يجب إدارة قاعدة الموارد الطبيعية والنظم الإيكولوجية على نحو مستدام لتلبية الاحتياجات الغذائية للسكان وغيرها من الاحتياجات البيئية والاجتماعية والاقتصادية. ويطرح تغيّر المناخ وتفاقم ندرة المياه والنـزاعات من أجل الحصول على الموارد تحديات بالنسبة للاستدامة البيئية والأمن الغذائي. وبالإضافة إلى ذلك، فإنّ الجوع والفقر يجبران في كثير من الأحيان الفقراء على الإفراط في استغلال الموارد التي تعتمد عليها سبل معيشتهم.
وتدعم المنظمة الإدارة المستدامة للموارد الطبيعية بما في ذلك كفاءة استخدام المياه الزراعية؛ وإنتاجية الأراضي والتربة؛ والإدارة المستدامة للغابات وتربية الأحياء المائية والمصايد الداخلية؛ والنظم المتكاملة للمحاصيل والثروة الحيوانية؛ وإدارة مبيدات الآفات وإدارة مستجمعات المياه. كما تدعم المنظمة الاتفاقيات البيئية الرئيسية، بما في ذلك اتفاقية الأمم المتحدة الإطارية بشأن تغيّر المناخ. وتوفّر المنظمة المشورة التقنية والسياسية لمواجهة التهديدات الرئيسية المحدقة بقاعدة الموارد الطبيعية والتي تشمل تدهور الأراضي ونُدرة المياه وإزالة الغابات والرعي الجائر والاستغلال المفرط للموارد البحرية وزيادة انبعاثات غازات الدفيئة وفقدان الموارد الوراثية والتنوع البيولوجي. وتضطلع المنظمة بعمل ملحوظ بشأن الروابط بين الأمن الغذائي وتطوير الطاقة الحيوية.