在发展中国家和经济转型国家，粮食和农业系统正在发生巨大变化。随着人均收入增长、技术进步、贸易自由化和城市化，私营部门的作用正在扩大，小农生产日益商业化，而且农业综合企业和农业工业在社会经济发展中的作用越来越重要。食品零售商和加工厂家更加依赖专业化采购渠道和专营批发商，并为食品质量和安全制定新的标准。食品正在被“拉入” 正式部门零售点，如超市等，而不是为了在当地市场销售而生产。
粮农组织向农业委员会提交的一份报告指出“农业食品系统的变化对增长、贫困和粮食安全产生重大影响”。从积极的方面来看，农业综合企业正在努力满足对高值商品、加工产品和预制食品的旺盛需求。与此同时，相对初级生产而言，市场规模的扩大为农民带来新的增值机会，而且出口商和农业加工企业向农业部门提供重要的投入物和服务。
然而，粮农组织认为，利益不会自动产生也不会被所有各方分享。尤其受到威胁的是小农（面临日益严格的农业工业标准和合同安排）、小商人、加工厂家、批发市场和零售商，他们必须同大型食品供应商和生产厂家竞争。因此，各国政府需要为农业综 合企业投资创造有利条件，而这类投资还促进有可能受到不利影响的农村和城市社区的生计。
虽然进行了政策改革，但是许多发展中国家的商业环境仍然很不利于农业综合企业和农业工业。
粮农组织认为，一项主要挑战是平衡农业工业发展与贫困和粮食安全目标之间的关系：“农业工业的迅速发展可能取代小农、加工厂家、商店和依赖传统销售和分配渠道的商人，取代的速度不允许有足够时间产生其他机遇”。需要采取行动，扩大农村非农业经济活动并对那些由于商业化和工业化增加而被迫离开农业的人口进行补偿。各国政府还需要对影响、管理和支持私营部门投资于农业综合企业和农业工业的机构职责 - 特别是农业部 - 进行审议。
许多国家开展计划，通过加强商业联系，减少交易费用和改进市场情报来支持发展具体农业工业和价值链。例如在中国，粮农组织正在帮助农业部发展甜高粱生产，并将 这种高粱用于畜牧饲养和加工业。粮农组织确定了几项战略和干预措施，确保小农和小型农业企业能够从农业综合企业和农业工业发展中受益。例如，在研究和传播研究成果方面的公私合作可以改进提供给小规模部门的技术，而能力建设可以帮助农民满足新的质量和安全要求。
公共部门在农业综合企业发展中所面临的一项重大挑战是私营农业综合企业公司和行业组织制定的标准和质量要求迅速增加。由推行公平贸易、有机食品和可持续农业的国际非政府机构提出的认证计划是后来开展的一项举措。
然而，产业标准还使小生产者和农产品加工商处于不利地位，因为这些供应商一般不能生产大量同质高值产品。即使能够做到这一点，农业综合企业公司往往将追踪性和认证系统扩大到小生产者视为一种负担。在产生最佳影响和提高产业标准及要求的公平性方面，政府可以发挥作用，其方法包括对质量检验基础设施进行投资、加强食品安全机构以及建立公私联盟以加大小生产者的参与力度。
“一致的远景”。根据粮农组织的报告，全世界农业部门更加集中、纵向协调和订立合同的趋势几乎肯定会继续。政府早晚会需要重新平衡农业政策、机构和服务以便将重点放在综合企业和农业工业发展方面。然而，没有多少政府为该部门的发展提出协调一致的远景，而且应对它所带来的复杂挑战超出了大多数公共部门机构的能力。
支持农业工业和价值链的办法包括使小农与商业农民、出口商或农业加工公司之间建立长期关系，开展旨在提高小农和小型农业企业参加高值产品价值链能力的活动，以及采用创新机制使公共部门的供资与私营部门资源相结合。
报告指出，粮农组织拥有协助发展中国家应对挑战的潜在作用。建议粮农组织加强在该部门的专业知识和能力；实施旨在支持农业工业和价值链计划的行动；与联合国工发组织和联合国其他机构共同开展活动以及组织全球农业工业论坛来审查问题、阐明战略和建立伙伴关系。
阅读粮农组织提交给农业委员会的报告全文：农业综合企业和农业工业发展的挑战 (PDF, 320K) 另见焦点问题：农业与环境、促进畜牧业与环境的协调展应对水短缺 获取完整的农业委员会文件清单 2007年4月出版