Le Bénin possède plusieurs fleuves dont les plus importants sont la Pendjari au nord-ouest (380 km), le Couffo au sud-est (170 km), l’Ouémé au centre et au sud (150 km), le Niger au nord et au nord-est et enfin, le Mono à l’ouest (100 km). Certains de ces fleuves ont d’importants affluents. Il s’agit du Niger avec le Mékrou (410 km), l’Alibori (338) et la Sota (250 km) et l’Ouémé avec le Zou (150 km).

Le bassin du Niger
 
 Sur 135 km, le fleuve Niger constitue la frontière avec l'Etat du Niger. Sur ce court parcours, le Niger a un tracé rectiligne orienté NW-SE et reçoit en rive droite les apports de quatre affluents qui sont d'ouest en est :
 - la Mékrou (10 500km²);
- le Kompa Gourou  (1 980 km²);
- l'Alibori (13 740 km²);
- la Sota (13 600 km²).
Au sud-est du bassin de la Sota se trouvent les hauts bassins des affluents nigérians notamment la Wara et l'Oli.

Le bassin de la Pendjari (420 km au Bénin)

Les eaux de ruissellement des versants nord et hauts plateaux de la région de Natitingou vont converger vers la boutonnière de l’Atacora. On distingue trois axes principaux de drainages :
- la Kounne : 550 km2 pour une longueur de 46 km et 200 m de dénivelée,
- la Tigou    : 317 km2 pour une longueur de 27 km et 300 m de dénivelée,
- la Sarga    : 567 km2 pour une longueur de 48 km et 300 m de dénivelée.
La Kounne et la Tigou vont se joindre pour former la Pendjari qui va recevoir 22 km plus loin la Sarga.

Le bassin de l’Ouémé

On distingue la partie du bassin de l’Ouémé sur le socle Dahomeyen et que l’on appelle l“Ouémé Supérieur”, et celle située sur les formations sédimentaires du bassin côtier que l’on désigne l“’Ouémé Inférieur”.

L’Ouémé Supérieur (46 500 km2 pour une longueur de 523 km)

On peut diviser le réseau hydrographique de l’Ouémé Supérieur en trois entités :
- le réseau rive gauche, situé à l’est de l’axe nord-sud constitué par les vallées de l’Alpouro puis de l’Ouémé;
- le réseau nord-ouest, sur les flancs des reliefs de l’Atacora et d’Alédjo;
- le bassin du Zou.

Parmi les affluents les plus importants, citons d’amont en aval :
- l’Alpouro : 2010 km2 pour une longueur de 86 km,
- le Yérou Maro : 2590 km2 pour une longueur de 120 km,
- la Biffa : 1990 km2 pour une longueur de 78 km,
- l’Okpara : plus de 10000 km2 pour une longueur de 362 km.

L’Ouémé Inférieur

Après sa confluence avec le Zou, l’Ouémé entaille profondément les formations du Continental Terminal. la pente de la rivière devient alors extrêmement faible (5 m de dénivelée sur 85 km) et la vallée de l’Ouémé se présente alors comme une large zone inondable où le système hydrographique est très complexe. Une rivière, la Sô en rive droite, a un cours parallèle à l’Ouémé avec lequel elle est reliée par différents bras tantôt défluents, tantôt affluents : la Zounga, l’Agbagbe, l’Ouovu et la Zouvi. C’est cet ensemble qui forme le delta de l’Ouémé. La Sô et l’Ouémé se jettent dans le lac Nokoué respecticement aux environs de Ganvié et à l’Ouest de Porto-Novo à l'est.
Le lac Nokoué communique avec la mer par le chenal de la lagune de Cotonou et par les lagunes de Porto-Novo et celles du Nigeria .
Sur les plateaux de terre de barre très perméables, il n’existe quasiment pas de réseau hydrographique . Dans la dépression de la Lama très plate, le réseau hydrographique est très dégradé . Il existe de nombreuses zones d’endoréisme .

Le bassin de couffo (190 km)

Le Couffo prend sa source au Togo à 240 m d’altitude, près du village de Tchetti. Il se jette dans le lac Ahémé long de 24 km et dont l’exutoire est le complexe lagunaire des “Bouches du Roi”.
Les affluents sont de faible importance et ont des pentes élevées (de 5 à 13 m/km). Citons d’amont en aval :
- l’Aiokpe:47 km2
- le Gougou : 36 km2
- le Honve : 166 km2
- l’Agougan : 90 km2
- le Dra : 147 km2

Sur les terres de barre et les formations du Crétacé et de l’Eocène, le réseau hydrographique est inexistant.

Le bassin du Mono (148 km au Bénin) et de la Sazue (150 km)

Sur les 148 km de son parcours au Bénin, le Mono entaille les formations du Continental Terminal et coule dans une large vallée alluviale (10 km environ). La pente du lit devenant très faible (0,06 à 0,4 m/km), le Mono décrit de larges méandres à travers des zones inondables avant de rejoindre le système lagunaire des “Bouches du Roi”.
Dans la vallée alluviale existe un réseau hydrographique dégradé et complexe, avec la présence de marres et de lacs à sa périphérie. Citons les deux plus importants : les lacs Togbadji et Toho.

Par ailleurs, le territoire béninois dispose dans la zone littorale, d’un important réseau lacustre et lagunaire d’environ 270 km2. Les principaux lacs et lagunes, sont d'ouest en est, le lac Toho, le lac Togbadji, le lac Ahémé (78 km2), le lac Nokoué (135 km2) et la lagune de Porto-Novo. Plus au nord de cette chaîne se trouvent de tous petits lacs de barrage dans les plaines de l'Ouémé et du Mono.
Ces différents éléments morpho-climatiques et fluviaux participent à la formation des sols exploitables pour l'agriculture.
 

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