En juin 2002, le Programme détaillé pour le développement de l'agriculture africaine (PDDAA) du Nouveau partenariat pour le développement de l'Afrique (NEPAD) a été approuvé par les ministres africains rassemblés à l'occasion de la Conférence régionale de la FAO pour l'Afrique.

Le PDDAA fournit un cadre pour le rétablissement de la croissance agricole, le développement rural et la sécurité alimentaire en Afrique. Il est constitué de quatre domaines clés, appelés Piliers, qui visent à améliorer l'investissement agricole. Le Pilier 1 traite de la gestion des terres et de l'eau afin d'étendre la zone bénéficiant d’une gestion durable des terres et des systèmes fiables pour le contrôle de l'eau.

Un an plus tard, à Maputo, les chefs d'État et de gouvernement de l'Union africaine se sont engagés à allouer au moins 10 pour cent de leurs ressources budgétaires nationales à l'agriculture et au développement rural.

Eu égard aux objectifs du PDDAA et aux engagements des pays et comme réponse à la baisse des niveaux d'investissement dans le domaine de l'eau agricole, la BAD, la FAO, le FIDA, l'IWMI et la Banque mondiale se sont réunis en 2007 et ont préparé ensemble une stratégie de coopération en matière d'eau agricole: "Investir dans l'eau pour l'agriculture pour réduire la pauvreté et augmenter la croissance économique en Afrique en général et en Afrique subsaharienne en particulier". Ayant pour objectif de promouvoir et de susciter l'intérêt pour la gestion des eaux agricoles en Afrique subsaharienne, la stratégie a étudié l'expérience des investissements dans l'eau pour l'agriculture dans la région et a identifié les conditions pour un investissement réussi pour le développement d'une eau pour une agriculture rentable et durable. La stratégie a été présentée la première fois dans le cadre d'un atelier en mars 2007 à Ouagadougou, au Burkina Faso. Plus de 130 experts et responsables de 32 pays africains ont participé à cet atelier et ont appelé à des investissements substantiels dans l'eau pour augmenter la production alimentaire et atteindre l'objectif OMD 1.

En mars 2008, au cours de la première Semaine africaine de l'eau, le Conseil des ministres africains pour le développement de l'eau (AMCOW) a demandé au NEPAD d'inaugurer un nouveau partenariat - le Partenariat pour l’eau à usage agricole en Afrique (AgWA) - qui réengage les pays africains, les donateurs, ainsi que les organisations régionales et internationales, à développer les ressources en eau pour la production alimentaire, la croissance économique et la réduction de la pauvreté. Le partenariat a été inauguré au cours de la même semaine. Le Conseil s'est de nouveau réuni en novembre 2008 pour définir les bases du partenariat, puis un mois plus tard à Syrte (Libye), lors de la Conférence ministérielle sur l'eau pour l'agriculture et l'énergie en Afrique afin de valider le document de partenariat.

En mars 2010, le secrétariat provisoire a été mis en place à la Banque africaine de développement (BAD). Après la mise en place du Secrétariat, les principales étapes de mise en route ont été lancées afin qu'AgWA puisse fonctionner comme une plate-forme de coopération dans le domaine de la gestion des eaux agricoles. Après des consultations dans les sous-régions africaines et des exercices d'analyse sur l'état de la promotion de la gestion des eaux agricoles en Afrique, AgWA a été relancé lors de la réunion des partenaires AgWA en janvier 2011. Un certain nombre de décisions essentielles pour mettre en place le partenariat ont été prises, notamment sur la structure de gouvernance d'AgWA, les activités de plaidoyer et de communication ainsi que d'autres étapes importantes. Des progrès vers la construction d'un partenariat mature ont été realisés en 2011, en particulier avec le déménagement du Secrétariat AgWA dans les locaux du Bureau sous-régional de la FAO pour l'Afrique orientale à Addis Abeba et en devenant pleinement opérationnel grâce à une subvention du FIDA.