生态系统，无论是内陆、沿海和海洋，都为人类提供了休闲、食物和生计资源。这些系统还发挥着许多其他重要的环境功能，例如气象事件、污染等，都关系到人类福祉。这些生态系统也为捕捞渔业、水产养殖以及其他竞争部门所利用。实现水产生态系统可持续利用是几十年来渔业管理的主要目标和在很大程度上未达成的目标。 正式通过的渔业生态系统措施（EAF）朝着这个方向又做出了进一步努力，对其有更好的理解和管理。

就概念而言，生态系统可按不同规模和不同分辨进行描述，大到地球或整个海洋及其大尺度关联和过程，小到微小的沙粒及其周围环境。一般根据实际考量作出任何选择。渔业通常涉及中级生态系统规模，与所利用的资源的规模和管理这些资源的社会结构的规模相适应。在任何情况下，如果人类管辖极限与物种分布和生态演化过程不相匹配时，就需要做出调整。
所利用的生态系统不可避免地受到渔业活动的影响。野生或放养种群以及其它生物体相互影响，例如食肉动物-被捕食动物关系，疫病的传播。捕捞或养殖对资源、伴生种和附属种、栖息地、底部和底栖动植物的影响尤其严重且持久，也容易受其他产业引起的退化和污染的影响，对渔业生产、海鲜品质以及渔民生计造成持久或不可逆转的影响。  

自然变异和气候变化对生产率和管理具有重要影响。灾难性自然事件（例如，台风、海啸）对资源、基础设施和人类产生重要影响。认识、预测和应对这些事件是今后10年面临的一项重要挑战。