Le principal facteur limitant à ce développement demeure dans l'accès au site d'élevage puisque la plupart des autorités côtières préfèrent soutenir le développement du secteur du tourisme et maintenir le libre accès aux eaux côtières plutôt que d'établir des exploitations marines. Concernant l'aquaculture d'eau douce, la concurrence est bien plus dure avec l'augmentation des contraintes environnementales en termes de qualité des effluents. Le potentiel pour le développement est plus important dans certains territoires d'outre-mer français, en particulier les îles, notamment en Corse, en Nouvelle-Calédonie et la lagune de Mayotte dans l'Océan Indien. Le potentiel pour le développement existe toujours dans les petits marchés pour les produits de marque et de haute qualité, dans le progrès technologique (systèmes d'élevage, notamment dans les systèmes de recyclage d'eau), dans les souches génétiquement améliorées (sélection protégée, poissons stériles, hybrides de rendement élevé, etc.) y compris les juvéniles, dans la synergie de la recherche multidisciplinaire fonctionnant dans de grands réseaux européens et finalement dans la maximisation des opportunités se rapportant aux secteurs de la production, l'éducation (études, formations), l'aqua-tourisme, la conservation de la biodiversité, etc., dans une zone côtière limitée et contrôlée s'étendant progressivement dans les eaux de mer.
Durant les années 70, le cycle biologique du bar et de dorade a été bouclé par des scientifiques français menant des expériences dans le Sud de la France. Le progrès rapide de la technologie et la demande élevée des petits marchés connaisseurs, notamment en Italie, soutenait fortement le secteur de la pisciculture en mer. Au cours des 20 dernières années, le développement aquacole a été très rapide dans les territoires français d'outre-mer, par exemple en Nouvelle-Calédonie où la crevetticulture (2 100 tonnes) vise le marché japonais et dans les territoires de Mayotte/Réunion où la production des poissons marins, du tambour rouge et du cobia (390 tonnes) vise les marchés européens. La Martinique est en train de développer la production des poissons pour son marché local. Il y a une grande diversité dans les systèmes de production :
L'élevage des poissons marins est entrepris dans 50 exploitations aquacoles établies dans 52 sites. Ce secteur emploie 500 personnes environ. Huit des plus grandes compagnies produisent environ 75 pour cent des ventes totales. Certaines compagnies se spécialisent dans la production des juvéniles ou dans le grossissement jusqu'à la taille marchande, ces secteurs ont une valeur marchande élevée. La crevetticulture en Nouvelle-Calédonie est pratiquée dans 13 fermes aquacoles dont cinq sont des fermes familiales de petite taille (moins de 20 ha), six sont des fermes de taille moyenne (20 à 60 ha) et deux sont de grandes exploitations (plus de 60 ha). L'ostréiculture de la perle noire en Polynésie française est pratiquée par, environ, 200 aquaculteurs.
Les poissons marins sont produits dans plusieurs zones: le bar et la dorade sont élevés près de la Mer du Nord (utilisant l'eau de chauffage d'une centrale nucléaire), le long de la côte Atlantique et en Méditerranée (Côte d'Azur et la Corse). Des fermes de turbot sont établies le long de la côte Atlantique et l'élevage de saumon se trouve principalement en Normandie et en Bretagne. Les crevettes sont élevées seulement sur l'île de la Nouvelle-Calédonie. Le secteur de la crevette est dynamique et exige plus de formation et d'appui technique pour se développer. La recherche est nécessaire, également, pour assurer la durabilité de la production, par exemple par l'éco-pathologie; les études sur la nutrition et la qualité de la chair, etc. Les perles d'huître (noire) sont une spécialité de Tahiti qui tire bénéfice de son image 'd'île du paradis'. Les 11 tonnes de perles produites en 2004 sont le fruit de l'effort d'environ 4 000 personnes et cette activité est la deuxième source de revenu pour ce territoire français, après le tourisme. D'ailleurs, cette activité s'est développée dans des régions 'plus pauvres' (les îles de corail de l'archipel de Tuamotou) où les personnes peu expérimentées, du secteur de production de l'huile de noix de coco, qui est en déclin, ont trouvé de l'emploi.
