Le projet est supervisé au niveau du bassin par un comité directeur régional assisté d’un comité régional de conseil technique. Les Ministères / agences des secteurs de l’agriculture et de l’environnement dirigent le projet à travers des comités de pilotage national composés des divers secteurs et acteurs (la rotation de la présidence de ces comités entre l’agriculture et l’environnement facilitera la gestion conjointe).

Parmi les experts de la FAO, le coordonnateur régional du projet est basé à Kigali, et les directeurs nationaux de projet  respectivement à Kabale en Ouganda, Bukoba en Tanzanie, Bujumbura au Burundi et Kigali au Rwanda. Enfin, dans chacun des  22 districts cibles, des animateurs seront désignés pour soutenir la mise en oeuvre des activités avec la population et les  partenaires (voir schéma organisationnel ci-contre). Les paysans et communautés cibles seraient les acteurs majeurs à travers  les champs écoles des producteurs et les plans d’action communautaires.