El clima de El Salvador se determina por las masas de aire húmedas provenientes del Caribe (vientos alisios), los movimientos de la ZCI y los vientos del norte que transportan masas de aire fresco al final del año. Se distinguen tres zonas climáticas:
(i) Sabana Tropical Caliente o Tierra Caliente (ocupa el 89,5 por ciento del país), de 0 a 800 m, con rango de temperatura de 22 a 27°C, que comprende todas las cabeceras departamentales menos Cojutepeque y Nueva San Salvador.
(ii) Sabana Tropical (ocupa el 6 por ciento del país), de 800 a 1 200 m, con rango de temperatura de 19 a 22°C, donde se encuentran las cabeceras de Cojutepeque y Nueva San Salvador.
(iii) Clima Tropical de Altura, de 1 200 a 2 700 m; esta zona divide en dos partes: de los 1 200 a los 1 800 m, con un rango de temperaturas de 16 a 20°C, y de 1 800 a 2 700 m, con un rango de temperatura de 10 a 16°C. En esta zona se producen heladas cada año, reduciéndose la estación seca a 3-4 meses (sierras fronterizas con Honduras).
Las precipitaciones medias anuales varían desde 1 400 mm en la región noroccidental fronteriza con Guatemala, hasta 2 400 mm en la región montañosa (volcanes de Santa Ana e Izalco), siendo la precipitación media anual nacional de 1 850 mm. La precipitación presenta una distribución bimodal, con junio y septiembre los meses más lluviosos: la época seca de noviembre a abril y la época lluviosa de mayo a octubre. Entre ambas estaciones se suceden dos transiciones, de la seca a la lluviosa en abril-mayo y de la lluviosa a la seca en octubre-noviembre. En la época seca se produce menos del 20 por ciento de la precipitación anual, por lo cual los cultivos suelen necesitar riego. Entre julio y agosto suelen presentarse de 10 a 20 días sin lluvias durante los cuales resulta beneficioso el riego suplementario.

Los RHIR de El Salvador se estiman en 17,8 km3, de los cuales 11,6 provienen de las aguas superficiales. El 84 por ciento de esta escorrentía superficial ocurre durante la estación lluviosa y 16 por ciento durante la estación seca. El Salvador es el único país de Centro América cuyo territorio drena enteramente hacia la vertiente del Océano Pacífico. El país cuenta con aproximadamente 360 ríos que en su conjunto forman 10 regiones hidrográfias, tal y como se muestra en la Tabla siguiente.

Características principales de las regiones hidrográficas de El Salvador.
Región Hidrográfica	Principales rios	Superficie (km2)	Escorrentía anual (106 m3)	Escorrentía época húmeda (106 m3)	Escorrentía época seca (106 m3)
A	Lempa	10 255	6 214	5 217,6	836,8
B	Paz	929	466	358,5	107,5
C	Sacramento-Sunza	659	369	317,0	51,0
D	San Pedro-Sonsonate-Banderas	875	776	654,0	123,0
E	Maridinga-Tihuapa	1 146	359	310,0	50,0
F	Comalapa-Guayabo	1 717	886	804,0	95,0
G	Afluentes de la Bahia de Jiquilisco	958	618	502,0	115,0
H	Grande de San Miguel	2 250	1 161	985,0	175,0
I	Afluentes del Golfo de Fonseca	804	299	296,0	33,0
J	Sirama y Guascorán	1 348	479	423,0	56,0
SubTotal		20 941	11 627	9 867,1	1 642,3
A, compartida con Guatemala		2 547	1 512	1269,5	242,5
B, compartida con Guatemala		1 183	466	358,5	107,5
A, compartida con Honduras		5 438	3 532	2 966,0	566,5
J, compartida con Honduras		1 732	631	556,0	73,8
Subtotal		10 900	6 141	5 150,0	990,3
TOTALES		31 841	17 768	15 017,1	2 632,6

