair ne prend pas en considération toutes les parties du continuum de la production à la consommation, ce qui limite la gamme des options de contrôle qui peuvent être évaluées. Ceci est dû essentiellement au manque de données représentatives pour analyser la part du changement  soit dans la prévalence soit dans la concentration de Salmonella dans les volailles, ou les deux à la fois, pouvant être attribuée à un traitement ou une action spécifique.  L'établissement d'un modèle de référence permettait toutefois de comparer l'impact sur le risque de changements apportés au niveau de la prévalence et du nombre de cellules.  Les paramètres du modèle peuvent être modifiés pour évaluer l'efficacité des stratégies d'atténuation des risques qui ciblent ces mêmes paramètres. Par exemple, le paramètre décrivant la prévalence de poulets de chair  contaminés par Salmonella à la sortie de la transformation comme la chloration de l'eau de réfrigération afin de réduire la prévalence des carcasses contaminées par Salmonella.

La réduction de la prévalence de poulets contaminés par Salmonella était associée à une réduction du risque de maladie. Une relation de un à un était estimée: une modification du pourcentage de la prévalence, dans la mesure où tous les autres paramètres restent constants, réduit le risque escompté d'un pourcentage analogue. Par exemple, une réduction de 50% de la prévalence de volailles contaminées (de 20% à 10%) entraînait une réduction de 50% du risque escompté de maladie par portion. De même, une forte réduction de la prévalence (de 20% à 0,05%) produirait une réduction de 99,75% du risque escompté de maladie, une réduction du risque qui pourrait être obtenue par des actions de gestion des risques avant l'abattage.

Si les stratégies de gestion qui ont une incidence sur le niveau de contamination, c'est-à-dire sur le nombre de Salmonella sur les poulets, sont appliquées, la relation au risque est estimée supérieure à un. Une modification de la distribution du nombre de cellules de Salmonella sur les poulets de chair sortant du bac de réfrigération à la fin de la transformation, telle que le nombre moyen de cellules est réduit de 40% sur l'échelle non logarithmique, réduit le risque escompté de maladie par portion d'environ 65%.

Une légère réduction de la fréquence et de l'ampleur du manque de cuisson résulte en une réduction marquée du risque escompté de maladie par portion. L'avertissement important est ici que la modification des pratiques de cuisson ne traite pas le risque de maladie par la voie de la contamination croisée. La stratégie visant à modifier les pratiques de cuisson des consommateurs doit être modérée par le fait que la contamination croisée peut en réalité être la source  prédominante du risque de maladie et, il ne faut pas oublier que la nature de la contamination croisée dans le foyer reste un phénomène très incertain.

1.7.3 Résumé et recommandations

Á ce jour, il n'a pas été réalisé d'évaluations complètes de l'exposition à Salmonella dans les poulets de chair.  Le présent rapport a donc étudié les points suivants:

• Ce qui est nécessaire pour effectuer ces évaluations.

• Les informations qui sont disponibles.

• La mesure dans laquelle les informations disponibles répondent aux besoins.

• Élaboration d'un modèle général utilisant les données disponibles qui répondent aux besoins spécifiés.

Les recommandations suivantes sont formulées pour orienter les travaux futurs:

1. La notification de la prévalence aux différents stades de l'ensemble de la voie d'exposition devrait être encouragée dans toutes les régions du monde.

2. Les données présentées devraient indiquer tous les détails concernant la méthodologie utilisée, y compris le site d'échantillonnage, la date de l'échantillonnage, la relation entre l'échantillon et la population générale, et les méthodes microbiologiques.

3. La détermination de données quantitatives devrait être encouragée et, en cas de disponibilité, des évaluations complètes de l'exposition pourraient être mises au point pour déterminer des stratégies d'atténuation (par exemple, utilisation du chlore dans l'eau de réfrigération) ou comparer des pratiques (réfrigération par eau ou par immersion).

4. La contamination croisée durant les opérations de transformation et de manipulation devrait être étudiée quantitativement, et des méthodologies  permettant de modéliser ce processus devraient être élaborées. La contamination croisée à ces différents stades est un facteur déterminant qui est souvent associé aux épidémies.

5.  Au niveau national, la collecte de données de consommation devrait être encouragée.  La conception de ces études devrait tenir compte des données nécessaires pour les évaluations de l'exposition, notamment la variabilité de la population, la taille des portions, et la fréquence de la consommation.

6. Dans le domaine de la microbiologie prédictive, le domaine de la survie a été moins bien étudié que la croissance et la mort. Il existe peu de modèles prédictifs décrivant la survie aux températures de réfrigération et de congélation, et il est donc essentiel de poursuivre l'élaboration de ce type de modèle.

1.8 PRINCIPAUX RESULTATS D'ORDRE GENERAL

L'un des résultats importants du travail d'évaluation des risques a été la compilation et le collationnement de nombreuses informations sur Salmonella et les poulets de chair, et sur Salmonella associés aux œufs.  L'organisation de ces données dans le cadre structuré de l'évaluation des risques a permis d'identifier les lacunes importantes existant dans les données. On pourra ainsi s'assurer que les futurs travaux de recherche ciblent la création et la collecte des données les plus utiles et les plus pertinentes.

La caractérisation des risques a permis de tirer les conclusions générales qui suivent.

• Les modèles dose-réponse existants pour Salmonella ne caractérisent pas de manière satisfaisante la relation dose-réponse observée dans les données épidémiologiques.

• Le nouveau modèle dose-réponse calculé à l'aide des données épidémiologiques est considéré comme la meilleure estimation disponible pour la probabilité de maladie après ingestion d'une dose de Salmonella.  Les données épidémiologiques constituent un ensemble extrêmement utile de données observées dans la réalité. Elles présentent cependant des incertitudes, en particulier le nombre de personnes exposées et la dose d'exposition n'étaient pas toujours connus avec une complète certitude.  En outre, les données épidémiologiques ne concernaient que deux pays – Japon et États-Unis d'Amérique.

• Les données épidémiologiques n'apportaient pas de preuves permettant de conclure que la dose de Salmonella causant la maladie est différente de la dose d'autres sérotypes de Salmonella.

• Les données épidémiologiques ne révélaient pas de risque accru de maladie chez les enfants de moins de cinq ans par rapport au reste de la population après exposition à Salmonella.  La base de données pourrait toutefois ne pas être à même de révéler l'existence de véritables différences.