El Programa de cooperación técnica (PCT) de la FAO aportó 288,000 dólares estadounidenses para completar el inventario nacional y realizar una operación piloto de eliminación de plaguicidas. El inventario fue terminado por un equipo nacional capacitado y supervisado por un experto boliviano. El inventario muestra la presencia de cerca de 600 toneladas de plaguicidas obsoletos. Se han iniciado negociaciones con el gobierno y con potenciales donantes para financiar e implementar un proyecto nacional para la eliminación total de estos plaguicidas obsoletos y diseñar un programa de fortalecimiento de capacidades locales sobre plagas y el manejo del ciclo de vida de los plaguicidas. Es de especial preocupación un sitio de almacenamiento de plaguicidas en la capital Asunción, el cual sufrió graves daños durante un incendio en 2003. La mayor parte de los plaguicidas fueron puestos a resguardo temporalmente en contenedores de embarque, pero hay una urgente necesidad de retirar todos los productos y limpiar la contaminación provocada por el incendio. La FAO está trabajando esforzadamente con el gobierno para resolver esta situación de manera rápida y eficaz.

Una operación piloto para retirar y eliminar 25 toneladas de plaguicidas obsoletos de una bodega de la Oficina fiscalizadora de algodón y tabaco (OFAT) en Paraguay, se llevó a cabo en abril de 2007 bajo la supervisión de la FAO. Los residuos fueron re-envasados por personal paraguayo capacitado para estas labores, y luego exportados a Francia para su incineración en instalaciones especializadas en destrucción de residuos peligrosos.