La FA es una entidad que conlleva graves pérdidas en los diferentes niveles de la producción pecuaria, partiendo por una disminución drástica de los niveles productivos de la ganadería, como los son carne, leche y sus derivados. Por otro lado se deben considerar los costos que involucran los programas de control y erradicación sostenidos por los organismos de salud animal, y todas las restricciones de mercado que se presentan cuando el país posee excedentes

Las pérdidas físicas producidas por esta enfermedad son cuantiosas y se traducen en pérdidas directas que corresponden a la disminución de la producción de productos y subproductos, y pérdidas indirectas referidas a aquellas que sufren los establecimientos ganaderos en la capacidad reproductiva del ganado, abortos, aumento de enfermedades secundarias como mastitis e infecciones producto de las lesiones de la FA y muerte debido a la enfermedad.

El análisis de las pérdidas directas e indirectas que sufren las explotaciones ganaderas se observa en el siguiente cuadro.

En América Latina los programas de erradicación contemplan el uso sistemático de vacunación, cuya estimación de costos anuales supera los 100 millones de dólares. A esta operación se le deben sumar los costos asociados como rodeo de animales y las consiguientes pérdidas de peso, producción láctea, accidentes, lesiones, atraso en los partos, abortos, manejos adicionales, trastornos de la comercialización. Se estima por consiguiente que el costo de la vacuna representa solo el 45% - 56% del costo total de la vacunación, atribuyéndose el resto a mano de obra y gastos operacionales. PANAFTOSA en 1987 estimó que las explotaciones ganaderas presentaron un gasto de más de 230 millones de dólares al año por conceptos de vacunación e infraestructura requerida para el trabajo sanitario.

La función del sector público se basa en la formulación y generación de instrumentos para obtener objetivos claros en relación al control y erradicación de una enfermedad, puesto que solo ellos tienen la capacidad de definir el perfil epidemiológico de esta e interactuar de la mejor forma con las unidades productivas. La eliminación de una enfermedad implica la posibilidad de aplicar las medidas sanitarias con fuerza legal, en el caso de la FA esto contempla, entre otras medidas, la cobertura de la vacunación, periodicidad, tipo aplicado, restricciones al movimiento de animales, aislamiento de focos, aplicación de medidas cuarentenarias en ciertos territorios, inspección de alimentos entre otras.

Los gastos públicos derivados de las campañas contra la FA, representan una parte importante de los gastos de los servicios sanitarios anuales. En América Latina, se estima que los gobiernos gastan en promedio 70 millones de dólares para mantener y operar un programa de prevención y control de la enfermedad.

Por lo tanto, los costos en América Latina para la prevención y control de la FA, considerando las pérdidas físicas, los costos de vacunación y los gastos del servicio público, alcanzaron un promedio de 500 millones de dólares al año durante el periodo 1980 - 1985.

A modo de ejemplo, el último brote de FA en el Reino Unido supuso grandes pérdidas para el sector agrícola de la cadena alimentaria, así como del sector turismo. El gobierno abonó gran parte de este gasto a través de las indemnizaciones por concepto de sacrificio sanitario, eliminación y desinfección. Todo lo cual redundó en una pérdida de 0,2% en el PBI del año 2001.

Australia que es uno de los más grandes productores y exportadores de ganado, productos pecuarios y genética animal, la aparición de un brote de FA sería desastroso para su economía. En un estudio se calcularon que las pérdidas que esto originaría, serían de 2.260 millones de dólares en conceptos del PBI y puestos de trabajo, principalmente en el mercado exportador. Es por ello que Australia invierte altos recursos en prevención y planificación, concretados en medidas de prevención y cuarentena a nivel de frontera, como en disposición de planes de emergencia listos para entrar en acción.