Le bar européen (Dicentrarchus labrax), la dorade royale (Sparus aurata) et le turbot (Psetta maxima) dominent le secteur aquacole marin en France avec une production de 5 766 tonnes. Ces espèces ont été développées depuis 1970 et ont montré une croissance rapide pendant les années 90. La France possède une bonne connaissance scientifique et un savoir-faire en ce qui concerne la production des juvéniles ce qui se traduit en une valeur marchande élevée des exportations sur le marché (60 à 70 pour cent de la production est exportée au sein de l'Europe et aussi vers la Chine). L'élevage de la crevette (Penaeus stylirostris) en Nouvelle-Calédonie a été introduit en 1981, cette espèce de crevette est bien adaptée à l'environnement de la Nouvelle-Calédonie et a une valeur marchande élevée due à sa qualité. Elle est principalement exportée vers le Japon et la France.
Le secteur aquacole n'a pas une contribution significative à la sécurité alimentaire et il est un contribuant relativement mineur à la production totale de nourriture en France. Cependant, il contribue de manière significative à l'engendrement d'emploi stable, notamment en hiver, dans les régions côtières et les villes. Aujourd'hui le meilleur potentiel pour le développement des espèces méditerranéennes existe à l'est de "PACA" (la Provence Alpes Côtes d'Azur) et en Corse mais ces régions sont également sujettes à des pressions fortes du tourisme, malgré le fait que l'espace requis pour installer des cages en mer ouverte est extrêmement petit, souvent moins de 10 ha. En plus de cette concurrence pour l'espace, la capacité de production des poissons marins continue à augmenter dans les pays de la Méditerranée orientale, causant une égalisation des prix sur les marchés de gros européens. En effet, les avantages comparatifs de ces pays, comme le faible coût de la main-d'oeuvre, les eaux de surface plus chaudes, etc., aide à comprendre pourquoi les producteurs français des poissons marins visent les marchés locaux de haute qualité qui sont protégés par des conditions spécifiques. Dans ce secteur la plupart des fermes marines françaises sont appelées à se développer et à s'élargir, comme elles ont réussi à le faire en Corse et en Océan Indien. Le graphique ci-dessous indique la production totale de l 'aquaculture au France (d'après les statistiques de la FAO):
Les marchés de la truite arc-en-ciel sont de trois types:
La "crevette bleue" (Penaeus stylirostris) de la Nouvelle-Calédonie est un produit de haute gamme vendu essentiellement sur les marchés européens (33 pour cent) et japonais (27 pour cent). On exporte environ 80 pour cent de la production ce qui génère un revenu brut annuel de 12 million €.
Plusieurs instituts et organismes publics jouent un rôle dans l'évolution du secteur aquacole, par exemple le CNRS (Centre National pour la Recherche Scientifique), l'ADEME (l'Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie), l'Ofimer (l'Office national interprofessionnel des produits de la mer et de l'aquaculture), l'ANVAR (l'Agence nationale de valorisation de la recherche, dite "Agence française de l'innovation), l'INRA (l'Institut National de Recherche Agronomique qui s'occupe de la production agricole notamment de la truite), l'IRD (l'Institut de Recherche pour le Développement) et le CIRAD ( le Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) (instituts de recherche spécialisés dans la R&D dans les territoires d'outre-mer et ayant un intérêt particulier au Tilapia et GCZM) et le Cemagref (l'Institut de recherche pour l'ingénierie de l'agriculture et de l'environnement) (un institut de recherche se spécialisant dans les espèces d'eau douce, notamment l'esturgeon). Dans chaque région administrative du pays, l'aquaculture est soutenue par les institutions spécialisées de développement (par exemple Smidap au Pays-de-Loire, Cepralmar au Languedoc-Roussillon, Ardam en La Réunion, etc.), ces organismes fournissent de l'appui à plusieurs secteurs comprenant: le choix des projets de recherche prioritaire, l'aide financière aux compagnies et aux nouveaux projets, le co-financement des doctorats, etc. Cette influence est très importante dans les territoires d'outre-mer français où les recommandations générales des terres françaises doivent être adaptées aux conditions locales.
