Comme tous les autres types d'aliments, le lait et les produits laitiers peuvent causer des maladies d'origine alimentaire. La qualité du lait peut être affectée par des facteurs tels que la contamination par des agents pathogènes et leur multiplication, les additifs chimiques, la pollution environnementale et la dégradation des nutriments.

Les dangers microbiologiques constituent un problème majeur pour la sécurité alimentaire dans le secteur laitier, car le lait est un milieu idéal pour la croissance des bactéries et d'autres agents pathogènes. Ceux-ci peuvent être introduits dans le lait à partir du milieu environnant ou des animaux laitiers eux-mêmes. Le lait peut contenir des micro-organismes nocifs tels que Salmonella, Escherichia coli O157:H7, Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Yersinia enterocolitica, Bacillus cereus, Clostridium botulinum, Mycobacterium bovis, Brucella abortus et Brucella melitensis.

Des éléments chimiques peuvent être accidentellement introduits dans le lait et les produits laitiers, en les rendant dangereux et impropres à la consommation. Le lait peut être contaminé lorsque les animaux en lactation consomment des aliments et/ou de l'eau contenant des produits chimiques. Les autres causes de contamination peuvent être dues à un contrôle inadéquat de l'équipement, de l'environnement et des installations de stockage du lait. Les dangers chimiques comprennent les détergents, les désinfectants des pis, les désinfectants de la laiterie, les anti-parasitaires, les antibiotiques, les herbicides, les pesticides et les fongicides.

Une zoonose est une maladie infectieuse qui peut être transmise entre les animaux vertébrés et l'Homme. Les zoonoses communément associées à la consommation de lait et de produits laitiers sont la tuberculose, la brucellose, la leptospirose, la salmonellose et la listériose.