يتولى القسم، بالإضافة إلى العمل الذي يضطلع به في إطار البرنامج العادي، بتحديد وتصميم وتنفيذ مشروعات نوعية من خلال البرنامج الخاص للأمن الغذائي، وبرنامج التعاون الفني ومن خلال الاتفاقيات الثنائية والمتعددة الأطراف مع الجهات المتبرعة التي تقدم التمويل من خارج الميزانية.