FAO comenzó de manera oficial con sus actividades en Nicaragua en 1982. Antes de esta fecha el programa de cooperación de la FAO en Nicaragua se realizaba a través del Programa de Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD).

Con la llegada del primer Representante permanente, la incidencia de FAO en el sector productivo agropecuario, pesquero y forestal, permitió una mayor dinámica en los programas de las diferentes entidades del Estado y una mejor proyección del impacto de las acciones que se derivaron de éstos, sobre todo si se considera que para esa fecha, el país entraba en crisis por el conflicto bélico interno que durante ocho años afectó el desarrollo nacional.

La presencia de la Representación permitió el fortalecimiento del abordaje de las acciones relacionadas con la seguridad alimentaria, que vino a ser la prioridad nacional frente a la crisis expuesta, pues en este conflicto se vieron afectadas las principales zonas de producción de alimentos básicos, los cuales han sido históricamente producidos por pequeños y medianos agricultores, entre ellos un alto porcentaje son de subsistencia.

La FAO es requerida en su experticia para contribuir con el gobierno en la organización del marco regulatorio y normativo que permita la mejor articulación y armonización de los esfuerzos institucionales multisectoriales para dar respuesta a las necesidades desde el nivel ejecutivo nacional hasta las comunidades indistintamente de sus ubicaciones, grupo étnico y genero. La soberanía y seguridad alimentaria es un eje transversal con todos los planes de desarrollo de Nicaragua, y es de los pocos países que cuenta con una ley de Soberanía y Seguridad alimentaria, la cual contó con la asistencia técnica de la FAO.