Les activités de la Commission sont guidées par son Plan stratégique, qui contient l’énoncé de sa vision et de sa mission, ses buts et objectifs, ainsi que son Programme de travail pluriannuel. Le Programme de travail pluriannuel est un plan à horizon mobile sur 10 ans qui couvre l’ensemble de la biodiversité pour l’alimentation et l’agriculture, y compris les ressources génétiques issues des végétaux, des animaux, des forêts, de la flore et la faune aquatiques, ainsi que des micro-organismes et des invertébrés. Il couvre également une série de questions transversales intéressant tout ou partie des éléments de la biodiversité pour l’alimentation et l’agriculture, tels que le changement climatique, la sécurité alimentaire et la nutrition, l’accès et le partage des avantages, les objectifs et indicateurs, ou encore les informations séquentielles numériques.

• permet à la Commission de mettre en œuvre son mandat multidisciplinaire dans le cadre d'une approche planifiée et progressive;
• sert d’outil de planification à ses membres pour améliorer la coordination nationale des politiques et la planification à moyen terme des activités;
• offre un moyen de renforcer la coopération internationale avec l’ensemble des parties prenantes dans la conservation et l’utilisation de la biodiversité pour l’alimentation et l’agriculture, depuis les instituts de recherche jusqu’aux organisations paysannes;
• facilite la coopération avec le Traité international sur les ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture, s’agissant des éléments d’appui du Traité qui sont du ressort de la Commission;
• aide la Commission à planifier sa collaboration avec les instances représentant la Convention sur la diversité biologique en vue de faciliter la mise en œuvre conjointe de leurs programmes de travail respectifs; et
• permet à la Commission de donner systématiquement des avis à la FAO sur l’ensemble de ses activités en matière de ressources génétiques et de biodiversité pour l’alimentation et l’agriculture, et sur les priorités à accorder à ces activités dans le Programme de travail et budget de l’Organisation.