Pour le secteur conchylicole, la DPMA (Direction des pêches maritimes et de l'aquaculture) a un certain nombre de responsabilités concernant la promotion de la consommation des mollusques et crustacés ayant un lien étroit avec l'amélioration de la santé publique. En outre pour l'élaboration des lois et règlements appropriés, notamment sur la protection de la santé humaine, la gestion de toutes les réclamations, la surveillance de la qualité de l'eau par des réseaux relevants de l'IFREMER et la surveillance du travail des organismes professionnels. En relation avec la prise de conscience croissante des consommateurs et du grand public au sujet des problématiques environnementales, un contrôle accru et plus rigoureux du règlement de la production aquacole a été développé au cours des 20 dernières années. L'objectif visait les eaux continentales et les eaux côtières, pour atteindre le niveau le plus élevé possible de la qualité environnementale tout en assurant le minimum de contraintes pour les voisins ou autres utilisateurs de l'environnement aquatique, notamment dans des zones côtières, à proximité des activités aquacoles. En conséquence, l'aquaculture des poissons est réglementée et les installations sont enregistrées (ICPE: les installations classées pour la protection de l'environnement). Toute activité aquacole doit démontrer que les effets négatifs éventuels de ses activités dans le sens le plus large (pollution organique, résidus antibiotiques, risque génétique des évasions, maladies spécifiques, etc.) sont dans les limites de ce qui est permis par loi, et que le développement est correctement surveillé. La liste établie après le 1er décret (qui est régulièrement modifié) du 20 mai 1953 énumère les installations qui sont concernées. Les deux principaux règlements officiels sont la loi du 19 juillet 1976  et le décret du 21 septembre 1977 , qui détaillent les conditions pour la gestion des fermes aquacoles enregistrées. Ces règlements ont été fréquemment modifiés pendant les 20 dernières années et, récemment, le décret daté du 20 mars 2000 , intègre dans la loi française plusieurs éléments des directives européennes applicables . Ces trois lois et décrets ne sont pas les seuls qui réglementent le fonctionnement des exploitations piscicoles enregistrées; ils offrent simplement le cadre pour l'instauration d'un ensemble considérable de lois et de règlements spécifiques, composé de nombreux textes . Par exemple, si une ferme de poissons marins produit entre 5 et 20 tonnes de poissons par an, son propriétaire doit juste soumettre une déclaration simple à la préfecture. Cette étape ne présente pas une difficulté importante, cependant, dès que la production excède 20 tonnes, notamment en mer ouverte, tous les aspects des procédures d'ICPE doivent être respectés, y compris l'étude d'impact, la surveillance régulière des paramètres biologiques et chimiques, etc.Pour plus d'information sur la législation d'aquiculture en France cliquez sur le lien suivant (en anglais): Vue générale de la législation nationale sur l'aquaculture - France (en anglais)
Il y a une forte tendance vers une interface permanente entre la recherche, principalement dirigé par les établissements de recherche nationaux tels que l'IFREMER, l'INRA, le CIRAD, l'IRD, etc., et le secteur de production, par l'intermédiaire des unions de commerce (syndicats) et d'autres associations industrielles. Les principaux partenaires sont le CNC (Conseil national de la conchyliculture), la FFA (Fédération française de l'aquaculture), le CIPA (Comité interprofessionnel des produits de l'aquaculture), le SFAM (Syndicat français de l'aquaculture marine), le CNPMEM (Comité national des pêches et des cultures marines), le SAVU (Service d'assistance vétérinaire aquacole d'urgence) et le SYSAAF (Syndicat des sélectionneurs avicoles et aquacoles français). Le contact régulier entre tous les intervenants facilite le choix des priorités de la recherche, avec la nécessité d'un certain compromis entre la recherche fondamentale et appliquée. Les conférences et les expositions, notamment celles organisées par la Société Européenne d'Aquaculture ou l'UE, sont également des moyens de la discussion interactive sur les résultats de recherche et les besoins et les conditions du secteur privé. Dans l'ensemble, les principaux établissements de recherche cernent toutes les disciplines de recherche qui sont requises pour relever les défis du développement: la nutrition, la physiologie, la génétique, les modèles socio-économiques et la pathologie (bien que la recherche dans ce secteur commence à perdre du terrain). Sept principales universités participent à la recherche en matière d'aquaculture: Paris (VI), Brest (UBO), La Rochelle, Bordeaux, Montpellier (UM2) Marseille et Nice. Les études et la formation sont réparties sur trois régions:
Il existe trois principales contraintes au développement aquacole français: :
Un potentiel énorme de développement de l'aquaculture réside, encore, dans les petits marchés liés à la haute qualité et les produits de marque; dans le progrès technologique, notamment dans le développement génétique et la sécurité des juvéniles biologiques; dans les systèmes plus efficaces de recyclage; dans la fabrication des aliments de poissons par la substitution de l'huile de poissons et de la farine de poissons, et dans la synergie de la recherche multidisciplinaire menée au sein des grands réseaux européens. L'objectif final est la gestion coordonnée des buts identifiés (la production, la formation, le tourisme aquatique, la conservation de la biodiversité, etc.) avec tous les intervenants, dans une zone côtière réglementée qui s'étend progressivement vers la mer. Le potentiel pour ce but demeure fragile vu qu'il est lié à l'image que le consommateur ont de la production aquacole et de la nécessité d'assurer une image publique d'un produit naturel élevé dans des conditions réglementées mais naturelles.
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