首先列出的是适用于所有动物类型的原则，其次是更明确针对鱼类、甲壳类和软体动物的原则。
一般动物
·野生和养殖品种都容易受到传染性病原体的感染。
·风险分析是指导选择需要建立和维持监视区的疾病的适当过程。
·在建立无重大疾病或病原体区的过程中，如果科学证据已经表明所要检验的病原体是抗感染的品种则没有必要队该品种进行检验。
·没有必要在超出生理承受范围或病原体传播范围的情况下对物种进行病原体检。
·必须采用适当的样本规模，以证明传染性病原体在一个种群中存在与否（例如Cameron 2002）。
·一些可用于监视的检验（例如生物分子测定[1]）仅表示某种病原体的存在，应当与可以通过肉眼观测到某种病原体存在的检验方法共同使用（例如生物测定、组织学和培养技术）。
·用于动物卫生组织名单列出的疾病和其他主要病原体的抽样程序对宿主可能是致命的，因此，任何监视计划必须考虑致死抽样限制，例如对数量有限的易感种群，如疾病传播几率很小的种鱼。在这种情况下，或许有必要采用其他的、非致死的抽样方法。
·据知许多受关注病原体由临床上健康的宿主携带。
·在临床正常标本中发现病毒性病原体常常需要采用III级技术（例如组织培养、电子显微镜术、聚合酶链锁反应或其他以生物分子为基础的诊断手段）。
·没有可靠的科学办法清除带病动物种群的病毒或其他直接传播的病原体。
·由于某些主要疾病在健康的野生种群中较低的发生率，开阔环境中品种的多样性、对大多数非养殖品种的敏感性缺少科学知识，以及准确判断野生种群卫生状况的难度，因此未检验种群应被视为病原体疑似携带种群，除非环境条件或宿主敏感性证明不是这样。
·野生和养殖动物种群的感染发生率有可能差异很大，从数千动物中的一个被传染到一个种群中的所有个体均被传染。
鱼类
·从感染病毒病的种鱼获得的单倍体生殖细胞应当是具体病原体的怀疑对象。卵消毒程序可以大大降低一些病毒病原体的垂直传播，但是，存在于卵内的传染性病毒可在消毒后继续存在。
·虽然受精卵的消毒可以减少感染的风险，但是往往需要采用III级技术来证明无感染。
·虽然已有针对鲑科一些疾病的免疫法，但打到的保护水平不同。
甲壳类
·许多重要病毒病在甲壳类中有大量的宿主品种。所有甲壳类都应被视为潜在带病的，除非被明确证明是抗感染的，或环境条件不适于病原体/病毒传播。
·许多甲壳类病毒病原体通过产卵液的污染垂直传播。
·受感染的亲鱼单倍体生殖细胞应被视为受感染，除非有科学依据证明不是这样。虽然受精卵的消毒可以减少感染的风险，但是经常需要采用III级技术来证明无感染。
·目前没有有效的疫苗来增强对甲壳类主要疾病的耐性或抗病性。
·目前没有用于甲壳类细胞内传染物（病毒、部分细菌）分离和定性的细胞系。
·表面健康的虾可能聚藏一种或多种病原体，但由于缺少病理学和/或鉴别检验敏感度不够而不能予以确定。
软体动物
·目前没有有效的疫苗来增强对软体动物主要疾病的耐性或抗病性。
·目前没有用于细胞内传染物（病毒、部分细菌）分离和定性的细胞系。
·表面健康的软体动物可能聚藏病原体，但由于缺少病理学和/或鉴别检验敏感度不够而不能予以确定。
·软体动物经常为可能造成疾病传播的多种微观和宏观污着生物提供附着面，但却很少被列入以软组织病理学为主的常规疾病监视方法之中。
[1] PCR–基于聚合酶连锁反应的脱氧核糖核酸和核糖核酸分子分析。
