AquaCrop se ha desarrollado en tres formatos diferentes para satisfacer las necesidades de los usuarios:

• El programa AquaCrop estándar con interfaz de usuario y base de datos.
• El programa AquaCrop autónomo: permite ejecutar varios "proyectos" predefinidos y almacenar los resultados en archivos exportables para ubicaciones individuales sin utilizar una interfaz gráfica de usuario (GUI). Puede utilizarse en aplicaciones que requieran ejecuciones iterativas o múltiples en paralelo. Un "proyecto" es un archivo de texto que puede ser compuesto por el programa estándar AquaCrop o creado por el usuario respetando la estructura del archivo de texto del proyecto.
• AquaCrop-Github: ha sido diseñado para facilitar el uso del modelo AquaCrop cuando se requiere un elevado número de simulaciones, simplificando la tarea de generación de ficheros de entrada y proyectos y la gestión de ficheros de salida.