Se suele reconocer que la investigación es la piedra de toque de una ordenación pesquera eficaz y, por tanto, un elemento importante para el futuro de la pesca y de la acuicultura.
La ordenación eficaz de la pesca depende mucho de la medida en que el conocimiento y la comprensión de la abundancia, las condiciones sanitarias y la resistencia de los recursos pesqueros, así como del medio en el que se encuentran, conformen las decisiones que se adoptan. También depende de la comprensión del sector pesquero, de su estructura, dinámica social, inversiones y costos, así como de los mercados donde desarrolla su actividad. Todo ello requiere la recopilación y el análisis de datos y, muy frecuentemente, el desarrollo de modelos referentes a distintos aspectos del sector pesquero. Es esencial una investigación que genere estos datos para la elaboración de planes de ordenación, para impedir la sobrepesca o elaborar estrategias de recuperación de las poblaciones y para establecer sistemas de indicadores de sostenibilidad, entre otras finalidades.
La investigación ha de orientarse hacia el fomento del uso más adecuado del asesoramiento científico facilitado. Con frecuencia se exige a los gestores de la pesca que adopten decisiones ante un elevado grado de incertidumbre ocasionado por dos causas fundamentales. En primer lugar, la variabilidad estadística asociada con el problema del muestreo de organismos a través de grandes extensiones oceánicas significa que la información sobre el estado de los recursos pesqueros se caracteriza por la incertidumbre. En segundo lugar, la complejidad de los ecosistemas marinos significa que la comprensión de los procesos que determinan el futuro estado del sistema siempre será muy incompleta. Reconocer los grados de incertidumbre relacionados con la información facilitada es fundamental para aplicar un planteamiento de precaución.