Le respect de bonnes pratiques en matière d'hygiène lors de la manutention, de la fabrication et du transport de poisson et de produits de la pêche, ainsi qu'une réfrigération adéquate tout au long de la chaîne, peuvent diminuer de manière considérable les maladies causées par la consommation de poisson. Implicitement, les mesures garantissant des niveaux élevés de qualité et de sécurité réduiront également les pertes après récolte.
Fédération mondiale des organismes nationaux de normalisation, l'Organisation internationale de normalisation (ISO) définit la qualité comme suit : "ensemble des attributs et des caractéristiques d'un produit ou d'un service intervenant dans sa capacité à satisfaire des besoins déclarés ou implicites" (ISO 8402). La qualité du poisson et des produits de la pêche est surtout tributaire de produits sûrs, préparés dans de bonnes conditions d'hygiène.
Le système d'analyse des risques - points critiques pour leur maîtrise (HACCP), qui vise à garantir la sécurité sanitaire et la qualité des aliments, est désormais considéré à l'échelle internationale comme le système le plus rentable et le plus fiable existant. Il est fondé sur l'identification des risques, en minimisant les risques grâce à la conception et à la disposition de l'environnement matériel au sein duquel des règles rigoureuses d'hygiène peuvent être garanties, définit des normes mesurables et établit des systèmes de contrôle. Il établit également des procédures permettant de vérifier si le système fonctionne efficacement. Il s'agit d'un système suffisament souple pour être appliqué de manière probante à toutes les étapes, de la pêche au consommateur. Le succès de ce type de système dépend de la coopération de l'ensemble des intervenants. L'autorité de contrôle du système doit concevoir le système et le mettre en oeuvre, en garantissant la mise en place de mesures de contrôle et d'ajustement. Le secteur de la pêche doit garantir que les opérations de manutention, de transformation et de transport du poisson sont effectuées conformément aux normes requises. Les institutions d'appui doivent dispenser une formation adéquate aux intervenants du secteur et au personnel de l'autorité de contrôle et des voies de communication doivent être établies afin de pouvoir connaître l'avis des consommateurs. Le respect garanti de normes rigoureuses concernant la qualité et la sécurité sanitaire réduit les pertes économiques dues à la détérioration, des mesures nuisibles au commerce et des maladies des consommateurs.