La gestión eficaz de la acuicultura, uno de los sectores productivos de crecimiento más rápido en el mundo, es fundamental para que continúe ese crecimiento y para la realización de su potencial. Ello supone trabajar por un uso óptimo de unos insumos escasos con el fin de conseguir el mayor rendimiento de los productos acuáticos teniendo en cuenta los usos en competencia entre sí a los que la sociedad podría destinarlos.
Muchos recursos utilizados en la acuicultura como el agua, la tierra, las semillas, los reproductores y los ingredientes de los piensos se encuentran a menudo en escasa cantidad. Esto ocurre porque dichos recursos o factores de producción suelen utilizarse también en la agricultura, una actividad con la que la acuicultura se encuentra a menudo integrada, particularmente en Asia. A veces sucede que la competencia se transforma en conflicto entre grupos de usuarios o que se percibe como tal. En la mayor parte de los países estos conflictos se resuelven en el mercado, es decir, que el comercio de factores de producción es libre. Los compradores y los vendedores fijan el precio y determinan a través de él el uso.
Sin embargo, la utilización de recursos naturales por parte del sector debe administrarse de forma que se garantice la sostenibilidad a largo plazo, lo que generalmente significa evitar los efectos adversos sobre el medio ambiente. No obstante, la información sobre las consecuencias ambientales esperadas o potenciales de la acuicultura es a menudo incompleta. Esto quiere decir que se deben tomar decisiones con un conocimiento incompleto, lo que exige la aplicación de un enfoque precautorio tanto por parte de los gestores de las explotaciones como por parte de las organizaciones encargadas de la reglamentación. En este contexto un aspecto importante es la necesidad de un control efectivo de las enfermedades, ya que estas han pasado a ser un obstáculo esencial para el crecimiento de la acuicultura. Las prácticas de cultivo intensivas con un uso mal controlado de los piensos y la producción de desechos han tenido consecuencias negativas para los entornos locales. Ello ha conducido al reconocimiento de la necesidad de mejores prácticas de cría para proteger la calidad del agua, que es esencial para una salud y una producción óptimas en la acuicultura.
La FAO ha publicado unas orientaciones técnicas sobre el desarrollo de la acuicultura con el fin de fomentar las buenas prácticas del sector como parte de su programa de aplicación del Código de Conducta para la Pesca Responsable.