يتولى قسم الموارد السمكية المسؤولية عن النشاطات التى تستهدف تحسين المعارف بشأن حجم الأحياء المائية البحرية وفى المياه العذبة وتوزيعها والمصيد المحتمل منها الذى يستخدم كغذاء للانسان، وذلك من خلال مصايد الأسماك وتربية الأحياء المائية، والعوامل التى تؤثر فى هذا الحجم. كما يضمن القسم استخدام هذه المعارف بأفضل طريقة ممكنة لتحقيق الاستغلال الأمثل للموارد السمكية فى العالم، وتشجيع تنمية القدرات القطرية فى هذا المجال فى البلدان النامية. واستطرادا لذلك يهتم القسم، بتأثير تغير البيئة على هذه الموارد وتربية الأسماك وغيرها من الأحياء المائية. ويقوم اضافة الى البرامج الفنية المتنوعة التى تنفذها الادارتان التابعتان له، وهما ادارة الموارد البحرية وادارة موارد المياه الداخلية وتربية الأحياء المائية، بتوفير الدعم الفنى للبرنامج الميدانى بالتعاون مع قسم العمليات الميدانية من خلال المساعدة فى تصميم المشروعات وتقييمها والمساعدة المباشرة التى يقدمها لنشاطات المشروعات. وتمثل المساعدات المباشرة التى يقدمها، استجابة لطلبات القطاعين العام والخاص للحصول على معلومات متخصصة، عنصرا هاما من نشاطاته. كما يقدم القسم خدمات الأمانة الفنية للنشاطات المعنية بالموارد فى أجهزة مصايد الأسماك الاقليمية المختلفة التابعة للمنظمة، ويتعاون مع منظمات الأمم المتحدة والمنظمات غير التابعة للأمم المتحدة فيما يتعلق بالجوانب الخاصة بالموارد والبيئة فى مصايد الأسماك.