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生态系统是一个自然实体（或一个系统），有明显的结构和连接（植物、动物和微生物）生物群及其生物环境的联系。生态系统的扩大没有明确的局限，但是其特点是发源地或动态过程相同。生态系统组成大的自然系统，如草地、红树林、珊瑚礁和热带森林，还有其生存高度依赖人类活动的农业生态系统。
有关生态系统管理的活动需要考虑到生物多样性不同层次（品种和基因）提供的多种产品和服务，考虑到其各组成部分的相互作用（如养分循环、授粉、虫害防治、水循环调节、当地野生动物及其生境的保持）。生态系统，尤其是农业生态系统，的管理方法必须不仅针对生物组织（如主要结构、过程、智能；生物与其环境之间的相互作用），还要针对形成和影响生态系统的人的作用。管理方法应当促进负责任和可持续的作法。
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