Diferentes actividades humanas, entre las que se incluye la pesca, tienen efectos en los ecosistemas marinos. Preocupan las repercusiones de estas actividades sobre la solidez de los ecosistemas, es decir, sobre la capacidad de los mismos para seguir sosteniendo y manteniendo una comunidad biológica equilibrada, integrada y adaptable, que tiene una composición, diversidad y organización funcional de especies comparable a la de entornos naturales similares de la región.
Estas preocupaciones han dado lugar a una demanda social de una ordenación pesquera basada en los ecosistemas, que implica la conservación de las estructuras, los procesos y las interacciones de los ecosistemas a través de una utilización sostenible. Dado que, a menudo, los ecosistemas se extienden a través de las jurisdicciones, existe la frecuente necesidad de cooperación entre las autoridades pesqueras. Cerca de un 95 por ciento de la producción marina mundial tiene su origen en ecosistemas costeros, tales como estuarios, marismas, bahías poco profundas y humedales, manglares, arrecifes de coral y lechos de algas. Estos desempeñan una función importante en el ciclo vital de muchos organismos marinos, entre ellos especies de peces económicamente importantes, proporcionando zonas de apareamiento, cría y alimentación. El deterioro de los ecosistemas costeros a menudo es resultado de otros usos competitivos de los recursos, como la reclamación de tierras, el drenaje, la construcción costera y el vertido de residuos. Un planteamiento de la ordenación pesquera basado en los ecosistemas ha de tener en cuenta las actividades distintas de la pesca.
Al poner en práctica un plan para conservar las estructuras y los procesos de los ecosistemas, las prácticas de pesca que suponen un uso excesivo de recursos o en las que se da un empleo de las artes de pesca de una forma o en un lugar que ocasiona la destrucción del hábitat, o el uso de métodos de pesca que son en sí mismos destructivos, se deben abandonar en interés de la conservación del ecosistema y de la garantía de una productividad óptima de su utilización. Al considerar la solidez de los ecosistemas, surgen otras cuestiones: el alcance del problema que suponen los aparejos perdidos o abandonados, que pueden continuar capturando peces cuando ya no están bajo control del pescador y la mejora de la selectividad de las artes y los métodos de pesca que actualmente realizan capturas no deseadas.