Le système des Nations Unies est un ensemble constitué de l’ONU et de programmes, fonds et institutions spécialisées des Nations Unies. Les programmes, fonds et institutions ont leurs propres organes directeurs, leurs propres budgets et fixent leurs propres normes et directives. Ensemble, ils fournissent une assistance technique et apportent une aide concrète dans presque tous les domaines des sphères économique et sociale.

La FAO est une institution spécialisée des Nations Unies et rend compte de ses activités à la Conférence des États Membres de la FAO. La FAO participe aux travaux du Conseil économique et social (ECOSOC) des Nations Unies, qui coordonne les activités de 14 institutions des Nations Unies et de commissions régionales spécialisées dans les domaines économique et social.

Le Directeur général de la FAO fait partie du Conseil des chefs de secrétariat, dans le cadre duquel se réunissent régulièrement les dirigeants des organisations du système des Nations Unies, sous la présidence du Secrétaire général de l’ONU. Le Conseil des chefs de secrétariat (CCS) est le principal instrument d'appui et de renforcement du rôle de coordination des Organes interdépartementaux des Nations Unies en matière sociale et économique, ainsi que pour les questions apparentées. Il synchronise les points forts d'un système décentralisé d'institutions spécialisées en un ensemble cohérent et efficace, et veille à ce que le système des Nations Unies applique aux divers engagements pris par la communauté internationale le principe d'unité dans l'action aux niveaux mondial, régional et national.