Alimentos orgánicos certificados. Los productos orgánicos certificados suelen ser más costosos que sus equivalentes comunes y corrientes (de los que han venido disminuyendo los precios) por diversos motivos:

• la oferta de alimentos orgánicos es limitada con relación a la demanda de los mismos;
• los costos de producción de los alimentos orgánicos suelen ser más elevados porque requieren más mano de obra por unidad de producción y porque la mayor diversidad de las empresas impide hacer economías de escala;
• la manipulación postcosecha de cantidades relativamente reducidas de alimentos orgánicos tiene un costo más alto por la separación obligatoria de los productos orgánicos respecto de los ordinarios, especialmente durante la elaboración y el transporte;
• la cadena de comercialización y distribución de los productos orgánicos es en cierta forma ineficiente y los costos son más elevados por tratarse de volúmenes relativamente pequeños.

Conforme aumenta la demanda de alimentos y productos orgánicos, las innovaciones tecnológicas y las economías de escala deberían reducir los costos de producción, elaboración, distribución y comercialización de los productos orgánicos.

Los precios de los alimentos orgánicos no sólo comprenden al costo de la producción misma de los alimentos, sino también a otra serie de factores que no quedan contenidos en los precios de los alimentos corrientes, por ejemplo:

• la promoción y protección del medio ambiente (y evitar futuros gastos para mitigar la contaminación). Por ejemplo, los precios más altos de los cultivos orgánicos comerciales compensan las pocas ganancias o periodos de rotación necesarios para enriquecer la fertilidad del suelo;
• mayor bienestar de los animales;
• eliminación de riesgos para los agricultores por la manipulación inadecuada de plaguicidas (y eliminación de futuros gastos médicos);
• desarrollo rural a través de la creación de más empleos agrícolas y al asegurar un ingreso justo y suficiente para los productores.

Alimentos orgánicos no certificados. En muchos países en desarrollo hay sistemas agrícolas que llenan todos los requisitos de la agricultura orgánica pero no están certificados. La agricultura orgánica no certificada es la que se lleva a cabo de propósito y no por defecto; esto excluye los sistemas no sostenibles que no utilizan insumos sintéticos pero que degradan los suelos por falta de prácticas para enriquecerlos. Es difícil cuantificar el alcance de estos sistemas agrícolas ya que quedan fuera de los sistemas oficiales de certificación y del mercado. Los productos de estos sistemas suelen ser para autoconsumo o venta local (en los mercados urbanos y de los pueblos, por ejemplo) al mismo precio que sus equivalentes comunes y corrientes. Aunque los productos no certificados no gozan de sobreprecios, se han documentado casos en que la agricultura orgánica no certificada incrementa la productividad del agroecosistema en su conjunto y ahorra el gasto en insumos externos. En los países desarrollados los alimentos orgánicos no certificados a menudo se venden directamente al consumidor a través de programas de apoyo locales de la comunidad, como planes de cajas de productos orgánicos de temporada que se entregan a domicilio o en un punto de entrega, mercados campesinos y precios a la puerta de la finca. En los países desarrollados los productos orgánicos no certificados suelen ser más caros que sus equivalentes comunes y corrientes, de conformidad con la voluntad de pago del consumidor.