Por otro lado, existen unos aportes de aguas superficiales provenientes de Honduras y Guatemala, que se estiman en 7,5 km3/año, por lo que los RHTR se estiman en 25,2 km3/año. A este respecto, sólo el río Paz (fronterizo con Guatemala) contempla un convenio de aprovechamiento con países limitrofes.
La recarga de aguas subterráneas por infiltración se estima en 6,15 km3/año, de este volumen 5,97 km3 son considerados flujo base que pasa a recargar los cursos hídricos superficiales y, por tanto, con posibilidades de extracción; el resto representa la descarga directa de los acuíferos costeros hacia el mar. Los mejores acuíferos se ubican en la zona costera y en los valles de la meseta central.

Existen en El Salvador 4 lagos (Ilopango, 70,1 km2; Guija, 44,1 km2, Coatepeque, 24,8 km2; y Olomega, 24,2 km2), y 4 embalses de propósitos hidroeléctricos: Embalse 5 de Noviembre, 20 km2; Embalse Cerrón Grande, 135 km2; Embalse 15 de Setiembre, 35 km2 y Guajoyo.
La capacidad instalada total de generación eléctrica es de 943,4 MW, de los cuales 388 MW, el 41 por ciento del total, son generados por cuatro plantas hidroeléctricas. El potencial hidroeléctrico del país se estima en 1 889 Mw, correspondiéndole 1 409 Mw al Río Lempa, del que sólo aprovecha actualmente el 21 por ciento. En 1997 la generación hidráulica fue de 2 623 GWh (24 por ciento menos que el año anterior como consecuencia de daños en los sistemas de generación eléctrica a causa de fenómenos meteorológicos) y la demanda total de energía 3 636 GWh.

Los datos más recientes sobre extracción anual total se remontan a 1992 dando un valor de 729 millones de m3 (figura 1), y siendo los acuíferos de la cuenca del Río Lempa los principales proveedores. Respecto a la extracción de agua potable se dipone de información de 1997: 262,3 millones de m3 (el valor de 1992 era de 246 millones de m3). De hecho, 158,9 millones de m3 (61 por ciento) fueron extraídos del acuífero del área metropolitana de San Salvador que ya acusa serios niveles de sobreexplotación.
La cobertura de agua potable en 1997 fue del 53 por ciento de la población total. Para ese mismo año la cobertura global en saneamiento fue de 66 por ciento (59 por ciento conectada a la red de alcantarillado y 22 por ciento con letrinas en el área urbana, y 51 por ciento con letrinas en el área rural).
La presión ejercida en El Salvador sobre sus recursos naturales es altísima, disminuyendo enormemente la superficie de bosque (6,1 por ciento de cobertura en 1992 y 2 por ciento en 1997), y causando alteraciones en la capacidad de regulación del ciclo hidrológico. La erosión (6,6 mm/año en el 75 por ciento del país) ha aumentado considerablemente el transporte de sedimentos en los ríos, por ejemplo se calculan entre 10 y 25 millones de toneladas al año en el río Lempa. Además el hecho que las aguas residuales de los sistemas de alcantarillados no reciban ningún tratamiento antes de ser vertidas a los cauces ha degradado más del 90 por ciento de los ríos, sobrepasando los niveles límite de la demanda bioquímica de oxígeno. Esta situación se acentúa en los ríos Acelhuate, Suquiapa, Sucio y Quezalapa, afectando el embalse de Cerrón Grande y a los ecosistemas costeros.

Figura 1. Extracción de agua por sectores en 1992.
Extracción total: 729 millones de m3.

La superficie potencial de riego, considerando sólo el tipo de suelos es de 273 535 ha e incluyendo la disonibilidad de agua es de 200 000 ha. Dicha disponibilidad es en un 56 por ciento de agua superficial y en un 44 por ciento subterránea. El mayor potencial de riego se sitúa en la planicie costera. La distribución de la superficie potencial de riego por región hidrográfica, según el tipo de suelos se muestra en la Tabla siguiente.

