Au Paraguay, un incendie a eu lieu en 2003 dans un site appartenant à la Tabaco Oficina de Fiscalizadora y Algodón (OFAT) dans la ville d'Asunción. Celui-ci a provoqué des dégâts à environ 160 tonnes de pesticides, a contaminé des sols et des produits contaminés ont été placés précipitamment dans des  conteneurs maritimes où ils sont restés depuis. Le site se trouve à proximité du centre d'Asunción, la capitale du Paraguay, proche d’un quartier, d’une route très fréquentée et d’une rivière, de sorte que les risques sanitaires et environnementaux sont extrêmement élevés. Le gouvernement japonais a accepté que les revenus générés par les équipements et intrants agricoles offerts par le Japon et vendus localement puissent être utilisés pour éliminer les pesticides périmés de l’OFAT d’Asunción. En vertu d'un accord de fonds fiduciaire unilatéral entre le gouvernement du Paraguay et la FAO, la division AGP a formulé un contrat pour l'élimination de 200 tonnes de pesticides périmés ainsi que les substances contaminées provenant de l’OFAT d’Asunción. Le contrat a été préparé en avril 2010, mais de nombreuses difficultés ont été rencontrées pour introduire les matières au Paraguay, principalement en raison d'une sécheresse qui a réduit le niveau du fleuve Paraguay et a empêché les cargos  d’arriver d'Argentine. Le transport terrestre a été beaucoup plus lent. Les travaux ont commencé début février 2011 avec la formation de personnel local sur des méthodes de travail efficaces et sûres de reconditionnement des pesticides périmés afin de les expédier à l’étranger. En raison des températures élevées et de l'humidité, deux équipes d'ouvriers du ministère de l'Agriculture et les pompiers locaux ont été formés et ont travaillé au reconditionnement des pesticides en se relayant toutes les trente minutes. Début mars, l’ensemble des pesticides périmés de l’OFAT d’Asunción a été remballé dans de nouveaux conteneurs prêts à être expédiés au Royaume-Uni pour leur destruction.

Les médias se sont montrés très intéressés par le projet avec la participation de la FAO à Rome et le Bureau sous-régional de la FAO pour l'Amérique latine. Des séquences vidéo et des photos de l'opération ont été organisées. De plus, la presse locale et internationale ont assisté à une séance d'information ministérielle ainsi qu’à une conférence de presse sur le sujet. Le projet a été couvert aussi bien au niveau national que régional.

Un autre problème auquel doit faire face le Paraguay est une accumulation de près de 6.000 tonnes de graines de coton  traitées avec une variété de pesticides (fongicides et insecticides) qui n'ont pas été plantées et sont donc devenues obsolètes. Le gouvernement a demandé l'assistance de la FAO pour trouver une solution afin d’éliminer ces graines. L'expertise de l’université de Wageningen a été mobilisée et une mission de terrain a été organisée en février pour examiner la situation et proposer une solution technique.

Il a été proposé d'utiliser un processus accéléré de compostage par mélange d'une proportion de graines avec d'autres matières organiques disponibles, du fumier et de la terre venant de zones où les graines traitées avaient déjà été enfouies. Les graines seraient broyées par des moyens mécaniques, et le tas de compost ainsi construit serait entretenu afin d'optimiser le processus de compostage. L'Université du Paraguay à Asunción, en collaboration avec l'Autorité des pesticides et des semences du Paraguay (SENAVE) vont travailler ensemble pour mettre en œuvre l'opération de compostage. Un projet pilote sera lancé dans les prochains mois afin de tester les différentes options et optimiser le processus, permettant dans le futur des opérations à grande échelle pour traiter les 6.000 tonnes de semences restantes.