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Les écosystèmes aquatiques - continentaux, côtiers et marins – fournissent à l’homme des ressources pour ses loisirs, son alimentation et ses moyens d’existence. Ils remplissent en outre de nombreuses autres fonctions importantes, par rapport, notamment, aux événements météorologiques ou à la pollution, et contribuent au bien-être général de l’homme. Ces écosystèmes sont mis à contribution tant par les pêches de capture et par l’aquaculture, que par d’autres secteurs concurrents. L'utilisation durable des écosystèmes aquatiques est l'objectif principal de la gestion des pêches depuis des décennies. Or cet objectif n'a que rarement été atteint. L'approche écosystémique des pêches adoptée officiellement exige de continuer de déployer des efforts à ces fins, ce qui implique une meilleure connaissance et une meilleure gouvernance.

Le concept d’écosystème désigne des ensembles de tailles diverses à résolution plus ou moins fine, qui peuvent aller de la Terre ou d’un océan entier, avec leurs relations et processus à grande échelle, jusqu’à un grain de sable microscopique et ses environs immédiats. Le choix est fonction de considérations pragmatiques. En matière de pêche, c’est généralement l’échelle intermédiaire qui s’applique le mieux; elle correspond à la taille des ressources visées et des structures sociales qui en sont responsables. Des ajustements doivent être effectués au cas par cas, afin de tenir compte du décalage éventuel entre les limites des juridictions fixées par l'homme et celles issues de la répartition des espèces et les processus écologiques.

L'écosystème exploité subit forcément le contrecoup des activités de pêche. Les stocks – sauvages ou d’élevage – et d’autres organismes interagissent les uns avec les autres, notamment par le jeu des relations entre prédateurs et proies ou la propagation de maladies. Les captures ou l’élevage peuvent avoir des conséquences particulièrement graves et durables sur les ressources, les espèces associées et dépendantes, l’habitat, les fonds et la faune et la flore benthiques. Les écosystèmes aquatiques sont également menacés de dégradation et de pollution par d’autres secteurs, dont les activités ont des effets durables, voire irréversibles, notamment sur la production du secteur des pêches, la qualité des poissons et des fruits de mer et les moyens d’existence des pêcheurs.

La variabilité naturelle et les changements climatiques ont des incidences profondes sur la productivité et la gestion. De même, les catastrophes naturelles (typhons, tsunamis, etc.) portent gravement atteinte aux ressources, aux infrastructures et aux populations. Savoir les comprendre, les expliquer et les prévoir constituera un défi majeur pour les dix prochaines années.

 
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