La FAO está a la vanguardia de la protección de la biodiversidad agrícola, forestal, en las delicadas regiones de montaña, en los lagos, los ríos y el mar.

El Código de conducta para la pesca responsable, de la FAO, aprobado en 1995, establece los principios de conservación, gestión y aprovechamiento sostenible de los recursos acuáticos vivos. El Código tiene como objetivo proteger la pesca de alta mar, costera y en aguas continentales, con el debido respeto para la biodiversidad y el ecosistema. La FAO alienta a todos los países a aplicar este código voluntario, con sus disposiciones obligatorias, por ejemplo las medidas de conservación y gestión correspondientes a los barcos que pescan en alta mar.

En 1996 la FAO publicó un Modelo de código para la explotación forestal, con el fin de promover una mejor gestión y contribuir a la conservación forestal. Se han elaborado códigos regionales para Asia y el Pacífico, así como para Africa occidental y central, y códigos nacionales, como el de China.

El propósito de la Convención Internacional de Protección Fitosanitaria es proteger a las plantas a través de normas para combatir las plagas. Este convenio protege la biodiversidad impidiendo la introducción de plagas, comprendidas las especies foráneas invasoras que pueden desplazar a las plantas o animales locales. Entró en vigor en 1952.

El 29 de junio de 2004 entró en vigor el Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura. Este tratado garantizará la conservación de los recursos fitogenéticos y su utilización sostenible, así como la distribución equitativa de los beneficios de su aprovechamiento.

El Convenio sobre la diversidad biológica reconoce que la conservación de la biodiversidad es de interés para toda la humanidad y un factor esencial para el desarrollo. La FAO colabora estrechamente con la Secretaría del Convenio en diversos temas, comprendida la gestión conjunta de un programa de agrobiodiversidad que aprovecha todas las especializaciones técnicas de la FAO.