El país puede ser dividido en las cinco zonas agroecológicas que se detallan en la siguiente Tabla.

Características climáticas por zonas agroecológicas
Zona	Departamentos	Precipitación promedio (mm)	Temperatura media anual (ºC)	Estación lluviosa	Clima
Norte Costa Atlántico Valles interiores	Colón y Gracias a Dios Cortés, Atlántida y Yoro	2 400 1 200 - 1 800	27 26	May-Abr May-Nov	Tropical húmedo Trópical seco
Occidental	Ocotepeque, Copán, Santa Bárbara, Lempira	1 200 - 2 200	23	Abr-Nov	Tropical y subtrópical seco
Central	La Paz, Comayagua y partes de Intibucá, Yoro y Francisco Morazán	400 - 1 200	24	May-Oct	Templado subtropical
Centro-Oriental	Olancho y El Paraíso	400 - 2 000	25	May-Oct	Templado cálido
Sur	Valle y Choluteca	1 680	29	May-Nov	Sabana Tropical

Las tierras bajas de la costa Atlántica o Caribe, tienen una estación seca corta entre marzo y mayo, comprendiendo las cuencas bajas de los ríos Ulúa, Patuca y Aguán, y están sujetas periódicamente a inundaciones. En las tierras altas del interior, al igual que en la tierras bajas del Pacífico, la estación seca se presenta entre diciembre y abril. En casi todo el país la distribución de lluvia es bimodal, con picos en mayo y septiembre y entre ellos un período sin lluvias en los meses de julio-agosto, que se le denomina localmente canícula.
Periódicamente la zona atlántica es azotada por tormentas tropicales y huracanes del Caribe (cada 4 a 5 años con un ciclo marcado de 20 años para los eventos más destructivos, 1934, 1954 y 1974), con grandes daños sobre la infraestructura y la agricultura. El más reciente y desastroso del siglo fue el huracán Mitch (noviembre 1998) que causó daños por más de 2 000 millones de $EE.UU., 7 000 muertos, cerca de 1,9 millones de damnificados, y el 70 por ciento de la producción agropecuaria nacional perdida, además de daños en la infraestructura de riego y drenaje.

El territorio de Honduras se divide en dos vertientes: la vertiente Atlántico (82 por ciento del país) con 13 cuencas principales de ríos caudalosos produce el 87 por ciento del escurrimiento superficial, y la vertiente Pacífico (18 por ciento del país), que con 5 cuencas mayores aporta el 13 por ciento restante.
El escurrimiento superficial total se estima en 87 km3/año. Una extensión de 15 655,4 km2 (13 por ciento del territorio) corresponden a cuencas compartidas con los países vecinos Un 16 por ciento de las aguas superficiales nacionales salen del país hacia los países vecinos: río Motagua con 2,07 km3/año hacia Guatemala; ríos Lempa 3,87 km3/año y Goascorán 1,2 km3/año hacia El Salvador; y ríos Negro 1,36 km3/año y Segovia 5,55 km3/año hacia Nicaragua. No dispone de acuerdos internacionales sobre aguas y ríos limítrofes que regulen su aprovechamiento conjunto, sino sólamente de tratados de límítes geográficos que no consideran estos aspectos.

Características principales de las regiones hidrográficas de Honduras
Cuenca	Area1 (km2)	Volumen (106 m3/año)	Longitud (km)	Pendiente Media (%)
VERTIENTE ATLANTICO	88 034	75 397
Río Motagua	2 141,1	2 072	-	-
Río Chamelecón	4 399,3	3 264	256	0,47
Río Ulua	21 230,6	16 959	358	0,42
Río Lean	2 161,0	Incluido en Cangrejal	71	0,85
Río Cangrejal	1 255,0	271	38	5,26
Río Cangrejal-Aguan	1 179,0	Incluido en Cangrejal	30	1,67
Río Aguan	10 386,1	7 329	275	0,47
Río Sico	7 090,8	5 908	358	0,45
Río Plátano y otros	1 248,3	3 225	115	0,61
Río Patuca	24 762,4	23 706	592	0,32
Río Guarunta y otros	5 561,0	Incluido en Kruta	110	0,32
Río Kruta	1 314,0	7 109	120	0,08
Río Segovia	5 305,2	5 554	-	-
VERTIENTE PACIFICO	18 680	11 527
Río Lempa	5 717,0	3 872	60	2,67
Río Goascorán	1 576,6	1 200	141	1,24
Río Nacaome	2 745,1	2 061	110	1,45
Río Choluteca	7 681,6	3 032	349	0,49
Río Negro/Sampile	959,5	1 362	105	1,00
TOTAL	106 714	86 924

(1)No se incluyen áreas de bahías, lagos, lagunas, Islas de la Bahía y otras áreas menores que no aportan caudal.

