Le Secrétaire de la Commission du Codex Alimentarius est un haut fonctionnaire de la FAO qui dirige le Programme mixte FAO/OMS sur les normes alimentaires, lequel s'insère dans le Service de la qualité des aliments et des normes alimentaires de la Division de l'alimentation et de la nutrition au siège de la FAO, à Rome.
Le Secrétariat de la Commission se compose de six fonctionnaires à plein temps qui travaillent au siège de la FAO à Rome. On s'étonnera de ce petit nombre si l'on considère l'ampleur et le caractère international des activités de la Commission.
Le secrétariat des sessions de la Commission et du Comité exécutif est entièrement assuré par le personnel en poste à Rome. La préparation des sessions de la Commission demande un travail considérable qui inclut, entre mille tâches, la compilation de documents sur les points de l'ordre du jour et la supervision des préparatifs confiés à d'autres. La préparation des rapports de session de la Commission est une entreprise difficile en soi, car il faut que le rapport de chaque session soit approuvé par les participants avant la clôture de la session. Enfin, l'après-session exige de nombreuses heures de travail intense pour assurer le suivi nécessaire.
Les Gouvernements membres accueillent et financent de nombreux comités subsidiaires de la Commission et en assurent le secrétariat. Le Secrétariat de la Commission coordonne et surveille les activités de ces comités, ce qui implique une collaboration avec le personnel des comités subsidiaires dans les pays hôtes pour toute une série d'activités: fixation du calendrier et du lieu des sessions, publication des invitations aux Etats Membres, mise au point définitive de l'ordre du jour et des documents de réunion, enregistrement des délibérations, préparation et distribution des rapports de session et vérification de la suite donnée aux décisions des sessions. Sur une période de 12 mois, il peut y avoir jusqu'à 20 sessions de Comités du Codex.
