يمارس مكتب المدير العام المساعد مسؤولية الإدارة على جميع برامج أنشطة إدارة مصايد الأسماك وتربية الأحياء المائية، ويتكفل بإجراء المشاورات وتحقيق التعاون فيما يتعلق بمسائل مصايد الأسماك الدولية من خلال القنوات الحكومية الدولية، كما يتعاون مع الوحدات الأخرى في المنظمة في الأنشطة ذات الإدارة المشتركة. ويضم المكتب وحدتين تقدمان خدمات محددة على مستوى الإدارة.
أنظر قائمة موظفو المكتب ومسؤولياتهم تطور هيكل وعمليات إدارة مصايد الأسماك وتربية الأحياء المائية مع عملية إعادة هيكلة المنظمة مؤخراً لكي تركز بصورة أكبر على الأنشطة المعيارية، بما في ذلك المشروعات التي تقدم دعماً من خارج الميزانية لهذه الأنشطة. ففي الفترة المالية 2006-2007، كانت الإدارة تضم ثلاثة شعب فنية، وسبع دوائر، ووحدة لتنسيق البرامج تحت إدارة المدير العام المساعد لمصايد الأسماك، يعمل بها 74 موظفاً مهنياً في المقر، يغطون مجموعة عريضة من التخصصات المتعلقة بمصايد الأسماك.