Dans la plupart des cas, la seule solution pour se débarrasser de pesticides périmés est de les détruire. Cependant, cette opération est techniquement complexe et coûteuse. Les procédures de destruction diffèrent en fonction du type de contaminant, mais en général l'incinération à haute température est la méthode la plus utilisée.
La FAO est consciente que l'incinération de déchets dangereux pose également des problèmes. Ce procédé peut créer des émissions toxiques, et même si celles-ci sont relativement basses comparativement à d'autres sources d'émanation, elles sont néanmoins mesurables. L'incinération émet également des cendres dangereuses et les filtres qui traitent les émanations deviennent toxiques.
Même si l'incinération n'est pas la solution idéale, la passivité n'est pas une option envisageable. Une solution urgente doit être trouvée pour traiter la sérieuse menace que constituent les pesticides périmés pour la santé humaine et l'environnement. Dans la plupart des pays en développement, la technologie nécessaire pour traiter en sécurité les déchets chimiques dangereux n'est pas encore disponible. Les solutions provisoires telles que le ré-emballage et l'entreposage des pesticides en espérant qu'une meilleure option soit trouvée dans un futur proche sont inacceptables vu que la sécurité et le maintien en bon état des produits et des conteneurs ne peuvent être formellement garantis à long terme. Jusqu'à présent, les recherches concernant des technologies de destruction inoffensives pour l'environnement n'ont pas encore abouti. C'est pourquoi, à ce jour, le seul moyen de destruction des pesticides périmés reste l'incinération à haute température.
Pour tout projet pour lequel elle fournit des conseils techniques ou désigne une compagnie pour la destruction des pesticides périmés, la FAO s'assurera toujours que les équipements de destruction sont accrédités et surveillés par les autorités compétentes. Ces équipements doivent également avoir un passé professionnel éprouvé, conforme aux standards reconnus. Avant d'approuver l'envoi de déchets dangereux vers un site donné pour traitement, la FAO effectue une évaluation technique des installations ainsi que de leurs opérateurs.
La FAO est en permanence à la recherche d'alternatives à l'incinération et a fait appel aux vendeurs et opérateurs de différentes technologies de destruction, mais jusqu'à présent aucune proposition viable n'a été reçue. L'
Présentement, seule l'Europe autorise l'importation de déchets de pesticides pour leur incinération. Les équipements d'incinération européens sont actuellement sous-employés et par conséquent,les prix sont compétitifs, même si le marché et les prix de l'incinération sont sujets à des variations.
Certains pensent que la construction d'équipements d'incinération dans les pays en développement réduirait les coûts, aiderait à créer une infrastructure industrielle et permettrait à ces pays de gérer leurs propres problèmes de façon autonome.
Néanmoins la FAO considère cette approche avec prudence. Les stocks de pesticides périmés sont un problème critique qui nécessite une réaction immédiate. Lorsque ce problème est résolu, le but de la FAO est de s'assurer que cette situation ne se reproduise pas dans le futur. L'élimination des stocks de pesticides périmés est essentielle, mais la prévention est tout aussi importante. Si elle peut être réalisée, la construction d'installations dans les pays en développement devient inutile.
Les pays en développement pourraient devoir développer leurs infrastructures de gestion des déchets toxiques et dangereux. Les stocks de pesticides périmés que la FAO aide à éliminer représentent un problème exceptionnel. Il est vital que ces pays évaluent la gestion de leurs déchets à long terme en se basant sur une analyse détaillée des émissions actuelles des hôpitaux, de l'agriculture et des autres secteurs concernés pour mettre au point les solutions appropriées. Le mandat de la FAO s'arrête à la gestion des pesticides pendant leur durée de vie. Pour tout autre problème concernant la gestion de déchets, les pays peuvent consulter d'autres organisations des Nations Unies telles l'ONUDI ou le Programme des Nations Unies pour l'environnement (PNUE).
Le programme de la FAO a pour but de supprimer les pesticides périmés, mais il arrive que l'élimination ne soit pas la seule solution pour s'occuper de ces stocks. Une analyse chimique pourrait démontrer que le produit peut être reformulé et utilisé à d'autres fins. Dans le cas où le produit est toujours efficace mais ne répond plus aux besoins, il sera peut être possible de faire coïncider le surplus d'un pays avec la demande d'un autre et l'y envoyer.