Superficie potencial de riego según clase de suelos
Posibilidades	Superficie (ha)	Superficie porregiones hidrográficas en porcentaje (para las letras, ver Tabla de la Superficie Potencial)
Buenas	67 530	16% en A; 64% en F,G,H; 12% en C,D; 8% en B,I
Moderadas	164 634	30% en A; 41% en F;G;H; 15% en C,D; 14% en B,I,E,J.
Con limitaciones	41 371	17% en A; 13% en D; 20% en H; 15% en J; el resto en las otras regiones hidrográficas.

En 1950 el sector privado regaba 1 600 ha, diez años más tarde 16 200 ha, y en 1995 se tenían bajo riego 23 000 ha. El Ministerio de Agricultura (MAG) a través de su Dirección General de Riego y Drenaje construyó entre 1966 y 1991 los Distritos de Riego Zapotitán (3 000 ha) y Atiocoyo (3 950 ha) con una inversión de $EE.UU. 18,6 millones, luego el Distrito Lempa-Acahuapa (2 600 ha) a un costo final estimado de $EE.UU. 16 millones. Dicha Dirección General, hoy División de la Dirección de Recursos Naturales Renovables, en 1997 había construido 21 993 ha en proyectos de pequeño y mediano riego favoreciendo a 2 391 productores organizados en 40 Asociaciones de Regantes. Por tanto, en 1997 el área total regada era de 44 993 ha, 22 por ciento del total regable. La figura 2 muestra la evolución del riego en El Salvador. En los últimos años, el área con riego del sector privado en líneas generales ha permanecido estable, habiéndose reducido el área con pastos para ser reemplazada por cultivos de mayor margen comercial.

Figura 2. Evolución del riego en El Salvador.
Superficie total bajo riego: 44 993 ha.

La figura 3 muestra la distribución de la superficie pública regada por Departamento. Gran parte del área total regada se ubica en la región hidrográfica D, la cual comprende las cuencas de Sonsonate, Sensunapán, Banderas, San Pedro y donde se concentran un número significativo de proyectos con riego aprovechando la buena disponibilidad de agua y suelos; le sigue la región hidrográfica A con las cuencas del río Lempa, Titihuapa, Sucio, Torola, Grande y Suquiapa.

Figura 3. Superficie bajo riego en el sector público por departamento. Superficie total: 21 994 ha. Los departamentos no mencionados no disponen de infraestructura de riego público.

El 80 por ciento de los sistemas disponen de infraestructura (presas, compuertas, canales, etc.), pero su estado de deterioro los hace poco eficientes. La figura 4 muestra que el 89 por ciento de los sistemas se riegan por gravedad (inundación) y un 11 por ciento usa métodos combinados de gravedad-aspersión. Generalmente, los grandes y medianos productores riegan por bombeo superficial directo distribuyendo el agua por medio de canales hasta la parcela. En el interior del país los medianos productores utilizan pozos entubados y distribución por canales abiertos.

Figura 4. Técnicas de riego en El Salvador en 1997 (total 44 993 ha).

