Con anterioridad a 1970, se llevaron a cabo muy pocas investigaciones sobre genética en el ámbito de la acuicultura. No obstante, a lo largo de los dos últimos decenios la investigación en esta esfera ha avanzado de forma constante, y en la actualidad existe una gran actividad de investigación. Se está adelantando mucho en el mejoramiento de peces cultivados con respecto a muchas de sus características tales como el índice de crecimiento, la eficiencia en la conversión del alimento, la resistencia a las enfermedades, la tolerancia a la mala calidad del agua, la tolerancia al frío, la forma del cuerpo, el porcentaje de pescado aprovechado para el consumo humano, la calidad del pescado eviscerado, la calidad del pescado completo, la fertilidad y la reproducción y las posibilidades de cultivo.

El mejoramiento genético de los peces y su aprovechamiento se han extendido por todo el mundo en el decenio de 1990. Se están aplicando comercialmente diversas técnicas genéticas como la domesticación, la selección, el cruzamiento intraespecífico, la hibridación interespecífica, la inversión del sexo y el mejoramiento genético y la poliploidía, con el fin de mejorar los peces y mariscos cultivados. Para ello, se utilizan peces y mariscos mejorados genéticamente de distintas familias filogenéticas.

Si bien la acuicultura como actividad empresarial es relativamente reciente, se han obtenido ya variedades divergentes de especies de peces cultivados. La labor de selección en el proceso de domesticación ha generado al cabo de unas pocas generaciones variedades de peces superiores a las variedades silvestres. La mayor parte de las investigaciones sobre genética y mejoramiento de peces cultivados se han realizado a lo largo de los dos últimos decenios. Se ha dedicado especial atención a la evaluación de variedades nuevas debido a la disponibilidad de variedades que procedían de lugares distintos con un historial reproductivo y unos rasgos genéticos distintos. Se han efectuado estimaciones sobre la heredabilidad de varios rasgos o caracteristicas en numerosas especies, si bien la respuesta a la selección se ha medido en muy pocas ocasiones.

En general, la selección individual ha mejorado el peso corporal de las variedades domesticadas. En algunos casos excepcionales, se han obtenido mejores resultados con la selección destinada a disminuir el peso corporal que con aquella dirigida a aumentarlo. Asimismo, con la selección se ha alterado la conformación corporal y la resistencia a las enfermedades de los peces. En general, las respuestas correlativas a la selección han resultado ser beneficiosas. Se ha prestado también atención a los efectos del cruzamiento intraespecífico, el cual a menudo mejora la resistencia a las enfermedades; no obstante, los aumentos de peso han sido más variables y menos prometedores que los obtenidos por medio de la selección. El cruzamiento entre especímenes domesticados probablemente es más susceptible de ofrecer un crecimiento mas heterótico que el que resulta de los cruces entre especímenes domesticados y silvestres. La habilidad para combinarse varía de una variedad a otra y según el sexo dentro de una misma variedad.

En el cultivo de diversas especies de peces se ha llevado a cabo también una intensa actividad de investigación en la hibridación interespecífica. Con esta técnica rara vez se obtienen híbridos que muestren crecimiento heterótico o que ofrezcan posibilidades para el aprovechamiento comercial. No obstante, cabe destacar algunas excepciones. Los híbridos son más fáciles de capturar que las especies parentales.

Las nuevas biotecnologías como la inversión del sexo y el mejoramiento y la poliploidía empezaron a aplicarse a la produción acuícola de manera decidida a finales de de los años ochenta y principios de los noventa, no sólo mejorando los índices de crecimiento sino consiguiendo importantes mejoras en la calidad de la carne de las especies que muestran los efectos del dimorfismo de la madurez sexual. Los métodos de reproducción tradicionales se han utilizado ya junto con estas nuevas biotecnologías. La ingeniería genética permitirá también mejorar enormemente la producción acuícola. Se han obtenido peces transgénicos que expresan el ADN que los ha sido insertado. El índice de crecimiento de los peces transgénicos que poseen genes hormonales de crecimiento acelerado a menudo es superior al de los testigos. La combinación de diversos programas de mejoramiento genético, los métodos tradicionales y la ingeniería biotecnológica y genética probablemente permitirá obtener los mejores genotipos para la acuicultura. No obstante, la aplicación de la tecnología de transferencia de genes no tendrá lugar hasta que se demuestre que la ingeniería genética es una tecnología segura.