La toma de conciencia de las limitaciones del enfoque monoespecífico en la ordenación pesquera ha llevado a la aceptación global de la necesidad de adoptar un enfoque ecosistémico (EEP) más amplio para la evaluación y ordenación de las pesquerías. La aplicación del EEP en la ordenación demanda el empleo de métodos y herramientas científicas que también vayan más allá de los enfoques monoespecíficos que solían ser, en gran medida, las fuentes exclusivas de las recomendaciones científicas. Los responsables de la administración y la toma de decisiones ahora deben buscar soluciones de ordenación que tomen en cuenta la gama más amplia de objetivos sociales que deben ser considerados de manera explícita bajo el EEP y las interacciones en el ecosistema. Los modelos de ecosistemas, es decir, los modelos que representan una gama más amplia de procesos tecnológicos y ecológicos que afectan a las especies en el ecosistema (incluyendo modelos multiespecíficos y de ecosistemas completos), son herramientas potencialmente importantes para proporcionar esta información científica más amplia.
Hay muchos tipos diferentes de modelos de ecosistemas y ellos pueden variar enormemente en términos de su complejidad. Pueden ser utilizados de diversas maneras, que van desde contribuir a la comprensión conceptual, proporcionando la información para las decisiones estratégicas, hasta la toma de decisiones tácticas, aunque hasta ahora se utilizan raramente para este último propósito. Estas Directrices fueron desarrolladas por un grupo de profesionales expertos y líderes en modelación de ecosistemas acuáticos como una herramienta para dar recomendaciones de ordenación. Tienen como intención el ayudar a los usuarios en la construcción y aplicación de modelos de ecosistemas para un EEP. Las Directrices tratan todos los pasos del proceso de modelación, incluyendo el alcance y especificaciones del modelo, su implementación, evaluación y las recomendaciones sobre cómo presentar y usar los resultados. El objetivo general de las Directrices es contribuir a asegurar que se genere la mejor información y recomendación posible de los modelos de ecosistemas y que sean usados de manera sensata en la ordenación.
No obstante las considerables incertidumbres de las predicciones proporcionadas por los modelos de ecosistemas o de especies múltiples, las decisiones tienen que tomarse y se deben implementar acciones para asegurar la utilización sostenible y óptima de los recursos marinos vivos. Estas decisiones deben basarse en el mejor consejo científico disponible y, en el contexto del EEP, estas recomendaciones científicas deben incluir las consideraciones del ecosistema. Los modelos de ecosistemas, que adhieran lo más posible a las mejores prácticas descritas aquí, serán con frecuencia las mejores fuentes de tal información y pueden conducir a recomendaciones que se basan en argumentos explícitos y se fundamentan en principios. En su ausencia, los responsables de la administración y la toma de decisiones no tendrán otra opción más que recurrir a sus propios modelos mentales los cuales con frecuencia pueden ser subjetivos, no comprobados e incompletos, una situación que claramente debe ser evitada.
Los modelos de ecosistemas aún no están en la etapa en que solamente uno de tales modelos podría seleccionarse como el modelo de «ordenación» y ser usado de manera confiable a nivel táctico para proporcionar recomendaciones de ordenación en un caso particular. Sin embargo, el uso para tal propósito de modelos simples, con un fundamento ecosistémico, podría llegar a hacerse más extendido en un futuro próximo. Dicho fundamento podría obtenerse evaluando estos modelos de «ordenación» más simples con el empleo de la Evaluación de estrategias de ordenación (EEO), donde los modelos operativos que se emplean en ese proceso de evaluación, y que representan posibles dinámicas alternativas subyacentes, incluirían una gama de modelos de ecosistemas.