La gouvernance rationnelle de l'aquaculture, qui est l'un des secteurs de production vivrière dont la croissance mondiale est la plus rapide, est indispensable au maintien de sa croissance et à la réalisation de son potentiel. Il s'agit d'utiliser au mieux des intrants rares, afin de garantir une production maximale de produits aquatiques, en tentant compte des utilisations concurrentes que la société est susceptible de faire de ces intrants.
Souvent, les approvisonnements relatifs aux ressources utilisées dans l'aquaculture, comme l'eau, la terre, les oeufs de poisson, les semences, les stocks de géniteurs et les aliments, sont peu abondants. Cette modicité est due au fait que ces ressources (ou facteurs de production) sont utilisées à grande échelle dans le secteur agricole, dans lequel l'aquaculture est souvent intégré, en particulier en Asie. Parfois, cette concurrence se transforme en conflit entre groupes d'utilisateurs ou, du moins, est perçue comme telle. Dans la plupart des pays, ce type de conflits est réglé au niveau des marchés, en ce que les échanges commerciaux concernant les facteurs de production sont libéralisés. Les acheteurs et les vendeurs définissent les prix et, partant, déterminent l'utilisation.
Cependant, l'utilisation des ressources naturelles faite par le secteur doit être gérée de façon à garantir leur durabilité à long terme, ce qui, en règle générale, revient à éviter les effets négatifs sur l'environnement. Mais souvent, les informations relatives aux incidences prévues ou potentielles de l'aquaculture sur l'environnement sont incomplètes. C'est-à-dire que des décisions doivent être prises alors que des informations supplémentaires seraient nécessaires. Il est donc nécessaire de respecter le principe de précaution, aussi bien au niveau de la gestion des exploitations qu'au niveau des organismes de réglementation. Dans ce contexte, il est indispensable de lutter de manière rationnelle contre les maladies, devenues le principal obstacle à la croissance du secteur aquacole. Associées à un mauvais contrôle au niveau de l'utilisation des aliments et de la production de déchets, les pratiques d'élevage intensif ont eu des incidences négatives sur les environnements locaux. Il est ainsi devenu évident qu'il convenait d'améliorer les pratiques d'élevage afin de protéger la qualité de l'eau, indispensable à une santé et à une production maximales dans le secteur de l'aquaculture.
La FAO a publié des directives techniques sur la mise en valeur de l'aquaculture visant à promouvoir les bonnes pratiques dans le secteur, dans le cadre de son programme d'application du Code de conduite pour une pêche responsable.