必须对自然资源基础和生态系统进行可持续管理以满足人们的粮食需求和其他环境、社会、经济需要。气候变化、缺水问题更加严重以及为获取资源而发生的冲突等都给环境可持续能力和粮食安全带来挑战。此外，饥饿和贫困往往迫使穷人过度开发其生计所依赖的资源。

粮农组织支持可持续自然资源管理，包括农用水效率；土地和土壤生产力；可持续森林管理、水产养殖和内陆渔业；综合种植业和畜牧业系统；农药管理和集水区管理。粮农组织还支持重要的环境公约，包括《联合国气候变化框架公约》。粮农组织提供技术和政策建议以应对自然资源基础面临的主要威胁，包括土地退化、缺水、森林退化、过牧、海洋资源的过度开发、温室气体排放增加及遗传资源和生物多样性的丧失。粮农组织在粮食安全与生物能源开发之间相联系方面开展了大量工作。