L’OMD 6 vise à combattre le VIH/sida, le paludisme et d’autres maladies. Le VIH, le paludisme et d’autres maladies ont une incidence directe et indirecte sur le développement rural, la productivité agricole ainsi que la sécurité alimentaire et nutritionnelle. Dans le même temps, l’insécurité alimentaire et nutritionnelle et la malnutrition peuvent accroître la vulnérabilité aux maladies. La FAO aide les dirigeants et les responsables de programmes à intégrer les aspects relatifs au VIH, au paludisme et à d’autres maladies dans les politiques et les programmes alimentaires, nutritionnels et agricoles.

La FAO favorise la sensibilisation des principaux acteurs du secteur alimentaire et agricole aux impacts du VIH sur la sécurité alimentaire et l’agriculture, tout en préconisant des interventions multisectorielles face à l’épidémie. Les programmes de la FAO visant à améliorer l’accès des personnes atteintes par le VIH/sida à des régimes alimentaires adéquats et nutritifs incluent des projets de potagers familiaux et communautaires, des initiatives en matière d'éducation et de communication nutritionnelles, et des formations locales. Les projets sur le terrain sont fondés sur une combinaison d’interventions incluant l’approvisionnement alimentaire, des technologies qui assurent une économie de main-d’œuvre et de temps, et du microfinancement afin de soutenir la production et la diversification alimentaires, ainsi qu’une assistance technique apportée aux projets de potagers familiaux dans les communautés touchées par le VIH/sida. La FAO appuie également des projets qui encouragent la scolarisation d’un plus grand nombre d’orphelins du VIH/sida et d’autres enfants vulnérables. Le Centre d'urgence de la FAO pour la lutte contre les maladies animales transfrontières s’emploie à faire face aux épizooties ayant des incidences économiques, sociales et sanitaires majeures.