El potencial de aguas subterráneas no se conoce con precisión pero se estima que son abundantes en las tierras bajas de la zona costera Atlántica, donde los pozos presentan buenos rendimientos. La CEPAL en 1973 estimó un caudal renovable de agua subterránea explotable de 9,09 km3/año, dividido en 8,02 km3/año en la vertiente Atlántica y 1,07 km3/año en la vertiente del Pacífico. En los valles de las tierras altas del interior y en la costa del Pacífico (valles de Choluteca, Tegucigalpa, Comayagua), donde el riego es importante, se producen descensos importantes en los niveles de agua subterránea, comprometiendo su disponibilidad.
Las fuentes de contaminación de recursos hídricos más comunes son los residuos orgánicos (principalmente del café), los plaguicidas en la costa Atlántica y en la zona costera del Golfo de Fonseca, los metales pesados resultantes de la actividad minera y las aguas residuales de las áreas urbanas, que son descargadas sin tratamiento a los curos hídricos más cercanos, especialmente en el caso del lago Yojoa. En el ámbito nacional, no se dispone de estadísticas sistemáticas sobre valores de contaminación.

El único lago natural existente es el Lago Yojoa con 90 km2 de superficie. Además, existen cinco embalses en operación con propósitos hidroeléctricos y de abastecimiento de agua potable que regulan un total de 4,21 km3. El mayor de ellos es El Cajón, con 4,2 km3. Existe también en construcción (1998) un embalse de propósito múltiple en Nacaome con capacidad de 180 millones de m3.
La presión ejercida en Honduras sobre sus bosques es altísima, experimentando un proceso de deforestación sin control. Las estimaciones más recientes dan para 1996 una cobertura forestal total de 4,5 millones de ha con un ritmo de deforestación anual de 108 000 ha. Se calcula en más de 170 000 ha las tierras sujetas a erosión, con pérdidas de suelo del orden de 22 a 46 t/ha/año, cuyos efectos dañinos se hacen sentir en la sedimentación causada en los embalses existentes.
La capacidad instalada total de generación eléctrica es de 759,2 Mw con una generación neta en 1996 de 3064,3 GWh. El potencial hidroeléctrico es de 4 654,5 Mw. El sistema nacional interconectado se compone de 431,0 Mw (57 por ciento) de generación hidráulica y el resto a base de plantas diesel y de gas, además de la energía que comparte a través de la interconexión con Nicaragua y Costa Rica. El país cuenta con cuatro centrales hidroeléctricas: El Níspero 22,5 Mw, Cañaveral 28,5 Mw, Río Lindo 80 Mw y El Cajón 300 Mw. El caudal global turbinado es del orden de 7,6 km3/año.

Figura 1: Extracción de agua por sectores en 1992. Extracción total:1,5 km3/año.

Las estimaciones de extracción de agua para usos consuntivos eran de 1,52 km3/año en 1992 (ver figura 1). La mayoría de los servicios de suministro de agua potable se abastecen de aguas superficiales. El consumo de agua potable en 1990 se estimaba en 233 millones de m3, y la proyección de dicho valor para el año 2000 es de 245 millones de m3. Dada la disponibilidad territorial de recursos hídricos y los bajos porcentajes de utilización a nivel nacional, no se experimentan conflictos entre usos.
La cobertura de saneamieto en 1997 fue del 73 por ciento para el área urbana y 57 por ciento en el área rural. Los bajos porcentajes en el medio rural se consideran motivados por la dispersa distribución de las poblaciones y por las dificultades de muchas comunidades para acceder a los Programas de Agua y Saneamiento.

La economía del país depende fuertemente del sector agropecuario, por lo que el fomento a la producción agrícola bajo riego se considera fundamental para abastecer su consumo interno y ampliar sus horizontes de exportación de productos no tradicionales. La superficie agrícola nacional se estima en 2,8 millones de ha con un superficie potencial regable de 500 000 ha, distribuidas de la siguiente forma: 100 000 ha en las tierras altas del interior, 340 000 ha en las tierras bajas de la vertiente Atlántico y 60 000 ha en las tierras bajas de la vertiente del Pacífico.
Las actividades de riego fueron iniciadas por las empresas internacionales bananeras en los años veinte en los fértiles valles de Sula, Aguán y La Ceiba en la costa Atlántica, y luego comenzaron los pequeños productores en el corredor central desde Choluteca hasta Comayagua. En 1952 se inició el riego público en Comayagua con los Distritos de Riego de Selguapa (2 463 ha), Las Flores (2 428 ha) que ya operaban en 1959, y en 1978 se ejecutó el Distrito San Sebastián (180 ha). En 1988 existían 66 425 ha con infraestructura de riego, 50 818 ha pertenecían al sector privado y 15 607 ha al sector público. En 1991 la superficie con infraestructura de riego se incrementó a 73 210 ha (56 152 ha del sector privado y 17 058 ha del sector público, ver figura 2), de las cuales se regaron 55 000 ha (47 000 ha privadas y 8 000 ha públicas). Durante los años 90 la superficie con infraestructura de riego se ha mantenido sin grandes variaciones.

