Le but des programmes d'amélioration génétique et de sélection est d'améliorer le potentiel génétique du bétail, et par là même les caractères phénotypiques de production. Les programmes d'amélioration génétique classique sont confrontés à deux problèmes, le premier tenant à la difficulté d'une évaluation précise du génotype qui sert de base au phénotype, et le second étant dû au fait que, bien que le génome entier de l'animal soit évalué, seule la moitié du génome de l'animal sélectionné est transmise à ses descendants. Ces problèmes concernent également les technologies modernes d'amélioration génétique animale, telles que l'insémination artificielle, le transfert d'embryon, la maturation et la fertilisation in vitro, et la microchirurgie sur embryon, car les méthodes qu'utilisent ces technologies s'appliquent également au génome, qu'il soit sous forme haploïde ou diploïde, produit naturellement par ségrégation et accouplement au hasard. Les généticiens sont très intéressés par la possibilité de travailler directement sur un gène ou un groupe de gènes spécifiques, sans avoir à s'occuper des autres gènes, de peu ou pas d'intérêt.
