食品安全标准：许多人声称吃有机食品增加对微生物污染物的暴露。对这一说法进行了调查，没有发现支持这一说法的证据。必须注意所有有机食品必须达到与常规食品相同的质量标准和安全标准。按照国家法规的要求，这些标准包括法典食品卫生一般性原则和以危害分析和临界控制点 (HACCP) 系统为基础的食品安全计划。但是，有机许可机构的标准往往更加严格。

粪肥：人们认为粪肥是微生物污染的来源之一。在常规农业和有机农业中，使用粪肥都很普遍，因此两者都存在污染的可能。众所周知粪肥携带人的病原体，但是经过适当的处理（如堆放），粪肥是安全的有机肥料和作物更为有效的养分来源。另外，在作物收获之前60天内，经许可的有机农民禁止施未经处理的粪肥。进行检查确保这些标准和要求得到遵守。

E大肠杆菌：人们还担心E大肠杆菌，尤其是0157:H7等特别易传染的品系。根据美国疾病防治中心 (CDC) 调查，人类被传染的重要来源是屠宰时被污染的肉。证据表明这类易传染的品系诞生在主要喂淀粉类谷物的牛的消化道中。喂干草的牛的粪便中的E大肠杆菌不到喂粮食牛的1%。由于有机牛的饲料包含较大比例的干草、青草和青贮饲料，减少了对非农场饲料来源的依赖，有机农业必然减少了污染的可能性。

霉菌毒素：由于在有机食品的整个生产和加工过程中不允许使用杀菌剂，人们担心由于霉变产生霉菌毒素污染。如果长期小剂量吸收，其中毒性最大的物质，黄曲霉素，会引起肝癌。因此必须按照有机农业和常规农业的要求，采用良好的农业生产、处理和加工方法，尽量减少霉变的可能。研究并没有表明消费有机产品受霉菌毒素污染的可能性大。

收获后处理：在食品运行、可能发生污染的道路上，包装、加工、运输和储存是另一环节。但是，这一说法对有机食品和常规食品同样适用。包装的重要目的是保障在一定时期内食品微生物稳定；有机食品做到了这一点。在加工过程中限制使用非农业来源的配料；禁止使用辐射来控制害虫和变质。但是这并不意味安全程度必然降低。必须注意一些消费者团体不接受辐射技术，因此有机食品为消费者提供了一个选择。虽然有机标签不是卫生或质量证明，但是食品的生产方式确实影响食品质量。

如欲进一步了解情况，粮农组织文件“有机农业对食品安全和质量的影响”更加详细地探讨了这一问题。