La FAO y la CITES han estado trabajando estrechamente con el fin de abordar algunas de las dificultades técnicas de los países en el cumplimiento de los requisitos de inclusión en la CITES y en un intento de reconciliar algunas diferencias de opinión. Algunos de los trabajos se han visto facilitados por el aporte financiero del Japón mediante el Proyecto de fondo fiduciario "CITES y las especies acuáticas explotadas comercialmente, incluyendo la evaluación de las Propuestas de listado" (GCP/INT/987/JPN) ejecutado por la FAO.

En virtud del respaldo del COFI, la FAO desempeña un papel activo en la revisión de los criterios de inclusión en la CITES de especies acuáticas explotadas comercialmente, así como en la evaluación de la propuesta de modificación de los Apéndices de la CITES con esas especies. La Organización realizó dos Cuadro Especial de Expertos para evaluar la lista de propuestas presentadas en las dos últimas Conferencias de las Partes de CITES (CdP13, en 2004 y la CdP14 en 2007).

Un "Memorando de Entendimiento entre la FAO y la CITES" [más información…] ha sido aprobado por la 10a Reunión del Subcomité del COFI sobre Comercio Pesquero en junio del 2006 y firmado por la FAO y la CITES durante la 54a Reunión del Comité Permanente de la CITES, en Octubre del 2006. El Memorando de Entendimiento formaliza las intenciones de las dos organizaciones en el fortalecimiento de la cooperación sobre cuestiones relacionadas con las especies acuáticas comercialmente explotadas enumeradas en los Apéndices de la CITES y han sido consideradas como un logro importante por muchos Estados Miembros de la FAO y las Partes de la CITES.

La FAO ha venido abordando la aplicación legal y los problemas relacionadas con la implementación de la CITES para las especies explotadas comercialmente. La interpretación jurídica del término "Introducción procedente del mar" (IPM) de la Convención ha recibido particular atención en los últimos años. A pesar de que especies capturadas en alta mar comercialmente importantes aún no han sido enumeradas en los Apéndices de la CITES, la falta de una clara comprensión del significado de IPM y de las responsabilidades de las Partes en lo que respecta a las especies capturadas más allá de las jurisdicciones nacionales obstaculiza la correcta aplicación de esta parte de la Convención.

La FAO ha tenido también un rol activo en la promoción del desarrollo de la capacidad de los países miembros sobre cuestiones relacionadas con las especies acuáticas comercializables que figuran en los Apéndices de la CITES, incluyendo tiburones, pepinos de mar, pez napoleone y cobos rosados.