يتولى مكتب المدير العام المساعد لمصلحة مصايد الأسماك، المسؤولية الادارية عن جميع برامج مصلحة مصايد الأسماك وأنشطتها، وضمان المشاورة والتعاون بشأن القضايا ذات الصلة بالموارد السمكية الدولية من خلال القنوات الحكومية الدولية، ويتعاون مع الوحدات المعنية الأخرى فى المنظمة فى مجال تنفيذ الأنشطة ذات الاهتمام المشترك. ولدى مصلحة مصايد الأسماك وحدتان تقدمان خدمات خاصة على مستوى المصلحة.

وتتولى مصلحة مصايد الأسماك ضمان قيام أعضاء المنظمة بوضع السياسات والاستراتيجيات والخطوط التوجيهية، الى جانب تزويدهم بالمشورات والخدمات الفنية، وجمع وتحليل البيانات المتاحة عن مصايد الأسماك وتربية الأحياء المائية فى العالم ونشرها، والترويج للعمل على الصعيدين القطرى والدولى للادارة الرشيدة لمصايد الأسماك فى العالم وتنميتها، ومساعدة أعضاء المنظمة فى مجال صياغة الأهداف والسياسات ووضع البرامج، وانشاء المؤسسات عند الضرورة التى تمكنها من تحقيق الاستفادة المثلى من مواردها المائية الحية.

وتطور هيكل مصلحة مصايد الأسماك وعملياتها بعد إعادة هيكلة المنظمة مؤخرا بحيث أصبح يركز بدرجة أكبر على الأنشطة المعيارية، بما فى ذلك المشروعات التى توفر دعما من خارج الميزانية لهذه الأنشطة. وفى الفترة المالية 1996-1997، أصبحت مصلحة مصايد الأسماك تتكون من 3 أقسام فنية ووحدتى دعم تعمل بإشراف المدير العام المساعد للمصلحة وتستخدم 70 من الموظفين الفنيين الخبراء بطائفة واسعة من الاختصاصات ذات الصلة بمصايد الأسماك.

وتقدم المصلحة دعما فنيا متخصصا لأنشطة مصلحة التعاون الفنى التى تضم فى الوقت الحاضر إدارة عمليات مصايد الأسماك. ويقوم موظفو مصلحة مصايد الأسماك بتقديم مساعدة و/أو دعم مباشر للمشروعات ذات الصلة بمصايد الأسماك وتربية الأحياء المائية، والممولة من جانب برنامج التعاون التقنى لدى المنظمة، ومن الأموال المقدمة من خارج الميزانية من قبل وكالات الأمم المتحدة الأخرى والدول الأعضاء فى المنظمة والمشروعات الاستثمارية. وفى منتصف عام 1996 بلغ عدد المشروعات الميدانية العاملة 96 مشروعا يتلقى دعما فنيا من مصلحة مصايد الأسماك.

وفى إطار الهيكل اللامركزى الموسع للمنظمة، أنشئت مجموعة لمصايد الأسماك فى كل , مكتب اقليمى (فى أكرا، وبانجكوك، والقاهرة وسانتياغو)وجرى بالنسبة الى كل مكتب اقليمى تعيين عدد يصل الى 3 من الأخصائيين بشؤون مصايد الأسماك وتربية الأحياء المائية بحسب الاحتياجات الاقليمية. وفى الفترة المالية 1996-1997، بلغ مجموع الأخصائيين المعينين فى كل مكتب اقليمى 7 أخصائيين بشؤون مصايد الأسماك. وفى المكاتب الاقليمية الفرعية، تعالج أفرقة متعددة الاختصاصات الاحتياجات الاقليمية النوعية وأنشئت فيها ما مجموعه 4 وظائف للمتخصصين.