En 1988 existía en el país una superfice bajo riego público de 20 402 ha que se clasificó en:
(i) Grandes Obras de riego (13 196 ha), áreas promedio de 149 ha, beneficiando a 94 familias, dedicadas a pastos, caña de azúcar, y granos básicos para el consumo interno (maíz, frijol, arroz, y sorgo). Los Distritos de Riego, con 9 550 ha, se consideraron entre las Grandes Obras de Riego, y tienen una producción diversificada, principalmente caña de azúcar y arroz, con el fin de minimizar los riesgos. La administración de los distritos se realizaba a través de un jefe designado por el Ministerio de Agricultura. Hasta la fecha se habían creado los Distritos de Riego de Zapotitán, Atiocoyo y Lempa-Acahuapa.
(ii) Medianas Obras de riego (4 239 ha), fincas promedio de 33,6 ha, beneficiando a 126 familias. Por lo general se desarrollan en explotaciones donde además de ser relativamente abundante la tierra, hay una cierta disponibilidad de capital, tanto en forma de infraestructura física como de riego. La mano de obra puede ser un factor limitante en la época de recolección de ciertos cultivos. Las decisiones de producción son tomadas por el productor individual y los asociados, y los principales factores de decisión son los precios esperados y la reducción al mínimo de los riesgos de producción y comercialización. Un 70 por ciento de los productores destina sus tierras a cultivos tradicionales (e.g. pastos, caña de azúcar, granos básicos), mientras se observa de manera creciente el interés de algunos por involucrarse en cultivos de mayor valor por unidad de superficie (ajonjolí, melón y gombo).
(iii) Pequeñas Obras (1 907 ha, 189 familias) y Microsistemas (1 060 ha, 1 166 familias) de riego, con superficies promedio que varían desde 10 ha a menos de 1 ha. Se desarrollan en superficies de tamaño muy reducido y con una dotación muy limitada de capital. Por tanto, las obras y trabajos requeridos para su puesta en operación y mantenimiento son realizadas básicamente por los propios usuarios sin excesivos medios. Las decisiones de producción se toman en el ámbito familiar y en función de las condiciones del mercado doméstico, por lo que la mayoría de productores se dedican a cultivos tradicionales (pastos, caña de azúcar, maíz) con pequeñas superficies dedicadas a cultivos no tradicionales (cítricos, tomate, pepino, cebolla, chile dulce) a fin de elevar la rentabilidad.
Los principales cultivos bajo riego en El Salvador son los pastos, la caña de azúcar, el café y los granos básicos, donde domina el maíz. Los cultivos tradicionales para exportación son el café como principal producto y la caña de azúcar. Entre los cultivos no tradicionales el ajonjolí, frutas, coco y tomate.
Los costos para la puesta en riego de los sistemas de riego público fueron de 1 900 $EE.UU./ha en el Distrito de Zapotitán en 1973, de 3 266 $EE.UU./ha en el Distrito de Atiocoyo en 1978 y de 5 577 $EE.UU./ha en el Distrito de Lempa-Acahuapa en 1995. Los costes medios de operación y mantenimiento (incluyendo gastos de administración, operación y mantenimiento del equipo de riego, drenaje y caminos, équipo móvil y asistencia técnica), para los tres sistemas de riego en 1998 fue de 214, 156 y 54 $EE.UU./ha, respectivamente. No se disponen de datos de costes del riego privado.
Los beneficiarios de los sistemas de riego públicos se agrupan en asociaciones de regantes. En 1998 existían 36 asociaciones legalmente constituidas con 2 305 beneficiarios, 3 asociaciones en trámite jurídico con 70 beneficiarios, 1 asociación en formación con 16 beneficiarios, y una federación de asociaciones de regantes.
La División de Estadísticas Agropecuarias del Ministerio de Agricultura no diferencia entre superficie de riego y de secano. No obstante, la superficie cultivada en 1998 se repartió en los principales cultivos de la siguiente forma: 38,9 por ciento de maíz, 20,9 por ciento de café, 16 por ciento de sorgo, 10,5 por ciento de fríjol, 8,5 por ciento de caña de azúcar, 1,9 por ciento de ajonjolí, 1,9 por ciento de arroz, 0,7 por ciento de naranjas y 0,7 por ciento de coco.
La superficie con problemas de drenaje se estima en 150 000 ha, principalmente ubicadas en la franja costera. En la desembocadura de algunos ríos existen manglares y áreas pantanosas. Se han realizado, fundamentalmente por el sector privado, algunos trabajos efectivos en la franja costera para preservar las tierras o para evacuar los excesos de agua en la época de lluvias. La superficie drenada total se estima en 8 000 ha. Hasta la fecha no se han detectado problemas de salinidad.