Figura 2: Situación del riego en Honduras en 1997.
Superficie de riego total: 73 210 ha

La figura 3 muestra la distribución de la superficie de riego por regiones, estando localizada el 55 por ciento de la superficie de riego en la zona Norte. Las aguas de riego son, en general, de origen superficial a pesar de no haber información cuantitativa precisa.Los sistemas de riego por zonas, tipos de productores y métodos utilizados más comunes se resumen en la siguiente Tabla.

Tipos de agricultores, zonas agroecológicas y sistemas de riego
Tipos de Productores	Zona	Sistemas de Riego
1. Agricultores del sector reformado (< 5 ha)	Norte y Central	Agricultura en ladera (terrazas con surcos en contorno), riego suplementario por gravedad en la estación lluviosa y sin riego en estación seca por falta de agua.
2. Agricultores del sector no reformado (hasta 10 ha)	Occidental y Sur	Riego suplementario por gravedad en estación lluviosa más una campaña en estación seca.
3. Pequeños y Medianos Agricultores de los Distritos de Riego (5 a 10 ha)	Central (valle de Comayagua)	Riego suplementario por gravedad en la estación lluviosa y riego en estación seca según disponibilidad de agua.
4. Medianos y Grandes Agricultores (> 10 ha)	Todas las regiones	Riego en estación seca y riego suplementario en estación lluviosa, por gravedad y presurizado (aspersión, goteo).
5. Empresas internacionales (> 180 ha)	Norte-Atlántico	Riego suplementario, presurizado (aspersión, goteo, cañones y micro aspersión)

La producción agropecuaria de Honduras se puede agrupar también por zonas agroecológicas:
Zona Norte. La costa Atlántica de la zona Norte está constituida por una franja de tierras aluviales fértiles, ocupadas con plantaciones de bananos, cítricos y piñas para exportación, cultivos de arroz, cacao, frijoles y ganadería para el consumo interno. En los valles interiores se produce banano, caña de azúcar, cítricos, arroz, maíz, palma africana, soja, plátanos, cacao y chile tabasco.
Zona Occidental. En las laderas de altura media se explota la ganadería extensiva y cultivos de maíz, frijoles, guineos y principalmente café bajo sombra. En los valles con suelos más fertiles se cultiva caña de azúcar, maíz, arroz, soja, sorgo, frijoles y tabaco, además de la ganadería.
Zona Central. En laderas se cultiva maíz, frijoles, sorgo, caña de azúcar, soja, arroz, patatas, hortalizas y frutas.
Zona Centro-Oriental. En las partes intermedias de ladera relativamente húmedas se observan plantaciones de café, cítricos, guineos, mangos, maíz y fríjoles. En los valles, los suelos son aluviales medianamente fértiles ocupados predominantemente por pastos que soportan ganadería extensiva. Estos valles constituyen una de las principales zonas productoras de granos básicos del país (maíz, sorgo, arroz, frijoles y soja), además de hortalizas, frutales, caña de azúcar y algodón.
Zona Sur. Las tierras altas constituyen una región agreste, que en su parte relativamente húmeda contiene plantaciones de café y el resto es poco cultivado. En los valles hay suelos medianamente fértiles con cultivos de algodón, melón, caña de azúcar, y ajonjolí. Acercándose al litoral, la principal actividad es la ganadería de tipo extensivo. La faja litoral contiene importantes recursos pesqueros.

Figura 3: Superficie bajo riego y drenada en Honduras por zonas en 1991.La superficie total bajo riego eran 73 000 ha y la superficie total drenada 21 994ha.

Los costos de puesta en riego en parcela en el sector privado se calculan en 2 857 $EE.UU. por hectárea, mientras que para el sector público se consideran en 3 000 $EE.UU. por hectárea. El Programa de Riego para sistemas de riego estimaba en 1991 inversiones entre 1 000 y 3 000 $EE.UU. por hectárea respectivamente, según fueran por gravedad o presurizados. La tarifa que se cobra a los usuarios de los sistemas de riego es de 12,1 $ EE.UU/ha/ciclo de cultivo repartidos en 8,89 $EE.UU por canon de agua y 3,21 por operación y mantenimiento. Dicha tarifa está subsidiada y no cubre los costos reales que son mucho mayores. Respecto a la operación de los sistemas de riego público, cada Distrito posee su propio reglamento.
El programa de control de inundaciones y rehabilitación de tierras agrícolas se inició en 1973 con los programas de canalización de cauces y construcción de canales para recuperar 42 000 ha en el valle de Sula al nor-occidente, y 20 000 ha en el valle Aguán al nor-oriente del país, cifra que se mantenía en 1991. El área nacional con problemas de drenaje es del orden de 340 000 ha, principalmente ubicados en la costa Atlántica de la zona Norte, cuencas de los ríos Patuca, Aguán, Plátano, Ulúa y Chamelecón.