En 1993, la Organización de Cooperación y Desarrollo Económicos (OCDE) introdujo el concepto de equivalencia sustancial en el examen de la evaluación de la inocuidad de los alimentos obtenidos de organismos modificados genéticamente, y son numerosos los países que lo han aceptado.

La equivalencia sustancial en este sentido significa que las plantas modificadas genéticamente o los alimentos derivados de ellas son equivalentes a sus homólogos tradicionales y se pueden tratar de la misma manera que éstos con respecto a la inocuidad.

El establecimiento de la equivalencia sustancial no es como tal una evaluación de la inocuidad, sino una labor analítica dinámica en la evaluación de la inocuidad de un nuevo alimento en relación con otro ya existente. En la evaluación de la inocuidad de los organismos modificados genéticamente se deben abordar tanto los efectos deliberados como no deliberados que pueden producirse como consecuencia de la modificación genética de la fuente del alimento.

Productos que se sabe que son sustancialmente equivalentes a alimentos ya existentes o sus componentes: Se considera que estos productos son tan inocuos como sus homólogos y no son necesarias nuevas consideraciones sobre su inocuidad distintas de las correspondientes al homólogo.

Ejemplos: Levadura de cerveza modificada genéticamente, aceite de colza modificada genéticamente

Productos que son sustancialmente equivalentes a alimentos ya existentes o sus componentes, salvo diferencias definidas: En estos casos, la evaluación ulterior de la inocuidad se debe concentrar solamente en las diferencias definidas. Lo normal es que dichas diferencias se deriven del efecto deliberado de la introducción de material genético que codifica una o varias proteínas, que pueden modificar o no componentes endógenos o producir nuevos componentes en el organismo huésped.

Ejemplos: Levadura de cerveza modificada genéticamente, triticale (cruzamiento de trigo y centeno)

Productos que no son sustancialmente equivalentes a alimentos ya existentes o sus componentes: Hasta ahora, y probablemente en un futuro próximo, son pocos los ejemplos de alimentos o sus componentes producidos utilizando una modificación genética que pueda considerarse que no son sustancialmente equivalentes a alimentos ya existentes o sus componentes. No obstante, cabe suponer que la evolución futura de la biotecnología permitirá obtener productos que pueda considerarse que no tienen ningún homólogo tradicional y a los cuales no pueda aplicarse la equivalencia sustancial.

Ejemplos: Poliésteres de carbohidratos, kiwi