Les réservoirs, construits pour stocker de l’eau, nuisent souvent à la production de poisson : en aval, comme conséquence de la modification du courant et, en amont, comme conséquence de la transformation  d’habitat d’eaux peu profondes à écoulement libre, à un habitat d’eaux profondes et stagnantes. La construction et la gestion de barrages et de réservoirs négligent souvent la prise en considération des valeurs de sécurité alimentaire et économiques associées aux pêcheries. Grâce à une gestion appropriée, les millions de petits réservoirs et les zones de contrôle de l'irrigation qui leur sont associées représentent une opportunité potentiellement immense d’accroître la production de la pêche continentale. Les rendements de pêche et les opportunités économiques connexes peuvent être augmentés en gérant de manière proactive les réservoirs et l’exploitation des barrages et des structures de contrôle des eaux pour les pêcheries, à la fois dans le bassin de retenue et en aval. La FAO a élaboré une série de documents consultatifs sur l’utilisation efficace des réservoirs et des petits plans d’eau pour la pêche.

D'autres documents consultatifs traitent de la question de l'amélioration de la connectivité des rivières et des plaines inondables pour les pêcheries et notamment du passage des poissons dans les grands barrages. Des lignes directrices sur la réhabilitation de l'habitat ont également été produites.