La tecnología utilizada en la acuicultura ha progresado a lo largo de muchos siglos pero lo ha hecho más rápidamente durante el último medio siglo. Entre los sistemas de acuicultura y la tecnología utilizada en los mismos se encuentran unos muy sencillos, utilizados para los estanques familiares en los países tropicales, donde la producción se destina al consumo de los hogares, y otros de alta tecnología, tales como los sistemas cerrados intensivos, similares a los que sirven para la cría de la lubina estriada. Los peces herbívoros y los que se alimentan mediante filtrado, criados generalmente en sistemas sencillos de pequeños estanques de agua dulce, suponen cerca de la mitad de la producción mundial de la acuicultura.
Gran parte de la tecnología utilizada en la acuicultura es relativamente sencilla, consiste en pequeñas modificaciones que mejoran las tasas de crecimiento y supervivencia de las especies seleccionadas, tales como el suministro de alimento adicional, la adición de crías recolectadas en otros lugares, la gestión del intercambio de aguas para mantener unos niveles adecuados de oxigenación y la protección de la población frente a los depredadores. Una mayor comprensión de las interacciones complejas entre los nutrientes, las bacterias y los organismos cultivados, junto con los avances en la hidrodinámica aplicados a la concepción de estanques y depósitos, ha permitido la creación de sistemas cerrados. Estos tienen la ventaja de aislar a los sistemas de la acuicultura de los sistemas acuáticos naturales, minimizando con ello el riesgo de enfermedades o de efectos genéticos sobre los sistemas externos.
Los avances en la ingeniería, algunos procedentes de la construcción de plataformas de extracción petrolera en mar abierto, incrementan las posibilidades de acuicultura en mar abierto utilizando robustas jaulas. Tambien se ha iniciado la suelta con recuperación de alevines para mejorar las capturas pesqueras, pero su viabilidad a largo plazo todavía está pendiente de evaluación. Asimismo, se están realizando importantes avances en la tecnología de la producción de piensos para la acuicultura, que generalmente exigen la combinación de muchos ingredientes en gránulos de alimento muy pequeños.