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El hábitat
Las profundidades marinas constituyen el mayor hábitat de la Tierra. La superficie que se encuentra a más de 4000 metros de profundidad cubre un 53 por ciento de la superficie marina, que, a su vez, cubre un 71 por ciento del total mundial. Las pendientes continentales ocupan por sí solas un 8,8 por ciento de la superficie mundial, en comparación con un 7,5 por ciento de la plataforma continental y de los mares poco profundos. Se trata de un entorno bastante oscuro y frío, de mucha menor productividad que los mares menos profundos.

La masa acuática marina de gran profundidad puede subdividirse en cuatro zonas de profundidad en las fosas oceánicas:
  • mesopelágica (150-1000m);
  • batipelágica (1000-3000m);
  • abisopelágica (3000-6000m);
  • zona hadal (más de 6000 m de profundidad).

Desde una perspectiva demersal, o del lecho marino, la zona de las profundidades se compone de los taludes continentales (que comienzan en el límite de la plataforma y corresponden a las zonas mesopelágica y batipelágica), la elevación continental, que se extiende hacia abajo hasta la planicie abisal, a unos 6000 m y las trincheras. Las montañas marinas sobresalen de la planicie abisal Ninguna luz penetra más allá de los 1000 m e incluso a profundidades de 150 m los niveles de luz se reducen a un 1 por ciento de los de la superficie, insuficientes para sostener la fotosíntesis. Por tanto, el material orgánico ha de ser trasladado a las aguas profundas, lo que sucede de distintas maneras.

El fitoplancton y el necton se hunden y, aunque buena parte se consume a medida que se deposita, suficientes cantidades entran en las aguas profundas para sostener a gran parte de la biomasa que se encuentra en ellas. Muchas especies realizan una amplia migración vertical en razón de su dieta, alimentándose en aguas de superficie y sumergiéndose durante el día, reduciendo con ello la depredación. De esta forma, la producción de superficie desciende en cascada a través de capas progresivamente más profundas.
Una importancia relativamente menor reviste la materia orgánica procedente de grandes cuerpos muertos que se hunden hasta el lecho marino como, por ejemplo, las ballenas muertas y la producción orgánica basada en sulfatos relacionada con las entradas de agua caliente al lecho marino de las aguas profundas. No obstante, la concentración de material orgánico disminuye exponencialmente con la profundidad. En contraste con anteriores opiniones, ahora se sabe que los efectos estacionales en las capas de superficie se transfieren a las regiones oceánicas aún más profundas de manera que, a pesar de la uniformidad física de las profundidades oceánicas, existe una señal de producción anual que resulta en migraciones estacionales y en ciclos reproductivos en la fauna de aguas profundas.

Peces de aguas profundas
Los peces se subdividen en tres grupos principales: peces pelágicos, que viven fundamentalmente en la superficie o en profundidades medias, migran con frecuencia en sentido vertical, pero no dependen en absoluto del fondo; peces demersales, que viven cerca del fondo y dependen en gran medida de él, a menudo a pesar de las migraciones verticales, y peces bentopelágicos, que viven cerca del fondo pero realizan breves migraciones en la masa acuática (p. ej. para alimentarse). En general, los peces demersales de aguas profundas proceden de grupos mucho más antiguos desde el punto de vista filogenético que las especies pelágicas (las primeras especies demersales existían hace unos 80 millones de años). Aunque la mayor parte de las familias demersales de aguas profundas se encuentran en todo el mundo, la existencia de cuencas aisladas de aguas profundas delimitadas por los continentes y las dorsales situadas en medio de los océanos han dado lugar a diferencias regionales que se considera son consecuencia de la deriva continental y de la posterior formación de los océanos.

Mucho sigue sin saberse sobre los peces de aguas profundas y los descubrimientos continúan, tales como el tiburón de boca ancha (un tiburón de 4,5 m. y 750 kg.) y la raya de seis branquias, que suponen la aparición de nuevas familias. Dado que las especies demersales están distribuidas según la profundidad, las que habitan el talud continental y la pendiente se encuentran repartidas a lo largo de zonas profundas similares a franjas por los perímetros de los océanos. Cuando las especies pelágicas de aguas profundas y las demersales coexisten, suelen alimentarse las unas de las otras.

Vida, historia, características y productividad
Al igual que para los peces epipelágicos, las especies de aguas profundas tienen que desovar, crecer y regresar a la zona del hábitat adulto. Las condiciones extremas de la zona de mar profundo se reflejan en la variedad de estrategias reproductoras que existen. A pesar de las poblaciones reducidas, se dan tanto el hermafroditismo como el dimorfismo sexual extremo y los desequilibrios en la proporción entre los sexos. El Sebastes spp., determinados ofidioides y los tiburones de aguas profundas pueden ser vivíparos y el pseudotriaquida, Pseudotriakis microdon, es ovífago.

A pesar del menor número de especies en los mares profundos, las que existen presentan una variedad de métodos reproductivos que van desde aquellas con una fuerte selección K, que pueden recurrir a la semelparidad (p. ej. el Coryphaenoides armatus, un abundante macrourida), pasando por especies ovovivíparas y ovíparas, hasta aquellas que presentan una fuerte selección r. Y, en la oscuridad perpetua de los abismos, muchas especies dependen de los fotóforos y de la producción de sonido para el reconocimiento dentro de la especie que es necesario a efectos de una buena reproducción. Muchas especies de aguas profundas crecen lentamente, tan lentamente que la determinación de sus edades verdaderas resulta difícil y es materia de discusión.

