La cosecha de PFNM, tanto de fuentes silvestres como cultivadas, es diferente de la corta de árboles en términos del uso de herramientas y equipo, tecnología, preparativos de pre-cosecha, tratamientos de post-cosecha y necesidad de procesamiento intermedio. Normalmente la cosecha no involucra una planta o árbol entero, sino que sólo partes de ellos. La naturaleza de la cosecha varía desde la recolección de nueces y hojas, hasta el sangrado para extracción de resina/látex, cosecha de palmitos, búsqueda de miel, extracción de cera y recolección de material vegetal decorativo.
Las técnicas de cosecha varían considerablemente para los diversos PFNM. Las nueces comestibles involucran: recolectar, limpiar, secar y calibrar; las fibras requieren: cortar las partes pertinentes de la planta (hojas, ramas), remover espinas y corteza dura, hervir, batir y separar las fibras, recubrir o tratar con productos químicos, secar y enfardar; para algunos látex implica hacer incisión en el tronco del árbol, tratar con ácido para aumentar la exudación; recolectar el exudado crudo, hervir hasta alcanzar una consistencia pastosa, enviar en bolos o bloques para empaquetar y transportar; la cosecha de semillas de achiote requiere recolectar las vainas, secar, machacar, seleccionar, inspeccionar y fumigar; en el caso de algunas plantas medicinales, la cosecha implica sacar los tubérculos o rizomas, asegurándose que quede material reproductivo en la tierra, cortar, deshidratar, calibrar y empaquetar. El ciclo de la cosecha también varía desde unas pocas semanas para brotes tiernos, hasta períodos más largos en el caso de fruta madura o rizomas.
Dado que el volumen para PFNM individuales en la mayoría de los casos es pequeño y de naturaleza extractiva, la atención que se le dedica a su cosecha también tiende a ser menor. Los recolectores/extractores, tales como los castanheiros (recolectores de la nuez del Brasil) y los chicleros (extractores de goma chicle), en su mayoría son inexpertos y no capacitados en métodos científicos. Como resultado, el nivel de cosecha de muchos PFNM es pobre y rudimentario, y cuando se enfrenta con demandas comerciales mayores y más regulares, ha tendido a ser derrochadora, destructiva e insostenible.
Existen variaciones en el sistema de organización de la cosecha de los PFNM. Un sistema común es su recolección por la gente local bajo derechos extractivos, y con algún tipo de auspicio o ayuda financiera por parte del agente comprador. Otro es mediante el empleo de mano de obra casual o a contrata por aquellos que han obtenido derechos de recolección en arriendo. Los recolectores de PFNM a menudo son explotados por intermediarios que controlan el acceso al mercado, o por quienes controlan el acceso al recurso. Por ejemplo, en el Amazonas brasileño existe un sistema conocido como "aviamento", mediante el cual los bienes de mercado que necesitan los extractores de caucho y nuez del Brasil son suministrados por intermediarios o agentes compradores a crédito, con precios inflados, que se pagan en productos extraídos. Este problema se aplica particularmente a todos los productos extractivos. Por lo tanto, los millones de recolectores de PFNM no tienen incentivos adecuados para practicar una cosecha debidamente controlada y sostenible.
Los cuidados post-cosecha son también deficientes en muchos casos, y hay una alta tasa de desperdicio. El desperdicio ocurre en términos cuantitativos y cualitativos durante la recolección, el transporte y el almacenaje. Alrededor del 25% de las nueces del Brasil se pudren durante el transporte y en el almacenaje. La infraestructura física es más importante cuando los productos cosechados son delicados o perecibles, comparados con aquellos que pueden soportar una manipulación brusca o un largo período de almacenaje.
Por lo tanto, es urgente racionalizar y mejorar los sistemas y prácticas de cosecha, incluyendo mejores herramientas y técnicas, mejoramiento de la capacitación y habilidad, sistemas de incentivos, mecanismos institucionales, promoción de facilidades locales para procesamiento y para adición de valor, y vinculación de la cosecha al procesamiento.
En Chile, en el período de recolección de rosa mosqueta (Rosa moschata) son más de 20 000 personas las que desarrollan estos trabajos, percibiendo salarios muy superiores a los obtenidos por las actividades agrícolas tradicionales de la región.
La corteza de quillay (Quillaja saponaria) tiene un valor económico bastante importante debido a que en ella se encuentra la saponina que tiene un uso doméstico e industrial. Entre los principales usos que se la da a la saponina en la actualidad destaca su empleo en fotografía, cosméticos, espumante de bebidas, dentífricos y líquidos para el cabello. Además, la saponina extraída del quillay resulta imprescindible como antidetonante en los cohetes que impulsan las naves de los vuelos espaciales.
En 1993, en México se produjeron 3 090 t de palmilla, lo que arrojó una derrama económica directa a productores de $EE.UU. 400 000. Por el aprovechamiento de este recurso se beneficien cerca de 1 250 familias (6 000 habitantes).
Para 1994 se estima una producción de 6 000 t, con un valor estimado de $EE.UU. 1,2 millones y las ventas de extracto de palmilla serán cercanas a los $EE.UU. 7 millones.
De la comercialización del ixtle lechugilla (Agave lechuguilla) se beneficien cerca de 52 000 familias. Los productos elaborados con esta fibra, se exportan a 49 países, principalmente Argentina, Brasil, Chile y Uruguay.
La palma manaca (Euterpe olareacea) se explota principalmente en el Estado Delta Amacuro, en Venezuela, donde se reporta una producción anual de 1 900 000 unidades de palma manaca. Este producto se exporta, principalmente a los países de la Comunidad Económica Europea, los volúmenes de producción de exportación se estiman en un 90% de la producción nacional.
Existen también otras especies de palmas productoras de palmito, pero a diferencia de la anterior no se industrializan. En un estudio sobre palmas útiles de la Orinoquia-Amazonia Venezolana, se catalogan como palmas comestibles (palmito) a las siguientes: Sabal mauritiformis (carata, palma redonda), Mauritia flexuosa (moriche), Jessenia bataua), (seje), Attalea ferruginea (coquito, cocurito), Oenocarpus bacaba (sejito) y Bactris gasipaes (pijiguao).