Certaines activités, dont la pêche, ont une incidence sur les écosystèmes marins. Il y a lieu de s'inquiéter de l'impact de ces activités sur la résilience des écosystèmes, c'est-à-dire sur la capacité d'un écosystème à continuer de faire vivre et maintenir une communauté biologique équilibrée, intégrée et évolutive, dont la composition taxinomique, la diversité et l'organisation fonctionnelle sont comparables à celles d'habitats semblables de la région.
En raison de ces inquiétudes, une gestion écosystémique des pêches, qui englobe la conservation des structures, des processus et des interactions des écosystèmes grâce à une utilisation durable est aujourd'hui privilégiée. Comme dans la plupart des cas les écosystèmes s'étendent sur plusieurs juridictions, les autorités chargées des pêches doivent souvent collaborer. Environ 95 % de la production maritime mondiale provient d'écosystèmes côtiers, comme les estuaires, les marais, les baies peu profondes, les zones humides, les mangroves, les récifs coraliens et les prairies sous-marines. Ces écosystèmes jouent un rôle majeur dans le cycle biologique de nombreux organismes marins, notamment de poissons à grande valeur économique, en fournissant des aires de reproduction, d'alevinage et d'alimentation. La dégradation des écosystèmes côtiers est souvent due aux utilisations concurrentes des ressources, comme la bonification des terres, le drainage, la construction sur le littoral et le déversement des égouts. La gestion écosystémique des pêches doit tenir compte des activités autres que la pêche.
Dans le cadre de l'application d'un plan de conservation des structures et des processus écosystémiques, il convient de mettre un terme aux activités de pêche liées à une surutilisation des ressources, au recours à des engins de pêche causant la destruction d'un habitat en raison de leur nature ou de l'endroit où ils sont utilisés, ou à l'utilisation de méthodes de pêche destructrices par nature, dans l'intérêt de l'écosystème, mais également en vue de garantir la productivité maximale de l'utilisation. La résilience des écosystèmes est liée à d'autres problèmes. Il s'agit notamment du problème des engins de pêche perdus ou abandonnés, qui peuvent continuer de prendre du poisson alors qu'ils ne sont plus contrôlés par le pêcheur. De plus, l'amélioration de la sélectivité des engins et des méthodes de pêche qui, à l'heure actuelle, entraînent la capture de prises non ciblées, devient incontournable.