GIAHS的一个显著的特点是其丰富的生物多样性，这种多样性表现在从动植物遗传资源到景观的不同尺度水平上。通过种植不同品种的作物，农民们甚至可以通过较低水平的技术，利用有限的资源，就可以将自然灾害所造成的损失降到最小，并长期保持较为稳定的产量，获得最大的收益。此外，这种生产技能还促进了饮食结构的多样化。当地农民所栽培的许多植物都是世代相传的本土品种，这些品种经过多年的选择，具有所需要的生产性状。与现代所选育的品种相比，这些本土品种具有更高的遗传异质性，能够更好地抵御自然灾害的侵袭。对于本土动物品种也是如此，这些被驯化了数百年的品种能够满足当地环境和社会发展的要求。

这种具有丰富生物多样性特征的农业生产系统中，还包含营养丰富的植物、捕食昆虫的动物、授粉动物、固氮和分解氮的细菌，以及大量具有各种有益生态功能的其它有机物。此外，许多这类农业生态系统还为野生动物（包括濒危野生动物）提供了栖息地。

显然，传统的农业生产通常包括了自然和人工生态系统的多种利用方式，农耕地与其相邻的栖息地通常被有机地结合在一个农业生态系统之中。

采用极少使用化学物品的传统种植方式，产生了多种多样、高度异质的生态景观，甚至可能比自然状态下所形成的异质程度还要高。事实上，作物生产、畜禽养殖和相邻的栖息环境构成了一个统一的整体，农民们在其中有序进行着植物采集、鱼类捕捞、畜禽养殖和作物生产等活动。

因此，这些结构复杂的农业生态系统及其农业生物多样性和景观，只有通过系统整体的途径，通过所有利益相关者的广泛参与，并以当地人民的传统知识和经验为基础，才能得到有效的保护和可持续的管理。