En 1993, l’Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE) a introduit le concept d’équivalence substantielle dans les débats sur l’évaluation de la sécurité sanitaire des aliments issus d’organismes génétiquement modifiés. Ce concept a été approuvé par de nombreux pays.

L’équivalence substantielle signifie qu’un végétal génétiquement modifié ou un aliment dérivé de celui-ci est équivalent au produit traditionnel correspondant et peut être traité de la même façon que celui-ci sur le plan de la sécurité sanitaire.

L’établissement d’une équivalence substantielle n’est pas une évaluation de la sécurité sanitaire en soi, mais un élément dimension dynamique et analytique de l’évaluation de la sécurité sanitaire d’un nouvel aliment par rapport à un aliment existant. L’évaluation de la sécurité sanitaire des organismes génétiquement modifiés doit aborder à la fois les effets visés et les effets non visés qui peuvent découler de la modification génétique de la source alimentaire.

Produits dont il est démontré qu’ils sont substantiellement équivalents à des aliments ou à des ingrédients existants: ces produits sont considérés comme aussi sûrs que le produit traditionnel et ne nécessitent donc pas d'autres considérations de sécurité sanitaire que celles appliquées à l'aliment existant.

Exemples: Levure génétiquement modifiée, huile de colza génétiquement modifié.

Produits qui sont substantiellement équivalents à des aliments ou ingrédients existants à l’exception de différences déterminées: dans ce cas, une évaluation ultérieure de la sécurité sanitaire doit être axée uniquement sur les différences déterminées. Généralement, les différences déterminées résultent de l'effet prévu de l'introduction de matériel génétique qui code une ou plusieurs protéines qui peuvent ou ne peuvent pas modifier les composantes endogènes ou produire de nouvelles composantes dans l'organisme hôte.

Exemples: Levure génétiquement modifiée, Triticale (croisement entre le blé et le seigle.

Produits qui ne sont pas substantiellement équivalents à des aliments ou des ingrédients existants: à ce jour, et probablement pour le proche avenir, il y a peu, voire aucun, exemple d'aliment ou d'ingrédient produit à l'aide de modifications génétiques qui puisse être considéré comme n'étant pas substantiellement équivalent à des aliments ou des ingrédients existants. Néanmoins, on peut envisager qu'avec les avancées futures des biotechnologies, on pourrait mettre au point des produits qui pourraient être considérés comme n'ayant pas d'équivalent classique et pour lesquels l'équivalence substantielle ne pourrait pas être appliquée.

Exemples: Polyesters d'hydrates de carbone, kiwi.