Para algunas especies, en particular el reloj anaranjado (Hoplostethus atlanticus), todavía no se ha demostrado convincentemente la validez de ninguna técnica concreta de estimación de la edad basada en la interpretación de la microestructura de los otolitos. En función de las hipótesis que se formulen, esta especie puede tener una longevidad variable entre 21 y más de 100 años. En razón de estas características biológicas, la mayor parte de las especies marinas de aguas profundas son muy frágiles y muy poco resistentes a la pesca intensiva.

Pesca de altura
Hasta hace muy poco, la gran profundidad del mar ha dificultado la explotación y la existencia de recursos relativamente más abundantes en mares menos profundos ha significado que existía un escaso incentivo para la pesca en zonas de tan difícil aprovechamiento. Muy pocas pesquerías de aguas profundas son antiguas y las que lo son, la pesquería portuguesa (Madeira) con línea para el sable negro (Aphanopus carbo), la de las islas del Pacífico para los escolares (Gempylidae) y los peces sable (Trichiuridae) o las pesquerías del África occidental para los tiburones de aguas profundas (destinadas a la extracción del escaleno), fueron en sus comienzos artesanales.

Con la reducción de las oportunidades para el desarrollo de la pesca litoral y la mejora de la tecnología de las artes y de los instrumentos de navegación, la pesca de altura ha crecido en el decenio de 1990. Un ejemplo bien conocido de pesquería de altura recientemente desarrollada es la del reloj anaranjado, una especie que vive en las aguas de los taludes y las de los montes submarinos (así como el lecho marino), especialmente en torno a Nueva Zelandia y el sudeste de Australia, donde se inició esta pesquería comercial. Posteriormente, se extendió a la Cresta de Walvis en el Atlántico sudoriental (Namibia) y al Índico sudoccidental. Incluso existe una pequeña pesquería en el Golfo de Vizcaya. Este pez longevo se acerca a los 40 cm. y 2 kg., aunque su tamaño máximo varía en función de la región. Se desarrollaron unas técnicas de arrastre específicas después de que las primeras capturas masivas en concentraciones de desove, realizadas en cuestión de minutos, dieran lugar a la ruptura de los arrastres. El reloj anaranjado es particularmente sensible a los objetos que se le aproximan (quizá se trate de una adaptación para protegerse de los depredadores), de forma que las evaluaciones acústicas mediante el empleo de cuerpos remolcados que contienen un transductor han resultado vanas en algunas áreas. Los niveles máximos sostenibles de aprovechamiento del reloj anaranjado pueden llegar a encontrarse tan solo entre el 5 y el 10 por ciento de la biomasa no pescada, lo que corresponde a una mortalidad natural (M) de un 0,04 anual, aproximadamente. Los indicios que se acumulan sobre la disminución de las poblaciones señalan que ninguna de estas pesquerías se explota sosteniblemente y que los rendimientos futuros se aproximarán al 5 por ciento de los obtenidos inicialmente.

Una pesquería de peces sable que explota el Aphanopus carbo en el Atlántico es un ejemplo infrecuente de una pesquería de altura que, por su utilización tradicional del anzuelo y de la línea, ha resultado sostenible por un período de unos 150 años. Los adultos de esta especie son bentopelágicos y viven en altas profundidades de 400-1600 m. La especie se encuentra desde Groenlandia hasta las islas Canarias y a ambos lados de la dorsal del Atlántico medio. Contrariamente a lo habitual para especies de aguas profundas, A. carbo crece con rapidez y tiene una longevidad de unos 8 años. Sin embargo, al igual que para el reloj anaranjado, los habituales signos desfavorables son ahora evidentes para esta pesquería. Las capturas crecieron de las 1100 t. en 1980 a las 3000 t. en 1992. La eficiencia de las artes ha mejorado con la introducción de líneas de monofilamento y con el gran incremento en el número de anzuelos por línea, fijado ahora entre 4000 y 5000.

Los Macroudidae son otro grupo cuyos miembros están difundidos y, en determinados lugares, son abundantes. Son los típicos nadadores pelágicos y viven en la zona media-alta del talud continental. En el Atlántico septentrional existen pesquerías de Macrourus berglax y Coryphaenoides rupestris utilizando redes de fondo en profundidades iniciales de 600-800 m. y, más recientemente, aumentando la profundidad hasta los 1500 m. Sin embargo, la experiencia de estas pesquerías en las costas de Terranova pone de manifiesto la pauta ya demasiado familiar de un total de capturas permitidas inferior a las decrecientes cantidades desembarcadas de este grupo, según las cifras declaradas. Coryphaenoides rupestris tiene una longevidad potencial de 70 años, aunque en el Atlántico Nordeste la edad de los peces se suele situar entre los 20 y los 30 años. Por tanto, al igual que para las especies de altura, los Macrouridae presentan las características de muchas pesquerías de altura que las hacen vulnerables a la explotación excesiva.

Los Pleuronectidae son un grupo muy evolucionado que no suelen asociarse con la pesca de altura, pero existen importantes pesquerías para miembros de este grupo tanto en el Atlántico septentrional como en el Pacífico septentrional. En el Atlántico, la más conocida ha sido la del fletán negro (Reinhardtius hippoglosoides), en las profundidades del talud continental. Este pez tenía un peso medio de 1 kg., aproximadamente, hasta la mitad del decenio de 1980, pero desde entonces ha disminuido hasta unos 200 g. a principios del decenio de 1990.